目录

  • 1 第一章 生物信息学概述
    • 1.1 视频:引言“生物信息学与药物开发”
    • 1.2 视频:人类基因组计划与生物信息学
    • 1.3 视频:人类基因组测序的策略
    • 1.4 第一章 第一节生物信息学及其发展
    • 1.5 直播课视频:第一节生物信息学概述
    • 1.6 第一章 第二节 生物信息学研究领域
    • 1.7 直播课视频:第二节 生物信息学研究领域
    • 1.8 第一章 第三节 生物信息学在药学领域的应用
    • 1.9 直播课视频:第三节 生物信息学在药学领域应用
    • 1.10 第一章 习题
    • 1.11 资料:An explosion of bioinformatics careers
  • 2 第二章 生物信息学数据库
    • 2.1 视频:序列数据检索
    • 2.2 视频:蛋白质结构检索
    • 2.3 第二章 第一节 数据库的基本概念
    • 2.4 第二章 第二节 核酸序列数据库
    • 2.5 直播课视频:第二章核酸序列数据库
    • 2.6 第二章 第三节 蛋白质序列数据库
    • 2.7 第二章 第四节 蛋白质结构数据库
    • 2.8 直播课视频:第二章蛋白质数据库
    • 2.9 视频:pymol软件安装
    • 2.10 视频:pymol绘制蛋白质结构
    • 2.11 直播课视频:PDB结构文件及结构绘制
    • 2.12 直播课视频:其他蛋白质数据库
    • 2.13 第二章 习题
    • 2.14 资料:Database resources of NCBI
    • 2.15 资料:DRAMP2.0, an antimicrobial peptide database
    • 2.16 资料:Computational resources and tools for AMPs
  • 3 第三章 序列比对和相似性搜索
    • 3.1 视频:本周话题_寻找科学亚当
    • 3.2 视频:新冠溯源
    • 3.3 视频:序列比对
    • 3.4 视频:blast搜索
    • 3.5 视频:用mega软件构建进化树
    • 3.6 直播课视频:序列比对
    • 3.7 第三章 第一节 概述
    • 3.8 第三章 第二节 序列比对算法
    • 3.9 第三章 第三节 多重序列比对
    • 3.10 第三章 第四节 相似性搜索
    • 3.11 第三章 第五节 分子进化研究
    • 3.12 第三章 习题
    • 3.13 资料:Site-directed mutagenesis
    • 3.14 资料:菌种筛选与鉴定
  • 4 第四章 测序技术的发展
    • 4.1 视频:DNA测序发展简介
    • 4.2 第四章  第一节 DNA测序简史
    • 4.3 第四章 第二节 三代测序原理
      • 4.3.1 视频:sanger双脱氧链终止法测序
      • 4.3.2 视频:Illumina法测序原理
      • 4.3.3 视频:Ion torrent 测序原理
      • 4.3.4 视频:Helicos高通量单分子测序原理
      • 4.3.5 视频:Pacbio SMRT测序原理
      • 4.3.6 视频:牛津纳米孔测序原理
    • 4.4 第四章 第三节 测序技术的应用
    • 4.5 直播课视频:DNA测序技术
    • 4.6 直播课视频:测序技术(二)
    • 4.7 第四章  习题
    • 4.8 资料:Identification of a novel candidate gene for hearing loss
  • 5 第五章 基因组信息学
    • 5.1 视频:蛋白质编码区分析
    • 5.2 第五章 第一节 基因结构
    • 5.3 直播课视频:基因结构介绍
    • 5.4 第五章 第二节 基因结构预测分析
    • 5.5 直播课视频:基因结构预测分析
    • 5.6 直播课视频:引物设计
    • 5.7 第五章 第三节 新基因的发现及功能预测
    • 5.8 第五章 第四节 非编码RNA
    • 5.9 直播课:非编码RNA
    • 5.10 第五章 习题
    • 5.11 资料:利用基因组数据挖掘发现新抗生素
  • 6 第六章 蛋白组信息学
    • 6.1 视频:蛋白质三级结构预测
    • 6.2 视频:同源模建
    • 6.3 视频:二维凝胶电泳
    • 6.4 视频:MALDI-TOF原理
    • 6.5 第六章 第一节 蛋白质组成及物理性质分析
    • 6.6 第六章 第二节 蛋白质二级结构预测
    • 6.7 第六章 第三节 特殊结构或结构特征分析
    • 6.8 第六章 第四节 蛋白质三级结构预测
    • 6.9 第六章 第五节 蛋白质功能预测
    • 6.10 直播课:蛋白质分析
    • 6.11 直播课:蛋白质三级结构预测
    • 6.12 第六章 习题
    • 6.13 资料:Highly accurate protein structure prediction  with AlphaFold
    • 6.14 资料:Asp120Asn mutation impairs the catalytic activity of NDM-1
  • 7 第七章 计算机辅助药物设计
    • 7.1 视频:定量构效关系
    • 7.2 第七章 第一节 概述
    • 7.3 第七章 第二节 生物信息学在药靶发现中应用
    • 7.4 第七章 第三节 计算机辅助药物设计
    • 7.5 直播课:分子对接
    • 7.6 直播课:定量构效关系
    • 7.7 第七章 习题
    • 7.8 资料:Rational design of aminoacyl-tRNA synthetase
    • 7.9 资料:3D Structure Based Model
  • 8 第八章 新药研发中的生物信息学软件
    • 8.1 第八章 生物信息分析软件
    • 8.2 第八章 MOE软件及其应用
      • 8.2.1 视频:基于结构的生物药物设计
      • 8.2.2 视频:MOE在抗体人源化上应用
      • 8.2.3 视频:MOE在抗体亲和力成熟上应用
      • 8.2.4 视频:MOE在多肽设计上的应用
      • 8.2.5 直播课:使用MOE进行抗体模拟及对接
    • 8.3 第八章 Discovery Studio软件及其应用
      • 8.3.1 视频:DS简介和特色
      • 8.3.2 视频:DS2020新功能
      • 8.3.3 视频:DS软件进行同源模建
      • 8.3.4 视频:DS在抗体成药性评价上的应用
      • 8.3.5 视频:DS在多肽设计领域应用1
      • 8.3.6 视频:DS在多肽设计领域的应用2
      • 8.3.7 视频:DS在分子动力学模拟上的应用
    • 8.4 第八章 习题
  • 9 第九章 宏基因组学
    • 9.1 第九章 第一节 宏基因组概述
    • 9.2 第九章 第二节 宏基因组研究案例
    • 9.3 第九章习题
视频:pymol软件安装

本视频演示了win10 64位系统下,pymol的安装方法,在安装前需要下载以下几个文件,或者它们的更新版本:注意这里演示的是免费版安装方法,同学们也可以去pymol的官网下载注册版,那个对教师和学生也是免费使用的,只要注册即可,但是不能用于发表论文。注册版直接运行安装即可,不需要下面这些麻烦的过程。

相关安装文件已经上传到了本课程公共资源---软件资源中,同学们可以去下载,网址为:https://mooc1.chaoxing.com/coursedata/sharedResource?key=0e2APQLD11MKMhsCSBOYXLmFuDNLfI0rY2yMjO0dE3U%3D

具体的安装步骤可参见视频演示,视频中有一些地方可能讲解得不是很清楚,可参看下面的说明:

  1. 我下载的文件放在了D:\软件\python-3.9.1-pymol-2.5.0 文件夹下面了,所以在安装完python后,换到了该目录下,进行后续numpy、pmw等文件的安装。同学们应根据自己软件放的位置修改,不是必须按照视频中的目录位置。

  2. 安装python后,可以在window左下的搜索栏中输入cmd,打开命令提示符窗口。在命令提示符下,输入 cd 更换目录,如 cd.. 是退到上一层目录,cd 软件 是到软件这个目录下(前提是在当前目录内有“软件”这个子目录)。如果要换到 d盘,直接输入 d: 然后回车。

  3. 进入下载的文件所在目录后,可以用 pip install 加上 拟安装的文件名,分别安装各个文件。如果提示pip 不是可执行文件,可以 用  path 加上python所在目录来设定路径。如视频例子中可以用 path d:\pathon39 说明其路径。


同学们还可以参看网上的安装教材,里面有图文说明,配合本视频进行安装。

https://www.jianshu.com/p/7c3fcd76f7d2