1. 一、单选题

1、以下数据库不能用于检索核酸序列的是（    ）

A. GenBank    B. PDB  C. EMBL    D.DDBJ

2、蛋白质结构数据常保存为下面哪一种格式为后缀的文件（  ）

A. PDB  B. txt  C. Seq  D. mdb

3、下列格式属于FASTA格式的是 （  ）

A. >seq1           B.  <seq1       C. ATGCCATA    D. > ATGCCATA

   ATGCCATA           ATGCCATA

 

二、填空题

1、阅读以下数据格式，写出以下标注的含义：

LOCUS是                  ，DEFINITION是                    ，

ACCESSION是               ，VERSION是                ，SOURCE是           

在论文中使用了NCBI数据库中的该序列，应标注该序列的编号，应填             。

 

2、阅读以下Prosite中结构基序的示例，说明其中各符号含义：

－  连字符用来                                  。

[ ]  每个方括号中的残基代表序列基序中某一特殊位置                的残基。

{ }  大括号中的符号代表序列基序中特定位置                 的残基。

X  表示                          。

(n)  代表某特定残基的         。

 

3、下面是NCBI中SARS病毒的基因组，请根据以下图说明SARS基因组有        个基因，编码         个蛋白。

4、检索蛋白质序列可使用哪个数据库，试举两例              、             。

5、检索蛋白质结构常使用             数据库。

6、根据以下检索结果说明该蛋白质结构在PDB数据库中的编号为           ，其结构测定方法为                。

 

名词

一级数据库，二级数据库，Genbank，UniGene，PDB，MMDB格式，EMBL，NCBI，结构浏览器，Rasmal，swiss-pdbviewer，Swiss-model，Prints数据库，Prosite数据库，BankIt，Cn3D，PIR数据库，SCOP数据库，CATH数据库