个人成就奖

1. 1998年获中组部、人事部、中国科协联合颁发的第六届"中国青年科技奖"。

2. 2002年获教育部"高校优秀青年教师奖"。

3. 2004年获政府特殊津贴。

作品获奖

1. 1996年，"希腊人的空间概念"(《哲学研究》1992年第11期)获中国自然辩证法研究会颁发的"自然辩证法青年成果奖"(1996年5月)。

2. 1996年，"重建自然哲学"(《自然辩证法研究》1993年第2期)获"《自然辩证法研究》创刊10周年优秀论文奖"(1996年5月)。

3. 1996年、1997年，《科学的历程》(湖南科技出版社1995年版)获96年度中宣部"五个一工程"奖，第二届全国青年优秀社会科学成果奖(1997)，首届胡绳青年学术奖(1997)。

4. 1999年，《时间的观念》(中国社会科学出版社1996年版)获"中国社会科学院第三届青年优秀科研成果奖"专著类二等奖(1999年)。

5. 2001年博士论文《技术与形而上学》获全国优秀博士论文。

6. 2008年，《时间的观念》(北京大学出版社2006年版)获"北京市第十届哲学社会科学优秀成果奖一等奖"

7. 2009年，《科学的历程》(北京大学出版社2002年版)获"2008年度北京市科学技术奖三等奖"

教学获奖

1. 2005年，"哲学本科教学改革与课程体系建设(北京大学)"获2004年北京市教育教学成果(高等教育)二等奖，获奖者吴国盛、叶朗、赵敦华、丰子义、胡军。

2. 2005年，《科学通史》被评为北京大学精品课程，获奖者吴国盛。

3. 2010年，《科学通史》被评为北京市精品课程，获奖者吴国盛。