屠宰检疫分为宰前检疫、屠宰检疫，宰前检疫主要通过查证验物和临床观察，在这个过程中可以检出来自疫区、没有经过产地检疫的动物，临床观察阶段可以发现一些屠宰后无法检出的疫病如口蹄疫等，以及处于疫病潜伏期的动物。屠宰检疫阶段可以检出寄生虫病，以及对宰前发现有些疫病特征不明显的疫病。屠宰环节发现染疫动物产品会及时进行无害化（销毁）处理。