目录

  • 1 绪论
    • 1.1 生物化学发展简史
    • 1.2 当代生物化学研究的主要内容
    • 1.3 生物化学与医学
  • 2 第一章  蛋白质的结构与功能
    • 2.1 蛋白质的分子组成
    • 2.2 蛋白质的一、二、三及四级结构
    • 2.3 蛋白质结构与功能的关系
    • 2.4 蛋白质的理化性质
    • 2.5 蛋白质的分离、纯化与结构分析
  • 3 第二章  核酸的结构与功能
    • 3.1 核酸的化学组成及一级结构
    • 3.2 DNA的空间结构与功能
    • 3.3 RNA的结构与功能
    • 3.4 核酸的理化性质、变性和复性及其应用
    • 3.5 核酸酶
  • 4 第三章  维生素与无机盐
    • 4.1 概述
    • 4.2 脂溶性维生素
    • 4.3 水溶性维生素
  • 5 第四章  酶
    • 5.1 酶的分子结构与功能
    • 5.2 酶的工作原理
    • 5.3 酶促反应动力学
    • 5.4 酶的调节
    • 5.5 酶的命名与分类
    • 5.6 酶与医学的关系
  • 6 第五章  生物氧化
    • 6.1 氧化呼吸链是由具有电子传递功能的复合体组成
    • 6.2 氧化磷酸化将呼吸链与ADP磷酸化偶联生成ATP
    • 6.3 氧化磷酸化的影响因素
    • 6.4 其他氧化与抗氧化体系
  • 7 第六章  糖代谢
    • 7.1 糖的消化吸收与转运
    • 7.2 糖的无氧氧化
    • 7.3 糖的有氧氧化
    • 7.4 磷酸戊糖途径
    • 7.5 糖原的合成与分解
    • 7.6 糖异生途径
    • 7.7 血糖及其调节
  • 8 第七章  脂类代谢
    • 8.1 脂质的构成、功能及分析
    • 8.2 脂类的消化吸收
    • 8.3 甘油三酯代谢
    • 8.4 磷脂代谢
    • 8.5 胆固醇代谢
    • 8.6 血浆脂蛋白代谢
  • 9 第八章  氨基酸代谢
    • 9.1 蛋白质的生理功能和营养作用
    • 9.2 蛋白质的消化、吸收与腐败
    • 9.3 氨基酸的一般代谢
    • 9.4 氨的代谢
    • 9.5 个别氨基酸的代谢
  • 10 第九章  核苷酸代谢
    • 10.1 嘌呤核苷酸的合成与分解代谢
    • 10.2 嘧啶核苷酸的合成与分解代谢
  • 11 第十章  非营养物质代谢
    • 11.1 生物转化作用
    • 11.2 胆汁与胆汁酸代谢
    • 11.3 血红素的生物合成
    • 11.4 胆色素的代谢与黄疸
  • 12 第十一章  物质代谢的联系与调节
    • 12.1 物质代谢的特点
    • 12.2 物质代谢的相互联系
    • 12.3 肝在物质代谢中的作用
    • 12.4 肝外重要组织器官的物质代谢特点及联系
    • 12.5 物质代谢调节的主要方式
  • 13 第十二章  DNA的生物合成
    • 13.1 复制的基本特征
    • 13.2 DNA复制的酶学和拓扑学变化
    • 13.3 原核生物DNA生物合成过程
    • 13.4 逆转录和其他复制方式
  • 14 第十三章  RNA的生物合成
    • 14.1 原核生物转录的模板和酶
    • 14.2 原核生物的转录过程
  • 15 第十四章  蛋白质的生物合成
    • 15.1 蛋白质的生物合成体系
    • 15.2 氨基酸与tRNA的连接
    • 15.3 肽链的生物合成过程
  • 16 第十五章 基因表达调控
    • 16.1 基因表达与基因表达调控的基本概念与特点
    • 16.2 原核基因表达调控
    • 16.3 真核基因表达调控
DNA复制的酶学和拓扑学变化

参与DNA复制的物质:

底物(substrate): dATP, dGTP, dCTP, dTTP;

聚合酶(polymerase): 依赖DNA的DNA聚合酶,简写为DNA-pol;

模板(template): 解开成单链的DNA母链;

引物(primer): 提供3¢-OH末端使dNTP可以依次聚合;

其他的酶和蛋白质因子。

一、DNA聚合酶催化脱氧核苷酸间的聚合

全称:依赖DNA的DNA聚合酶 (DNA-dependent DNA polymerase)

简称:DNA-pol

活性:1. 5¢®3¢的聚合活性 2.核酸外切酶活性

(一)原核生物有3DNA聚合酶

DNA聚合酶Ⅲ

全酶结构包括:

2个核心酶

1个g-复合物(g、d、d¢、y、c、t6种亚基)

1对b-亚基(可滑动的DNA夹子)

核心酶由a、e和q亚基组成:

a亚基(130 000)主要功能是合成DNA

e亚基具有3¢®5¢外切酶活性(复制保真性所必需)a亚基可增强其活性

q亚基可能起组装作用

两侧的β亚基发挥夹稳DNA模板链,并使酶沿模板滑动的作用

2个t-亚基分别和1个核心酶相互作用,其柔性连接区可以确保在复制叉1个全酶分子的2个核心酶能够相对独立运动,分别负责合成前导链和后随链。

DNA-polⅠ(109kD)

功能:对复制中的错误进行校读,对复制和修复中出现的空隙进行填补。

DNA-polⅡ(120kD)

DNA-pol II基因发生突变,细菌依然能存活。

DNA-pol Ⅱ对模板的特异性不高,即使在已发生损伤的DNA模板上,它也能催化核苷酸聚合。因此认为,它参与DNA损伤的应急状态修复。

二、DNA聚合酶的碱基选择和校对功能实现复制的保真性

DNA复制的保真性至少要依赖三种机制:

遵守严格的碱基配对规律;

聚合酶在复制延长时对碱基的选择功能;

复制出错时有即时校对功能。

(一)复制的保真性依赖正确的碱基选择

(二)聚合酶中的核酸外切酶活性在复制中辨认切除错配碱基并加以校正

核酸外切酶(exonuclease)是指能从核酸链的末端把核苷酸依次水解出来的酶,外切酶是有方向性的。 

三、复制中的解链伴有DNA分子拓扑学变化

(一)多种酶参与DNA解链和稳定单链状态

解螺旋酶(helicase)——利用ATP供能,作用于氢键,使DNA双链解开成为两条单链。

引物酶(primase) ——复制起始时催化生成RNA引物的酶。

单链DNA结合蛋白(single stranded DNA binding protein, SSB) ——在复制中维持模板处于单链状态并保护单链的完整。         

(二)DNA拓扑异构酶改变DNA超螺旋状态

拓扑异构酶作用特点:

既能水解 、又能连接磷酸二酯键。

拓扑异构酶分类:

拓扑异构酶Ⅰ

切断DNA双链中一股链,使DNA解链旋转不致打结;适当时候封闭切口,DNA变为松弛状态

反应不需ATP。

拓扑异构酶Ⅱ

切断DNA分子两股链,断端通过切口旋转使超螺旋松弛。

利用ATP供能,连接断端,DNA分子进入负超螺旋状态。

四、DNA连接酶连接复制中产生的单链缺口

DNA连接酶(DNA ligase)作用方式:

连接DNA链3¢-OH末端和相邻DNA链5¢-P末端,使二者生成磷酸二酯键,从而把两段相邻的DNA链连接成一条完整的链。

DNA连接酶在复制中起最后接合缺口的作用。

在DNA修复、重组及剪接中也起缝合缺口作用。也是基因工程的重要工具酶之一。