与湛甘泉同时的王阳明提出“格物是正其心之不正以归于正”。以格为正，以物为意念，这种格物说遭到了湛甘泉的反对。湛甘泉认为，把格物解释为正念头，从经典上说，就造成了《大学》条目中格物与诚意、正心的互相重复。从思想上说，排斥接触外物，完全转向主观立场，是不符合孔子以来重学的立场。在批评王阳明的格物说中，湛甘泉提出了他自己的格物说，他认为：

格者，至也，即“格于文祖”、“有苗来格”之格。物者，天理也，即“言有物”“舜明于庶物”之物，即道也。格即造诣之义，格物者即造道也。^[1]

程朱本来也是以至训格，同时又以穷理释格物，表明程朱对“物”的了解也包含了“理”。“至”就是“到”、“到达”，照程朱的意思，至物就是即物去穷理。湛若水认为，至物主要不是即物，而是达到道，也就是把握道和理，所以他又说“格物者，至其理也”^[2]。湛若水认为，他的这个讲法在程颐的思想中是有根据的，程颐曾说：“格者至也，物者理也，至其理乃格物也。”