他又称元气为“道体”，指变化流行的实体，并有本源的意义，他认为“太极”和“太虚”就是元气，元气作为造化实体，就其无穷、无限的意义上说称为太极，就其混涵无间、清虚无形的意义说称为太虚。

王廷相进而提出了我们直接生存的这个现实宇宙的生成理论。从这个宇宙的角度来看，元气是万物由以产生的原始物质。由元气分化为阴阳之气，二气的气化过程先产生了天，天是如浑天说理论中所说的，是有形体的。有天之后，又由气化产生日、星、雷、电、月、云、雨、露，于是有了水、火；由水火又蒸结为土（地），有了地才生出金、木。五行的产生有其先后之序。

根据这种宇宙发生论，他指出，君臣、父子、夫妇都是有天、地，有气化之后才有的，因而礼义也不是永恒的，而是有人类社会之后才有的。

一切有形的物体，有生有灭，有始有终，元气则浑然充塞宇宙之中，无形无迹，无始无终，元气是宇宙的实体，是世界的本质。

在王廷相的元气宇宙论中还提出了一个有特色的“气种”说，张载在提出气一元论时主要用气的自身聚散说明宇宙间一切事物的产生和消灭，后来程朱学派认为，仅讲气的聚散还不能说明统一性如何表现为差别的多样性，同样是气，何以聚结为如此不同的万物呢？程朱派认为，归根到底决定气的聚散方式的是“理”，“理”造成了具体事物的不同形态。

王廷相认为，气化过程中形成了各种不同事物，乃是由于在原始物质元气中包含了后来发展为各种不同物类的“种子”，他认为在太虚元气中“天地日月万形之种皆备于内”，他说：

愚尝谓天地、水火、万物皆从元气而化，盖由元气本体具有此种，故能化出天地、水火、万物。