清光绪二十六年（1900）前后，敦煌莫高窟一个密室的大批经卷、文书、绣画、法器等珍贵文物重见天日，震动了国内外学术界。由此，形成了以研究这些资料为主的专门学问，被称为“敦煌学”。这个密室后来就被称为“藏经洞”。藏经洞里藏有那么多被后世视为宝贝的文物资料，当时为何将它们封闭起来呢？又是在什么时候封闭的呢？关于这一问题，由于未发现直接文字记载，遂成一大历史疑案。多年来，海内外不少学者对此进行探究，发表了许多文章，试图解开这一疑案，集中形成了五种观点。

一是避难说。认为藏经洞之所以被封闭，是因为莫高窟僧人为躲避战乱，将不便携带又不忍丢弃的经籍文书、铜佛法器封藏于密室，并在封墙上画上供养菩萨像，以遮人耳目。至于躲避哪一次战乱，有人认为是躲避西夏的侵袭，洞内所藏文献最晚的一份是宋咸平五年（1002）的，且文献中没有西夏文本，因此藏经洞应该是封闭于西夏人占领敦煌之前。有人认为是为了躲避喀喇汗王朝，这个由突厥族建立的政权是新疆第一个信奉伊斯兰教的王国，所到之处皆毁寺逐僧，敦煌僧侣们感到了威胁，决定封存各寺院的佛经文书及佛教艺术品，并于1006年进行了有计划的封存。此外还有躲避成吉思汗西征崇道毁佛说以及元朝末年兵乱说的。

二是废弃说。认为在曹宗寿当政时期（1002—1014），敦煌僧侣已向内地请求配齐了《大藏经》，并向朝廷乞求到一部金银字《大藏经》，还有锦帙包裹、金字题头的《大般若经》。如果是避难，那么这些珍贵的东西理所当然应该珍藏于石室中。但事实上藏经洞内没有整部《大藏经》，所存的多为残卷断篇，并杂有许多抄错的废卷、过时的文书和契约等，还有一些纸绢麻布画及木刻雕像等。这是由于新版本佛经的进入，以及纸张的充足，这批文书、经卷对当时的僧众已完全失去价值了。但是在“崇圣尊经”观念支配下，即使是破烂文书、佛画也仍然是不可亵渎的“神圣废弃物”，因此必须加以收集，予以集中封存。

三是书库改造说。有人认为，大约在公元1000年，折叶式的刊本经卷已从中原传到敦煌，因此敦煌的各寺院就面临着一个改变藏书室的位置以便为折叶式经典使用的问题，这样就得把以前使用起来不方便的卷轴式经典等进行集中处理。由于是佛教圣物，不能随意抛弃，同时也怕有人私拿，于是就以洞窟封存的方式解决，一劳永逸。不过这一说法无法解释为什么要在藏经洞外重修壁画的原因。

四是佛教供养物说。对佛教法物进行集中供养，此种宗教仪式是佛教界常见的现象，是一种极其虔敬的宗教行为。一般寺院都有藏经的地方，而且不止一处。一类是由政府颁赐，或请人或自行抄写，这类佛经主要供僧人讽呗诵读。还有一类是教内外人士祈求福报、追荐亡灵、做功德发愿书写的经卷，主要是用于供在佛前供养。供养经多为小经或单卷，带有个人的随意性，多供养或秘藏在特殊的地方，诸如石龛、石窟等处。藏经洞的经书大多没有系统，卷帙或多或少，大多缺头少尾，符合供养经的特点。经藏的包裹方式，以及堆放的层次关系，都完全符合佛教装藏或供养法物入藏的仪轨。

五是排蕃思想说。即敦煌当地人为了扫荡吐蕃统治的影响而为。藏经洞保存有大量的吐蕃资料，包括极为详细的吐蕃统治敦煌时期的佛教资料。在归义军时期，人们为了消除吐蕃统治时期的影响，也出于对那一段屈辱史的憎恨，因此决定把吐蕃统治时期的资料一并封存。

综合以上诸说，藏经洞封闭时间可分为西夏占领敦煌以前、西夏占领敦煌之后，以及元、明四个时间段。其中元、明之说证据不足，几不成立；前二说论据较丰满，但在封闭时间的年代划分上，仍各有区别。与此相关的避乱、废弃等诸说也仍难归于一统。藏经洞为何而封？何时被封？仍是学术之谜，我们期待真相早日大白。