原生动物中药用种仅有草履虫科1科、2 种，即大草履虫和多小核草履虫。

海绵动物的药用种均属于简骨海绵科，应用历史较久的是脆针海绵（紫梢花），宋代的《图经本草》即已收载；另一种是湖海绵。  

腔肠动物中药用种多出自珊瑚纲，主要有 星黄海葵。黄海葵、桃色珊瑚、海仙人掌 等，其他常见的有海蜇、僧帽水母和海月水母等。

软体动物是低等动物中较大的一类，中国近海约有3000多种。

它所属的4个纲中，尤以瓣鳃纲的药用种居多，共计20科、103种，占软体动物药用总种数的1/2左右。

腹足纲的药用种类亦有一定优势，其中主要药用科有蚌科（35）、帘蛤科 （13）、锥螺科（13）、田螺科（11）、骨螺科（11）、宝贝科（11）和牡蛎科（8）。

药用贝类多为双壳贝，共有112种，常用的有三角帆蚌、褶纹冠蚌、圆顶珠蚌、河无齿蚌、长牡蛎、大连湾牡蛎、近江牡蛎、文蛤、青蛤、泥蚶（瓦楞子）和魁蚶等。

单壳贝药用种主要有杂色鲍（石决明）、耳鲍、皱纹盘鲍、阿纹绶贝（紫贝齿）、环纹货贝（白贝齿）、贻贝、中国圆田螺和同型巴蜗牛等。

贝内壳的药用软体动物主要属于头足纲，常见药用种 有曼氏无针乌贼（海螵蛸）、金乌贼、真蛸和短蛸等。

可供药用的软体动物还有蓝斑背肛海兔、缢蛏、红条毛肤石鳖、西施舌、黄蛞蝓及皱红螺等。