一、选择题

1、进行多序列比对常使用哪种软件 (    )

A. Dock  B. Compute pI/MW  C. Clustal  D. Rasmol

2、对于远源蛋白质序列，在进行多序列比对的时候应选用下面哪一种矩阵（    ）

A. BLOSUM62 B. BLOSUM30   C.PAM100  D. 结合基序打分矩阵

 

二、填空题

1. 要搜索一段基因序列的同源基因序列，常使用             。

2、下图示意的序列比对方法为                

3、Needleman和Wunsch在1970年提出一种比对算法，算法实现主要分三步：首先求出一定积分系统下的                 ，其次求出                  ，最后寻找两个序列的                     ，获得最佳比对形式。

 

 

三、名词

aligment，多重序列比对，Clustal，Blast，gap，局部比对，序列比对的E值，PAM矩阵，BLOSUM矩阵，两条序列的identities，动态规划算法(dynamicprogramming algorithm)、空位罚分

 

四、简答

1、简述序列比对的用途。

2、某实验克隆表达了灰葡萄孢霉菌的HMGCoA还原酶，该菌中这一酶此前未被研究过，现在拟通过定点突变实验研究该酶的性质和功能，请问该使用哪些生物信息学手段设计合适的突变位点。