结构生物信息学

高丽云

目录

  • 1 简介
    • 1.1 结构生物信息学的研究内容
    • 1.2 结构基因组计划
    • 1.3 结构生物信息学的应用
  • 2 生物大分子的结构
    • 2.1 核酸的结构
    • 2.2 蛋白质的结构
    • 2.3 生物大分子结构的实验测定方法
  • 3 结构数据库及结构数据可视化
    • 3.1 PDB数据库
    • 3.2 PDB格式
    • 3.3 mmCIF格式
    • 3.4 结构数据可视化
  • 4 核酸结构的预测
    • 4.1 RNA二级结构元件
    • 4.2 动态规划方法
      • 4.2.1 碱基最大配对方法
      • 4.2.2 最小自由能算法
    • 4.3 比较序列分析法
    • 4.4 组合优化方法
      • 4.4.1 螺旋区堆积算法
      • 4.4.2 最大权重匹配算法
    • 4.5 RNA二级结构的表示方法
  • 5 蛋白质二级结构的预测
    • 5.1 Chou-Fasman方法
    • 5.2 GOR方法
    • 5.3 同源分析方法
    • 5.4 机器学习方法
    • 5.5 蛋白质二级结构指定算法
  • 6 蛋白质三级结构的预测
    • 6.1 同源建模
      • 6.1.1 同源建模方法原理
      • 6.1.2 同源建模工具
    • 6.2 折叠识别
      • 6.2.1 折叠识别方法原理
      • 6.2.2 折叠识别工具
    • 6.3 从头预测
      • 6.3.1 从头预测原理
      • 6.3.2 从头预测工具
    • 6.4 蛋白质功能预测
  • 7 蛋白质-核酸互作预测
    • 7.1 DNA结合结构域
    • 7.2 RNA结合结构域
    • 7.3 蛋白质-核酸互作预测方法
    • 7.4 蛋白质-核酸对接
  • 8 蛋白质-蛋白质互作预测
    • 8.1 蛋白质结合结构域
    • 8.2 蛋白质-蛋白质互作预测方法
      • 8.2.1 传统方法
      • 8.2.2 机器学习方法
  • 9 染色质结构
    • 9.1 表观遗传修饰
    • 9.2 染色质互作
    • 9.3 染色质结构的实验测定
    • 9.4 Hi-C数据处理
RNA结合结构域