牛奶在离开乳房前即被细菌污染，因为乳头管和乳池等管腔是与外界相通的。但这些菌一般无大害，且数量不多（临床型乳腺炎奶则另当别论）。挤奶过程和贮运过程牛奶极易遭污染。许多报道认为，与牛奶相接触的各种容器表面不清洁引起污染一般大于乳房内污染。我国国家标准允许特级、一级和二级生鲜牛乳每毫升分别含菌50万个、100万个和200万个。市售消毒奶允许含菌3万个，但不得检出致病菌。法国对生奶质量标准规定，每毫升菌数＜6万个，评3分，6万～30万个和＞30万个分别评2分和1分，按质论价。加拿大标准规定，生奶每毫升细菌数在15万个以下。乳头管中常集有较多细菌，开始挤奶时大部分被冲出，故挤奶操作规程常规定，每个乳区的第一至三把奶挤入专门的杯中（不混入贮奶缸），这样做既减少生奶中细菌数，又便于检出带凝块、絮条等异常奶，并且最初几把奶的含脂率远低于后来挤出的奶。

手工挤奶，细菌可从工人、牛饲料、地面粪尿等周围环境和空气进入牛奶。用挤奶机挤奶尤其是挤奶台或管道式挤奶，可减少污染源。但挤奶设备不洁，牛奶中将会进入大量的细菌。牛奶挤出后应尽快使其冷却至0℃～4℃，这样可抑制牛奶中的微生物生长，极大地改善牛奶的各项质量指标。据测定，刚挤出的奶每毫升含菌4万个，贮于5℃在24小时后达9万个，若贮于10℃和15℃在24小时后则分别达18万个和450万个。