序列比对的方法被广泛应用于微生物或生物材料的鉴定、分类中。下面例举了一个简单的微生物菌种鉴定实例，通过扩增ITS区（Internal Transcribed Spacer）核酸序列，然后在数据库中搜索相似序列，通过序列比对和做分子进化树，可以推断该菌株属于哪种类型。