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秦始皇三十四年（前213），儒家博士淳于越，反对“郡县制”，要求按照古制，分封子弟。面对儒家学者对政治的否定，丞相李斯严厉驳斥了他们的主张。为了顺利推行政策，李斯建议秦始皇，禁止百姓以古非今，严禁以私学诽谤朝政。秦始皇采纳了李斯的建议，下令焚烧《秦记》以外的列国史记，对《诗》、《书》等诸子百家也限期上交烧毁；敢谈论《诗》、《书》者处死，以古非今的灭族。禁止私学，想学法令的要以官吏为师。此为“焚书”。

第二年，两个术士骗取优厚待遇，为秦始皇炼长生丹。到了期限，丹药未能练成。这两个术士于是诽谤秦始皇多行暴政不配得长寿，然后亡命而去。秦始皇暴怒，派人调查，犯禁的术士和不满始皇“焚书”的儒生共四百六十余人，全部挖大坑活埋。此为“坑儒”。两件事合称“焚书坑儒”。

《易经》在“焚书坑儒”事件中被归为“卜筮”书，幸免于难。

李斯出身于儒家，是荀子的弟子，他肯定读过《易经》，知道《易经》是怎样的一部书，为何放过它呢？

传说，李斯小时候，一心想做人上人，但父母对他管教非常严格，整天把他关在家里读书。李斯不想读书，遂跑了出去。他没带钱，一路乞讨来到陈国，晚上就住在庙里。一天他遇到一位算命先生，说他有将相之命。从此以后，李斯发奋读书，几经坎坷，后来果然当上了秦朝丞相。

李斯虽然讨厌儒家学子称赞过去评论现在来阻碍他的政治，但却对能了解天机的《易经》充满敬畏之心。总的来说，李斯希望国家强盛，所以在焚书时，“医药卜筮”这些具有实用性的书籍被保留了下来，《易经》是儒家经典，也是卜筮绝学，因此被归入“医药卜筮之书”，而逃过一劫。