职称：副教授
单位：生科院
部门：生物信息学教研室
职位：教研室主任
◆
◆
个人介绍
主讲教师：郑珩
教师团队：共3位
- 郑珩
- 劳兴珍
- 李菁
第2期
2021-08-14 09:41 至 2022-01-31 09:41
| 学校： | 中国药科大学网络教学平台 |
| 开课院系： | 生命科学与技术学院 |
| 专业大类： | 药学 |
| 开课专业： | 硕士研究生 |
| 课程英文名称： | Pharmaceutical Bioinformatics |
| 课程编号： | ZJ0653512 |
| 学分： | 3 |
| 课时： | 51 |
课程介绍
药物生物信息学是将生物信息学技术应用与药物研究、开发及应用的一门学科。伴随人类基因组计划的深入，大量生物大分子相关原始资料的积累，如何分析、整理、利用这些信息已成为当前国内外研究的热门课题，生物信息学也随之快速发展起来。本课程通过介绍网上各大生物信息学中心、生物信息数据库，使学生掌握生物数据的检索方法，读懂数据记录格式，并将生物信息技术和方法应用于药物设计中。另外，通过课程学习掌握核酸和蛋白质序列分析方法，了解生物信息学常用软件，熟悉计算机辅助药物设计的方法及原理，为从事药学或生物信息学研究奠定基础。
教师团队
课程评价
教学资源
| 课程章节 | | 文件类型 | | 修改时间 | | 大小 | | 备注 | |
| 1.1 视频：引言“生物信息学与药物开发” |
视频
.mp4
|
2021-08-13 | 59.10MB | ||
| 1.2 视频：人类基因组计划与生物信息学 |
视频
.mp4
|
2021-08-13 | 65.52MB | ||
| 1.3 视频：人类基因组测序的策略 |
视频
.mp4
|
2021-08-13 | 85.86MB | ||
| 1.4 第一章 第一节生物信息学及其发展 |
文档
.pdf
|
2021-08-13 | 8.23MB | ||
|
文档
.pdf
|
2021-08-13 | 354.46KB | |||
| 1.5 直播课视频：第一节生物信息学概述 |
视频
.mp4
|
2021-09-08 | 52.63MB | ||
| 1.6 第一章 第二节 生物信息学研究领域 |
文档
.pdf
|
2021-08-13 | 5.97MB | ||
|
文档
.pdf
|
2021-08-13 | 334.05KB | |||
| 1.7 直播课视频：第二节 生物信息学研究领域 |
视频
.mp4
|
2021-09-08 | 74.36MB | ||
| 1.8 第一章 第三节 生物信息学在药学领域的应用 |
文档
.pdf
|
2021-08-13 | 7.04MB | ||
|
文档
.pdf
|
2021-08-13 | 347.96KB | |||
| 1.9 直播课视频：第三节 生物信息学在药学领域应用 |
视频
.mp4
|
2021-09-08 | 33.54MB | ||
| 1.10 第一章 习题 |
附件
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|
2021-08-13 | -- | ||
| 1.11 资料:An explosion of bioinformatics careers |
文档
.pdf
|
2021-08-13 | 431.06KB | ||
| 2.1 视频：序列数据检索 |
视频
.mp4
|
2021-08-13 | 58.52MB | ||
| 2.2 视频：蛋白质结构检索 |
视频
.mp4
|
2021-09-27 | 57.55MB | ||
| 2.3 第二章 第一节 数据库的基本概念 |
文档
.pdf
|
2021-08-13 | 3.02MB | ||
|
文档
.pdf
|
2021-08-13 | 456.40KB | |||
| 2.4 第二章 第二节 核酸序列数据库 |
文档
.pdf
|
2021-08-13 | 10.59MB | ||
|
文档
.pdf
|
2021-08-13 | 339.44KB | |||
| 2.5 直播课视频：第二章核酸序列数据库 |
视频
.mp4
|
2021-09-16 | 120.16MB | ||
| 2.6 第二章 第三节 蛋白质序列数据库 |
文档
.pdf
|
2021-08-13 | 4.39MB | ||
|
文档
.pdf
|
2021-08-13 | 323.83KB | |||
| 2.7 第二章 第四节 蛋白质结构数据库 |
文档
.pdf
|
2021-08-13 | 10.37MB | ||
|
文档
.pdf
|
2021-08-13 | 567.71KB | |||
| 2.8 直播课视频：第二章蛋白质数据库 |
视频
.mp4
|
2021-09-16 | 272.45MB | ||
| 2.9 视频：pymol软件安装 |
视频
.mp4
|
2021-09-27 | 18.06MB | ||
|
附件
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|
2021-09-27 | -- | |||
| 2.10 视频：pymol绘制蛋白质结构 |
视频
.mp4
|
2021-09-29 | 51.05MB | ||
|
视频
.mp4
|
2021-09-29 | 51.67MB | |||
| 2.11 直播课视频：PDB结构文件及结构绘制 |
视频
.mp4
|
2021-09-29 | 193.99MB | ||
| 2.12 直播课视频：其他蛋白质数据库 |
视频
.mp4
|
2021-10-06 | 126.66MB | ||
| 2.13 第二章 习题 |
附件
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|
2021-08-13 | -- | ||
|
附件
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|
2021-08-13 | -- | |||
|
附件
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|
2021-08-13 | -- | |||
|
附件
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|
2021-08-13 | -- | |||
| 2.14 资料:Database resources of NCBI |
文档
.pdf
|
2021-08-13 | 1.34MB | ||
| 2.15 资料：DRAMP2.0, an antimicrobial peptide database |
文档
.pdf
|
2021-08-13 | 1.62MB | ||
| 2.16 资料：Computational resources and tools for AMPs |
文档
.pdf
|
2021-08-13 | 551.22KB | ||
| 3.1 视频：本周话题_寻找科学亚当 |
视频
.mp4
|
2021-08-15 | 48.48MB | ||
| 3.2 视频：新冠溯源 |
视频
.mp4
|
2021-08-13 | 74.29MB | ||
| 3.3 视频：序列比对 |
视频
.mp4
|
2021-08-13 | 85.13MB | ||
| 3.4 视频：blast搜索 |
视频
.mp4
|
2021-08-15 | 40.78MB | ||
| 3.5 视频：用mega软件构建进化树 |
视频
.mp4
|
2021-10-08 | 39.03MB | ||
| 3.6 直播课视频：序列比对 |
视频
.mp4
|
2021-10-06 | 366.65MB | ||
| 3.7 第三章 第一节 概述 |
文档
.pdf
|
2021-08-13 | 1.66MB | ||
|
文档
.pdf
|
2021-08-13 | 101.05KB | |||
| 3.8 第三章 第二节 序列比对算法 |
文档
.pdf
|
2021-08-13 | 8.68MB | ||
|
文档
.pdf
|
2021-08-13 | 1.52MB | |||
| 3.9 第三章 第三节 多重序列比对 |
文档
.pdf
|
2021-08-13 | 1.33MB | ||
|
文档
.pdf
|
2021-08-13 | 1.00MB | |||
| 3.10 第三章 第四节 相似性搜索 |
文档
.pdf
|
2021-08-13 | 5.31MB | ||
|
文档
.pdf
|
2021-08-13 | 643.62KB | |||
| 3.11 第三章 第五节 分子进化研究 |
文档
.pdf
|
2021-08-13 | 12.70MB | ||
| 3.12 第三章 习题 |
附件
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|
2021-08-13 | -- | ||
| 3.13 资料：Site-directed mutagenesis |
文档
.pdf
|
2021-08-13 | 2.38MB | ||
| 3.14 资料：菌种筛选与鉴定 |
文档
.pdf
|
2021-08-13 | 4.56MB | ||
| 4.1 视频：DNA测序发展简介 |
视频
.mp4
|
2021-08-13 | 112.36MB | ||
| 4.2 第四章 第一节 DNA测序简史 |
文档
.pdf
|
2021-11-30 | 1.48MB | ||
| 4.3 第四章 第二节 三代测序原理 |
文档
.pdf
|
2021-11-30 | 3.93MB | ||
| 4.3.1 视频：sanger双脱氧链终止法测序 |
视频
.mp4
|
2021-08-13 | 8.18MB | ||
| 4.3.2 视频：Illumina法测序原理 |
视频
.flv
|
2021-08-13 | 9.53MB | ||
| 4.3.3 视频：Ion torrent 测序原理 |
视频
.mp4
|
2021-11-04 | 79.05MB | ||
| 4.3.4 视频：Helicos高通量单分子测序原理 |
视频
.flv
|
2021-11-04 | 8.48MB | ||
| 4.3.5 视频：Pacbio SMRT测序原理 |
视频
.mp4
|
2021-11-04 | 68.65MB | ||
| 4.3.6 视频：牛津纳米孔测序原理 |
视频
.mp4
|
2021-11-04 | 53.92MB | ||
|
视频
.mp4
|
2021-11-04 | 59.52MB | |||
| 4.4 第四章 第三节 测序技术的应用 |
文档
.pdf
|
2021-11-30 | 858.72KB | ||
| 4.5 直播课视频：DNA测序技术 |
视频
.mp4
|
2021-11-02 | 220.00MB | ||
| 4.6 直播课视频：测序技术（二） |
视频
.mp4
|
2021-11-09 | 254.84MB | ||
| 4.8 资料：Identification of a novel candidate gene for hearing loss |
文档
.pdf
|
2021-08-13 | 3.19MB | ||
| 5.1 视频：蛋白质编码区分析 |
视频
.mp4
|
2021-08-15 | 69.05MB | ||
| 5.2 第五章 第一节 基因结构 |
文档
.pdf
|
2021-08-13 | 5.03MB | ||
|
文档
.pdf
|
2021-08-13 | 776.42KB | |||
| 5.3 直播课视频：基因结构介绍 |
视频
.mp4
|
2021-10-19 | 339.54MB | ||
| 5.4 第五章 第二节 基因结构预测分析 |
文档
.pdf
|
2021-10-19 | 9.77MB | ||
|
文档
.pdf
|
2021-10-19 | 339.02KB | |||
| 5.5 直播课视频：基因结构预测分析 |
视频
.mp4
|
2021-10-19 | 188.92MB | ||
| 5.6 直播课视频：引物设计 |
视频
.mp4
|
2021-10-19 | 239.64MB | ||
|
文档
.pdf
|
2021-10-19 | 40.13KB | |||
|
文档
.PDF
|
2021-10-19 | 188.66KB | |||
| 5.7 第五章 第三节 新基因的发现及功能预测 |
文档
.pdf
|
2021-10-19 | 2.89MB | ||
|
文档
.pdf
|
2021-10-19 | 367.17KB | |||
| 5.8 第五章 第四节 非编码RNA |
文档
.pdf
|
2021-11-16 | 21.97MB | ||
|
视频
.mp4
|
2021-11-16 | 31.43MB | |||
|
视频
.mp4
|
2021-11-16 | 72.09MB | |||
| 5.9 直播课：非编码RNA |
视频
.mp4
|
2021-10-26 | 121.74MB | ||
| 5.11 资料：利用基因组数据挖掘发现新抗生素 |
文档
.pdf
|
2021-08-13 | 576.19KB | ||
| 6.1 视频：蛋白质三级结构预测 |
视频
.mp4
|
2021-08-15 | 75.79MB | ||
| 6.2 视频：同源模建 |
视频
.mp4
|
2021-09-09 | 52.91MB | ||
| 6.3 视频：二维凝胶电泳 |
视频
.mp4
|
2021-09-09 | 50.61MB | ||
| 6.4 视频：MALDI-TOF原理 |
视频
.mp4
|
2021-09-09 | 56.53MB | ||
| 6.5 第六章 第一节 蛋白质组成及物理性质分析 |
文档
.pdf
|
2021-11-16 | 12.69MB | ||
|
文档
.pdf
|
2021-11-16 | 432.94KB | |||
| 6.6 第六章 第二节 蛋白质二级结构预测 |
文档
.pdf
|
2021-11-16 | 3.29MB | ||
|
文档
.pdf
|
2021-11-16 | 5.76MB | |||
| 6.7 第六章 第三节 特殊结构或结构特征分析 |
文档
.pdf
|
2021-11-16 | 4.16MB | ||
|
文档
.pdf
|
2021-11-16 | 351.33KB | |||
| 6.8 第六章 第四节 蛋白质三级结构预测 |
文档
.pdf
|
2021-08-13 | 4.99MB | ||
|
文档
.pdf
|
2021-08-13 | 520.98KB | |||
| 6.9 第六章 第五节 蛋白质功能预测 |
文档
.pdf
|
2021-08-13 | 6.87MB | ||
| 6.10 直播课：蛋白质分析 |
视频
.mp4
|
2021-11-16 | 267.38MB | ||
| 6.11 直播课：蛋白质三级结构预测 |
视频
.mp4
|
2021-11-27 | 120.01MB | ||
| 6.12 第六章 习题 |
附件
.${file.extension}
|
2021-08-13 | -- | ||
| 6.13 资料：Highly accurate protein structure prediction with AlphaFold |
文档
.pdf
|
2021-08-15 | 11.54MB | ||
| 6.14 资料：Asp120Asn mutation impairs the catalytic activity of NDM-1 |
文档
.pdf
|
2021-08-13 | 2.09MB | ||
| 7.1 视频：定量构效关系 |
视频
.mp4
|
2021-11-14 | 167.10MB | ||
| 7.2 第七章 第一节 概述 |
文档
.pdf
|
2021-08-13 | 1.76MB | ||
|
文档
.pdf
|
2021-08-13 | 369.91KB | |||
|
文档
.ppt
|
2021-08-13 | 6.01MB | |||
| 7.3 第七章 第二节 生物信息学在药靶发现中应用 |
文档
.pdf
|
2021-08-13 | 4.82MB | ||
| 7.4 第七章 第三节 计算机辅助药物设计 |
文档
.pdf
|
2021-08-13 | 16.37MB | ||
| 7.5 直播课：分子对接 |
视频
.mp4
|
2021-11-30 | 242.51MB | ||
| 7.6 直播课：定量构效关系 |
视频
.mp4
|
2021-12-15 | 218.98MB | ||
| 7.8 资料：Rational design of aminoacyl-tRNA synthetase |
文档
.pdf
|
2021-08-13 | 1.60MB | ||
| 7.9 资料：3D Structure Based Model |
文档
.pdf
|
2021-08-13 | 2.45MB | ||
| 8.1 第八章 生物信息分析软件 |
文档
.pdf
|
2021-08-13 | 493.43KB | ||
| 8.2 第八章 MOE软件及其应用 |
文档
.pdf
|
2021-08-13 | 30.85MB | ||
| 8.2.1 视频：基于结构的生物药物设计 |
视频
.mp4
|
2021-08-13 | 258.37MB | ||
|
附件
.${file.extension}
|
2021-08-13 | -- | |||
| 8.2.2 视频：MOE在抗体人源化上应用 |
视频
.mp4
|
2021-08-13 | 238.39MB | ||
|
附件
.${file.extension}
|
2021-08-13 | -- | |||
|
附件
.${file.extension}
|
2021-08-13 | -- | |||
| 8.2.3 视频：MOE在抗体亲和力成熟上应用 |
视频
.mp4
|
2021-08-13 | 397.56MB | ||
|
附件
.${file.extension}
|
2021-08-13 | -- | |||
| 8.2.4 视频：MOE在多肽设计上的应用 |
视频
.mp4
|
2021-08-13 | 241.41MB | ||
|
附件
.${file.extension}
|
2021-08-13 | -- | |||
| 8.2.5 直播课：使用MOE进行抗体模拟及对接 |
视频
.mp4
|
2021-12-07 | 122.14MB | ||
| 8.3 第八章 Discovery Studio软件及其应用 |
文档
.pdf
|
2021-08-13 | 5.10MB | ||
| 8.3.1 视频：DS简介和特色 |
视频
.mp4
|
2021-08-13 | 63.88MB | ||
|
附件
.${file.extension}
|
2021-08-13 | -- | |||
|
附件
.${file.extension}
|
2021-08-13 | -- | |||
| 8.3.2 视频：DS2020新功能 |
视频
.mp4
|
2021-08-13 | 268.88MB | ||
|
文档
.pdf
|
2021-08-13 | 5.77MB | |||
|
附件
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|
2021-08-13 | -- | |||
|
附件
.${file.extension}
|
2021-08-13 | -- | |||
| 8.3.3 视频：DS软件进行同源模建 |
视频
.mp4
|
2021-08-13 | 476.51MB | ||
|
文档
.pdf
|
2021-08-13 | 2.52MB | |||
| 8.3.4 视频：DS在抗体成药性评价上的应用 |
视频
.mp4
|
2021-08-13 | 379.76MB | ||
|
文档
.pdf
|
2021-08-13 | 3.75MB | |||
| 8.3.5 视频：DS在多肽设计领域应用1 |
视频
.mp4
|
2021-08-13 | 135.20MB | ||
|
文档
.pdf
|
2021-08-13 | 10.29MB | |||
| 8.3.6 视频：DS在多肽设计领域的应用2 |
视频
.mp4
|
2021-08-13 | 159.89MB | ||
| 8.3.7 视频：DS在分子动力学模拟上的应用 |
视频
.mp4
|
2021-08-13 | 163.96MB | ||
|
文档
.pdf
|
2021-08-13 | 9.13MB | |||
| 9.1 第九章 第一节 宏基因组概述 |
文档
.pdf
|
2021-08-15 | 32.42MB | ||
| 9.2 第九章 第二节 宏基因组研究案例 |
文档
.pdf
|
2021-08-15 | 29.70MB |
视频 课程章节
1
2
第二章 生物信息学数据库
-
2.1视频：序列数据检索
-
2.2视频：蛋白质结构检索
-
2.3第二章 第一节 数据库的基本概念
-
2.4第二章 第二节 核酸序列数据库
-
2.5直播课视频：第二章核酸序列数据库
-
2.6第二章 第三节 蛋白质序列数据库
-
2.7第二章 第四节 蛋白质结构数据库
-
2.8直播课视频：第二章蛋白质数据库
-
2.9视频：pymol软件安装
-
2.10视频：pymol绘制蛋白质结构
-
2.11直播课视频：PDB结构文件及结构绘制
-
2.12直播课视频：其他蛋白质数据库
-
2.13第二章 习题
-
2.14资料:Database resources of NCBI
-
2.15资料：DRAMP2.0, an antimicrobial peptide database
-
2.16资料：Computational resources and tools for AMPs
3
4
5
6
第六章 蛋白组信息学
-
6.1视频：蛋白质三级结构预测
-
6.2视频：同源模建
-
6.3视频：二维凝胶电泳
-
6.4视频：MALDI-TOF原理
-
6.5第六章 第一节 蛋白质组成及物理性质分析
-
6.6第六章 第二节 蛋白质二级结构预测
-
6.7第六章 第三节 特殊结构或结构特征分析
-
6.8第六章 第四节 蛋白质三级结构预测
-
6.9第六章 第五节 蛋白质功能预测
-
6.10直播课：蛋白质分析
-
6.11直播课：蛋白质三级结构预测
-
6.12第六章 习题
-
6.13资料：Highly accurate protein structure prediction with AlphaFold
-
6.14资料：Asp120Asn mutation impairs the catalytic activity of NDM-1
7
