绿色食品标志的使用管理由中国绿色食品发展中心统一组织进行，以国家商标法和合同法为法律依据，按照《绿色食品标志管理办法》的规定对企业进行监督管理。以年检和抽检为手段，监督检查企业执行有关技术标准和质量控制措施，查处产品质量问题，对在年检和抽检中发现的不合格产品，随时取消其标志使用权并予以公告。