一、氨基酸的排列顺序决定蛋白质的一级结构

蛋白质的一级结构指在蛋白质分子从N-端至C-端的氨基酸排列顺序。

主要的化学键:肽键，有些蛋白质还包括二硫键。   

二、多肽链的局部主链构象为蛋白质二级结构

蛋白质分子中某一段肽链的局部空间结构，即该段肽链主链骨架原子的相对空间位置，并不涉及氨基酸残基侧链的构象。

主要的化学键：氢键           

（一）参与肽键形成的6个原子在同一平面上

（二）α-螺旋结构是常见的蛋白质二级结构

（三）b-折叠使多肽链形成片层结构

  （四）b-转角和无规卷曲在蛋白质分子中普遍存在

无规卷曲是用来阐述没有确定规律性的那部分肽链结构。

（五）二级结构可组成蛋白质分子中的模体

在许多蛋白质分子中，可发现二个或三个具有二级结构的肽段，在空间上相互接近，形成一个有规则的二级结构组合，被称为超二级结构。

二个或三个具有二级结构的肽段，在空间上相互接近，形成一个特殊的空间构象，称为模体(motif)。

模体是具有特殊功能的超二级结构。

三、多肽链在二级结构基础上进一步折叠形成三级结构

（一）三级结构是指整条肽链中全部氨基酸残基的相对空间位置

整条肽链中全部氨基酸残基的相对空间位置。即肽链中所有原子在三维空间的排布位置。

主要的化学键:疏水键、离子键、氢键和范德华力等。

（二）结构域是三级结构层次上的独立功能区

分子量较大的蛋白质常可折叠成多个结构较为紧密且稳定的区域，并各行其功能，称为结构域(domain)。

四、含有二条以上多肽链的蛋白质具有四级结构

许多功能性蛋白质分子含有2条或2条以上多肽链。每一条多肽链都有完整的三级结构，称为蛋白质的亚基 (subunit)。

蛋白质分子中各亚基的空间排布及亚基接触部位的布局和相互作用，称为蛋白质的四级结构。

亚基之间的结合主要是氢键和离子键。