一、什么是微生物
1. 微生物（microorganism,microbe）：是指需借助显微镜才能观察到的一群微小生物的总称。是指所有形体微小、具有单细胞或较为简单的多细胞结构、甚至没有细胞结构的一群最低等生物。

不是生物分类学上的专门名词

2. 种类：微生物类群十分庞杂，包括：

–  属于原核微生物的细菌（真细菌，古生菌）、放线菌、蓝细菌，支原体、立克次氏体、衣原体等，

–  属于真核微生物的真菌（酵母菌，霉菌和蕈（xun）菌），显微藻类、原生动物等。

–  属于非细胞型微生物的病毒、亚病毒（类病毒、拟病毒，朊病毒）

3. 与食品工业有密切关系的主要类群：

     主要是细菌、酵母菌、霉菌、放线菌和部分专门侵害微生物的部分病毒（噬菌体, phage），这些微小生物虽然种类不同、形态和大小各异，但是，它们的生物学特性比较接近，所以人们赋予其一个共同的名称----微生物。   

二、微生物在生物分类中的地位

细胞型生物

动物界（Animalia）

植物界（Plantae）

原生生物界（Protista）：原生动物、大部分藻类及粘菌

真菌界（Fungi）：酵母、霉菌

原核生物界（Procaryotae）：细菌、放线菌、蓝细菌等

 非细胞型生物

病毒界（Vira）

在生物发展的历史上，曾把所有的生物分为动物界和植物界两大类。而微生物，不仅形体微小、结构简单，而且它们中间有些类型像动物，有些类型像植物，还有些类型既有动物的某些特征，又具有植物的某些特征，因而归于动物或植物都不合适。于是，1866年海克尔（Haeckel）提出区别动物界与植物界的第三界——原生生物界。它包括藻类、原生动物、真菌和细菌。

随着科学的发展，新技术和研究方法的应用，尤其是电子显微镜和超显微结构研究技术的应用，人们又发现了原核生物和真核生物。根据核结构的不同，1969年魏塔科（Whittaker）提出五界系统，即动物界、植物界、原生生物界、真菌界和原核生物界。五界系统的生物都有细胞结构。

   病毒作为一界被提出的较晚，主要原因是：病毒和类病毒是生物还是非生物，是原始类型还是次生类型是长期争论未决的问题。但经过长期研究发现，病毒和细胞型生物是有共同特性：1）遗传物质是DNA（部分病毒是RNA）；2）使用共同的遗传密码。在此基础上，我国学者于1979年提出将无细胞结构病毒立为病毒界，从而建立了六界系统。