17世纪，满族崛起于东北，建立清王朝，并入关夺取了对全国的统治权。这时候，世界上正是早期殖民主义势力扩张之时。俄国从16世纪下半叶越过乌拉尔山以后，仅仅几十年的时间，就扩张到了鄂霍次克海，在辽阔的西伯利亚土地上陆续建立起稀疏的扩张据点，17世纪的30年代逼近中国的东北边境。

1636年，一队在阿尔丹河上建立据点的俄国哥萨克第一次听到了有关黑龙江的消息。1643年，雅库次克督军戈洛文派出以文书官瓦西里·波雅科夫为首的一支远征军，共133人，携带枪支弹药侵入黑龙江。他们探知西里姆底河口的达斡尔人村庄贮存粮食之后，派出一个分队前去抢劫。直到1646年，波雅科夫等才取道鄂霍次克海返回雅库次克，在黑龙江上骚扰达三年之久。

1649年（顺治六年），由叶罗菲·哈巴罗夫组织和指挥，对我国东北地区发动了第二次武装入侵。次年一月，哈巴罗夫率领70名哥萨克越过外兴安岭，窜到雅克萨以西。这一带是我国达斡尔族首领拉夫凯的辖区。哈巴罗夫看到自己力量单薄，决定回雅库次克求援。他搜刮了粮食，放火烧了村庄，匆匆回到雅库次克，向雅库次克督军作了汇报。哈巴罗夫招募了117人的队伍，雅库次克督军又拨了20名哥萨克火枪手，于1651年初再次窜到我国黑龙江上。他首先进攻雅克萨，侵占了这个战略重地。同年六月哈巴罗夫向黑龙江中下游窜犯，在古伊古达儿村进行了骇人听闻的大屠杀，并突袭了精奇里江口的多伦禅屯。1651年十月，来到乌扎拉村（在伯力以东六百余里，今俄罗斯宏加力河口），在这里休整过冬。这一带是我国赫哲族（亦称阿枪人、纳特克人）居住的地区，宁古塔章京海色率领600名士兵前往乌扎拉村，战斗失利，被迫从乌扎拉村撤退。哈巴罗夫不敢再往前走，回莫斯科报捷领赏。斯捷潘诺夫接任，指挥留在黑龙江上的几百个哥萨克。

1653年（顺治十年），清政府设立宁古塔昂邦章京，任命沙尔虎达为第一任昂邦章京，以抗击俄国侵略，保卫边境安宁。1654年，沙尔虎达率领三百满兵、三百虎尔哈兵和前来助战的一百朝鲜兵，前往松花江口，与斯捷潘诺夫所率370名俄国侵略军发生了遭遇战。1655年初，清政府命固山额真明安达理统率官兵，往征罗刹（即俄罗斯人）于黑龙江。斯捷潘诺夫侵略军龟缩在呼玛尔城内，利用坚固的工事和精利的武器进行顽抗，清军攻城，战斗十天，未能攻克呼玛尔。1658年七月十日，斯捷播诺夫带领五百名哥萨克窜到松花江上。沙尔虎达率清军分乘47只小船，在松花江和牡丹江的会流处严阵以待，另有朝鲜兵260人赶来助战。经过一场鏖战，270多名侵略军被打死或活捉，漏网47人，侵略军头子斯捷潘诺夫被击毙，缴获船上赃物貂皮3080张。1659年，沙尔虎达去世，其子巴海继任宁古塔昂邦章京。1660年，清军在巴海率领下又在黑龙江进行了扫荡，肃清了中下游的俄国侵略军残部。

俄国政府曾多次派外交使节前来中国，收集情报，刺探消息。1676年（康熙十五年），俄国政府又派尼果赖使团来到北京。清政府隆重接待了俄国使团，康熙帝两次接见，希望和俄国使团谈判解决中俄边界的争端。

从1676年到1682年（康熙十五年至二十一年），俄军分路推进，在黑龙江的各条支流上，建立寨堡，设置据点，强征贡税，迫害中国的各族居民。1676年在葛蒌河（即古里河，明代曾设古里河卫）上设侵略据点；1678年在精奇里江上游，建立结雅斯克堡；1679年又在西林穆丹河上建立西林穆宾斯克；在精奇里江口建立多伦禅（俄人称多伦斯克）；1681年在额尔古纳河上建立额尔古纳堡，劫持当地中国居民首领阿里汗和巴久汗作为人质，强征贡税，并在这里勘察和开采银矿；1682年，雅克萨俄军当局又派出大批哥萨克，侵扰黑龙江下游。俄军在黑龙江下游及沿海一带建立了杜吉根斯克、乌第斯克、图古尔斯克、聂米伦斯克等侵略据点。

黑龙江流域是满族的故乡，清朝的发祥地，清王朝自然不能容忍俄军侵占这里，驱逐俄军，收复失地是清朝统治者的强烈愿望。1682年，即平定三藩之乱的第二年，康熙帝在四月到盛京（沈阳）谒陵后，由抚顺、兴京、哈达城（今西丰），出柳条边，五月到船厂（或称吉林乌喇，即今吉林市），航行于松花江上，亲自视察边防情况。同年九月康熙帝派副都统郎谈、公彭春率领几百人，以捕鹿为名，到雅克萨附近侦察地理形势和水陆交通，又下令在黑龙江（即瑷珲）和呼玛尔两地建城驻兵，贮存粮食，修造船只，筹划屯田，开辟驿路，以求战而能胜，胜而能守。

1683年夏天，第一批乌喇宁古塔官兵1000人在副都统萨布素率领下到达瑷珲。1684年秋，又有乌喇宁古塔官兵及增派的达斡尔官兵1000人携带家属到黑龙江屯田驻守。这两批军队共2000人，是守卫边境、对俄作战的主力。1683年冬，为了协同作战，从北京派兵五六百人往黑龙江。1685年初，为了对付俄国的火枪，又调安插在山东、山西、河南的福建藤牌兵420人到前线。这两批军队共1000人，参加战斗后即撤回原地。清军到达瑷珲，即在黑龙江东岸古城的废墟上建立城堡，城名黑龙江，设将军驻守，萨布素为第一任黑龙江将军。为了保证驻守黑龙江的士兵的粮食供应，又在当地屯田，还从科尔沁十旂、锡伯、乌喇官屯征集粮食12000石，备三年之需，又派人在索伦族居住地区购买牛羊牲畜。

要向雅克萨进军，需要大批战船和运输船。清政府积极准备木料，调集工匠，在吉林设厂，大规模造船。特派户部尚书伊桑阿监督，制造各种类型的船只，征调士兵、奴仆和流放的罪犯充当水手。并从盛京（沈阳）到黑龙江（瑷珲）之间组织分段运输，这条运输线路长达5000里，经辽河、松花江、黑龙江，设防兵，招夫役，浚河道，设粮仓，派人在各段实地勘察道路远近和水流深浅，确定所造船只的大小和运载量。还在通州到瀛台之间，装米行船，作了试验性的航行。此外，又从乌喇到瑷珲开辟了1340里的新驿路，中途设19个驿站，以传递公文、军情。

1685年一月，康熙帝派都统公瓦山等赴黑龙江和萨布素等会议，决定春暖后发兵收复雅克萨。六月，清军进抵雅克萨，先遣返俄俘费咬多里等三人进雅克萨，带去两件公文，一件是康熙帝致沙皇的信，一件是清军统帅彭春给雅克萨俄军的咨文，要求俄军撤离中国，对侵略者发出最后警告。六月二十五日，清军架设大炮，向雅克萨猛烈轰击，城内到处起火，俄军伤亡严重。清军又多次把劝降信射入城内，提出俄军只要撤出雅克萨，保证不再重来，就可以保全生命，并允许俄军带走自己的武器和财产。至此，俄军头子托尔布津竖起了降旗，清军准许700多名俄国人撤出雅克萨，并把他们送到额尔古纳河口。另有巴什里等45名俄兵不愿回国，要求留在中国，随清军回到瑷珲。雅克萨据点内160多名被俄军扣押作人质的中国索伦族、巴尔虎族人民，全部获得释放。第一次雅克萨战争以俄军的战败、投降和撤出雅克萨告终。

托尔布津率领俄军从雅克萨退到了尼布楚，但侵略的野心不死，仍想卷土重来。这时，由拜顿率领的六百名援军到达尼布楚，俄军的力量增加了。同时，他们打听到，清军战胜后已全部撤回瑷珲，并没有在雅克萨留兵驻守。因此，托尔布津和拜顿立即率军重新占据雅克萨，并全力构筑城堡工事，妄图负隅顽抗。

俄军再占雅克萨，清政府不得不再次出兵。1686年七月，萨布素率清军2000余名进抵雅克萨，在雅克萨据点里的俄国侵略军共有800多人，已做好顽抗的准备。俄军火器较多，有充足的弹药、粮秣，还有坚固的城防工事。他们频繁地从雅克萨出击，不让清军的炮位和攻城器械逼近城垣。清军除了一些大炮之外，只有火枪50支，士兵们全用刀矛弓箭作战，未能迅速攻下雅克萨。但清军士气高昂，又有当地各族居民助战，屡次挫败出城搦战的俄军，在战斗开始以后的几天内，就打死了100多个侵略军，俄军头子托尔布津也中炮毙命。清军和俄军在雅克萨相持，寒冷的季节很快来到。清军由于缺少火器，为了避免太大牺牲，停止了强攻，在雅克萨周围筑垒挖濠，团团围困。经过长期的战斗和包围，俄军大多战死病死，八百多俄军最后只剩下66人，粮食弹药亦消耗殆尽，尼布楚方面也无力再派援军，困守雅克萨的侵略军只有坐以待毙。

1686年十一月，一批俄国信使在路上经历一年之久来到了北京。沙俄政府为了缓和远东方面的紧急局势，决定接受清政府的建议，举行边界谈判，并派出了以戈洛文为首的谈判使团。文纽科夫和法沃罗夫奉俄国政府之命，先期赶到北京，递送沙皇给康熙帝的书信，要求清政府停止攻打雅克萨，等待戈洛文使团到达，进行谈判。清政府同意俄国的请求，停止战斗，解除包围。雅克萨围城五个月，俄军死亡殆尽，城内缺少粮食木柴，清军送去了粮食。1687年，清军单方面撤离雅克萨返回瑷珲，等待俄国使团到来。

1686年二月，戈洛文从莫斯科出发，1687年九月到达贝加尔湖东岸，在这一带停留两年之久。1689年七月底，中国使团先到达尼布楚。使团共有官兵不到3000人，还有水手、仆役、运伕，此外有供食用和运输用的大批牛羊马匹。使团分两路行进，一路由索额图、佟国纲率领，自北京出古北口，经达尔泊、克鲁伦河、温都河，至尼布楚；一路由郎谈、萨布素率领，自瑷珲溯黑龙江而上，经雅克萨，至尼布楚。八月中旬，经过一系列艰难曲折的谈判，终于达成了协议。1689年9月7日（康熙二十八年七月二十四日），中俄双方正式签订了《尼布楚条约》。

《中俄尼布楚条约》共六条，明确规定以格尔必齐河、大兴安岭（即外兴安岭）和额尔古纳河为两国的分界线；外兴安岭和乌第河之间的地区暂行存放，留待后议。又规定了俄国在雅克萨和额尔古纳河南岸的据点全部拆毁、迁移。《中俄尼布楚条约》严禁彼此越界入侵，双方不得收容逃亡者，以减少边境争执。但中俄两国人民持有护照者，可以过界来往，贸易互市，这是俄方长期以来的要求。《中俄尼布楚条约》是一个平等的条约，划分了中俄两国的东段边界，从法律上肯定了黑龙江流域和乌苏里江流域的广大地区都是中国的领土。条约在领土和贸易方面也满足了俄国的要求。

18世纪末和19世纪初，一方面由于《中俄尼布楚条约》的签订，两国的贸易有很大发展，俄国商队频繁地前来北京，销售大量毛皮，又从中国运出大批丝织品、布匹、药材。清政府不断向俄国提出抗议，要求迅速划定中段边界，但俄国政府置若罔闻。由于沙俄对中国蒙古地区的入侵骚扰越来越严重，清政府决定于1718年起，暂停贸易。1720年（康熙五十九年），俄国政府所派特使伊兹玛依洛夫来到北京，交涉恢复中俄之间的贸易。伊兹玛依洛夫受命要为俄国取得广泛的商业和政治利益，谋求和中国缔结“自由通商条约”。这个使团在北京停留三个多月，康熙接见了十多次，再三向使团表明中国方面的和平意愿。

1726年（雍正四年）十一月，萨瓦到北京祝贺雍正登基并和中国政府举行谈判，双方商定在波尔河继续举行边界谈判。1727年六月，勘界会议在波尔河畔举行。中国方面的谈判代表是隆科多和图理琛。同年八月三十一日签订了《中俄布连斯奇条约》。中俄双方派出界务官，勘分了中俄中段的整个边界，设置了界标。十月二十三日，订立《阿巴哈依图界约》，确定了从恰克图向东至额尔古纳河的边界；十一月七日，订立《色楞额界约》，确定了从恰克图向西至沙宾达巴哈的边界。中俄双方在北京和波尔河畔谈判的基础上，又在1728年六月二十五日签订了《中俄恰克图条约》。这项条约是确认前此各项条款的总条约，规定了中俄在政治、经济、贸易、宗教各方面的相互关系。条约共11款，确认了《布连斯奇条约》规定的中俄边界：以恰克图和鄂尔怀图山之间的鄂博作为两国边界起点，东至额尔古纳河，西至沙毕纳伊岭（即沙宾达巴哈），以南归中国，以北归俄国；重申“乌第河及该处其他河流既不能议，仍保留原状”，双方均不得占据这一地区。《恰克图条约》规定俄商每三年可来北京一次，人数不得超过二百，此外可以在尼布楚、恰克图通商。条约还规定俄国可以派东正教教士三人来北京，中国方面接受俄国学生来北京学习中国语文。