李唐王朝定都长安以后，潼关以东的形势发生了很大的变化。窦建德的农民军在河北建立夏国。辅公祏、杜伏威占领江淮，自称吴国。东都王世充击溃了瓦岗军，于武德二年四月自称郑国皇帝。长江中游，还有萧铣割据。刘武周被突厥封为定扬可汗，占了晋阳，并向汾水下游进犯，威胁关中的安全。

唐政府虽然稳定了关陇局势，但是要想统一全国，必须打出潼关，消灭突厥傀儡刘武周，平定王世充，镇压农民起义。

李元吉丧失晋阳以后，皇帝李渊和李元吉等被突厥吓破了胆，主张“弃河东之地，谨守关西”（《旧唐书》卷二《太宗纪》上）。而秦王李世民认为太原乃王业的基础，河东物产丰饶，如果放弃这个地方，关中也难以保全，所以坚决主张讨伐刘武周。

武德二年（619）十一月，李世民引兵到达龙门，乘河水封冻，大军过了黄河，集结柏壁（今山西新绛县西南），与刘武周大将宋金刚对峙。李世民坚壁不战，只命令后勤人员加速运粮，并命令主力休整，只利用小股兵力抄掠敌营，敌出即退，敌退便追。宋金刚被迫撤离。

宋金刚撤兵不久，李世民得知永安王李孝基在夏县战败被俘。他本来准备亲自前往征讨，由于部将殷开山、秦叔宝恳切请战，就答应了他们。李世民估计敌人的主力业已转移，要求他们攻敌不备，中途截击。殷开山、秦叔宝也了解到，俘李孝基的是刘武周的部将尉迟恭和寻相，于是按照李世民的指示出战，结果在美良川一战大获全胜，俘了尉迟恭和寻相等。此后，唐军继续避实就虚，养精蓄锐，等待有利战机，两军相持3个月之久。到武德三年（620）二月，刘武周进攻潞州（今山西长治），被唐将王行敏打败，后来又遭李仲元袭击，军威大挫。宋金刚的军威已衰，同时粮道又被切断，被迫退走，秦王乘机衔尾猛追，一昼夜追赶200余里，一直追到雀鼠谷，才追上宋金刚。敌军且战且走，一天之内交锋八次，都被唐军打败，俘斩数万人，宋金刚落荒逃窜。五月，李世民收复了晋阳，稳定了河东的局势。

关中两面的威胁基本解除后，唐政府进攻的锋芒，便指向中原。

武德三年（620）七月，秦王率领唐军东进。第一个劲敌就是王世充。唐军对王世充的作战方针，大体采取两个步骤：一是打东都外围据点，设法切断其补给线。二是包围洛阳，全歼守军。

王世充听说唐军压境，大为惶恐，特派其亲信防守要地。王世充又怕他的部队投降，特立禁约，宣布一人失踪，杀其全家。

这年七月，唐将史万宝，从宜阳占了龙门（今山西河津），刘德威则越太行东下，包围了河内（今河南沁阳）。王君廓进攻洛口，准备切断王世充的粮道。李世民自率主力军，占领了邙山，步步进逼，形势对隋军非常不利。不久，隋洧州（今河南鄢陵）长史张公谨与刺史崔枢，举州降唐。邓州土豪捕王世充所置刺史，送进唐营。唐怀州总管黄君汉，打下回洛城（今河南孟津），连下20余堡。显州（今山西孝义）总管田瓒，举所部25州也来投降。武德三年（620）末，汴州（今开封市）、荥州（今河南汜水）、隋州（今湖北随县）、许州（今河南许昌市）、亳州（今安徽亳县）、阳城（今河南登封）等地，全部被唐军占领。王世充的补给线，基本上被唐军切断。至此，李世民下令向东都发起总攻。唐军昼夜反复冲杀，但因城内守卫甚严，唐军伤亡甚大。大总管刘弘基曾请求班师还朝。秦王说：“我领大军前来，是为了一劳永逸。现在中原各地已望风畏服，纷纷投降，只剩东都一座孤城。目前这座孤城，内无粮草，外无救兵，指日可下。现在我军功在垂成，为什么不能坚持下去呢？”于是给全军下令说：“东都一日不破，我军一日不还，今后再有敢说班师者，一律斩首。”从此将士不敢再要求撤兵了。

正在这千钧一发之际，由武牢（虎牢）关方面传来警报，说窦建德大军挺进中原，支持王世充，来势很猛。王世充原来是镇压农民起义的大刽子手，窦建德为什么能和他并肩战斗呢？因为当时窦建德的政治态度已经发生变化，从他称夏王后，就千方百计保护隋朝官员。如河间郡丞王琮，原是在农民军长期围攻下被迫投降的。他过去亲手屠杀很多农民军，民愤极大。但窦建德认为他长期顽抗对朝廷是“忠良”，是“义士”，并宣称：“从前在高鸡泊起兵时，我们曾随便杀人，现在要安百姓定天下，不能再杀人了。如果有人不服从我的命令而擅自杀了王琮，一定要灭其三族。”窦建德还任命王琮为瀛州刺史。又如滑州刺史王轨被其家奴杀了，他的家奴带着王轨的人头来参加起义。窦建德却说：“奴隶杀主人是大逆不道”，结果杀掉了主动参加起义的奴隶，把封建官僚的头送还原主。其次，在打败宇文化及以后，俘隋朝贵族官员1000余人，除杀了数人以外，95％以上的贵族官员都被释放或留用。以上这些现象说明窦建德业已蜕化变质，在这样的情况下，他和封建官僚王世充合作就不足为奇了。

在聊城战役以后，窦建德军继续向南发展，武德四年（621）初，攻下了周桥（今山东城武县），吞并农民军孟海公部。

正在此时，秦王李世民率领大军讨伐王世充，包围了东都。窦建德为了保全自己，向西扩充地盘，于是决定出兵支援王世充。这年二月，窦建德指挥大军挺进中原，攻下了管州（今河南郑州一带）、阳翟（今河南禹县）等地。

窦建德与王世充合作的消息传来以后，对唐军有很大影响，将领们对战局产生不同看法。肖瑀和封德彝认为：现在窦建德乘打败孟海公之威，士气旺盛，锐不可当。而我军战线太长，东西两面作战，腹背受敌，主张暂时退至新安（今河南新安），进行休整，等待良机，再行决战。郭孝恪有不同看法，他认为：王世充现在是日暮途穷，势将必降，目前我军仍旧要固守武牢，伺机进攻，必能破敌。薛收认为：王世充据守东都，府库充实，部下皆江淮精锐，勇敢善战，只因缺乏粮饷，所以困守孤城，坐以待毙。现在窦建德和他联合，运粮相济，恐怕贼势更强，战争将旷日持久，前途不堪设想。请分兵固守东都，深沟高垒，不与争锋，秦王亲率精锐，先据成皋，以逸待劳，一定能打败窦建德。窦建德如果失败，王世充必然投降。

李世民采纳了薛收的意见。他根据新的形势，调整了作战部署。首先，从武牢召回屈突通，叫他辅佐李元吉，继续围攻东都。秦王自己则亲率徐世勣、秦叔宝、尉迟恭等，到武牢阻击窦建德。

这时窦建德领导的农民军已达成皋东原，筑宫板渚（今河南汜水），作为行辕，并且派人通知王世充。唐将王君廓率轻骑千余，切断农民军的粮道，俘虏其大将张青特，给窦建德以很大打击。此时有人给窦建德建议，叫他攻取怀州、河阳，进入汾晋，夺取关中，如果唐军腹背受敌，他们可能从中原撤兵。窦建德拒不接受这个建议，贸然进攻武牢。他调齐人马，从板渚出牛口，列阵20余里，擂鼓而进，被唐军打败，死伤五六万人，自己也做了俘虏。王世充也投降了唐朝。唐兵进入洛阳。

窦建德的部众除了被俘或牺牲者以外，还有一些人解甲归田。唐政府强迫窦建德部将董康买、范愿、高雅贤、刘黑闼等到长安报到。范愿说：“我等至长安，必无保全之理。”于是大家一致推举刘黑闼为首，于武德四年（621）七月，在漳南二次起义。第二年正月，进取洺州，黑闼自称汉东王。在这一年内，连续打败河北唐军，恢复了夏王时期的故地，取得了重大胜利。

李世民到河北镇压刘黑闼起义。他从获嘉（今河南新乡市）、肥乡（今河北广平县西）进兵，和刘黑闼相持在洺水（今漳河）之上。当时，幽州的罗艺协助李世民打击刘黑闼。刘黑闼先阻击北面的罗艺，结果失败，于是又返回冀南，攻打李世民。唐军最初采取守势，双方相持60多天。刘黑闼攻陷了洺水城（今河北曲周东南），杀唐将罗士信。秦王李世民估计刘黑闼迟早必来决战，于是他派人把洺水上游堵塞住，同时嘱令在双方交战以后，立即放水。不久，刘黑闼果然渡水南来，迫近唐营。秦王自率精骑，破其前锋，同时另一股唐军，又攻其后队。刘黑闼督军奋战，渐渐支持不住，遂与其部将王小胡溃退。这时唐军在洺水上游放水，河水暴涨，泛滥两岸，农民军溺死数千人，结果失败。唐政府统一了中原各地。

李　渊

河北的刘黑闼二次起义失败以后，全国多数农民军都被唐政府镇压下去，只有辅公祏、张善安在江南继续战斗。武德六年（623）十一月，朝廷派赵郡王李孝恭率领强大水军直奔江州（今江西九江）；岭南道大使李靖督交广步骑北上宣州（今安徽宣城）；怀州总管黄君汉从谯亳出发；齐州总管李世勣从泗水引兵入淮。四路大军集中兵力围剿辅公祏。当时唐军方面的作战方案划分两步：第一步是除掉辅公祏羽翼，控制长江中游。十二月，江南安抚大使李大亮奉命攻打洪州（今江西南昌市）。他利用欺诈手段使张善安脱离自己队伍，然后抓住他，瓦解了这支反唐武装。

张善安部失败以后，唐军集中全力围剿辅公祏。武德七年三月，李孝恭破庐州（今安徽合肥市）、同安（今安徽桐城）及宣州鹊头镇，后来又攻克芜湖（今安徽芜湖市），夺取梁山等三镇。

针对唐军的部署，辅公祏设置两道防线。第一道防线在当涂（今安徽当涂）和州（今安徽和县）之间。具体部署在果山一带，用铁索截断长江水道，阻止荆州汉水方面唐军东下。同时派大将冯慧亮、陈当世率水师3万屯驻林青山，并在沿江两岸筑城结垒，形成“巨障”。第二道防线设在丹阳外围。当时李孝恭和李靖率水师到达舒州（今安徽潜山）。另一路唐军切断了冯慧亮的补给线，使冯慧亮部发生粮荒。另一方面，李世勣领一万余人渡淮，占据寿阳，迫近硖石，从北侧威胁农民军。

唐军虽然把大军集结前线，但他们对辅公祏的具体作战方针，还有很大分歧。多数将领认为，冯慧亮占据水陆险要地带，我军如果马上进攻，短期无法取胜。因此，首先应集中力量进攻辅公祏的老巢丹阳，假若攻克了丹阳，前线敌军必然闻风瓦解。

但是，著名军事家李靖不同意上述打法，他说：“我军到达前线以来，从来没有打过大胜仗，连冯慧亮都打不了，怎么能攻克丹阳呢？假若我军贸然进攻丹阳，旬月不下，到了那个时候，如果冯慧亮调转头来两面夹攻，我军将腹背受敌。因此我们应当首先攻打冯慧亮和陈正通，集中优势兵力突击一点，是一定可以取胜的。”

李孝恭非常同意李靖的计策，于是组织老弱残兵当先锋，进攻博望山，把精兵安排在后面。等双方接触以后，唐军很快败下阵来。农民军误认为唐军败退，于是出兵追击，追了几里，中了李靖的伏击，双方激战，农民军伤亡惨重。正在这个时候，降将阚陵忽然出现在阵前，他脱下盔甲，煽动农民军说：“你们不认识我吗？快住手吧！”因为作战的农民军有些是叛徒阚陵部下，他们看到阚陵，有人下拜，有人放下武器。李靖利用这混乱时机大举进攻，攻下了博山、青林等地，农民军死伤1万余人。接着李靖领兵进迫丹阳。辅公祏见大势已去，弃城逃走，后在武康（今浙江吴兴）被俘，慷慨就义。到这年为止，唐政府终于统一了天下。