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自古以来，台湾都是中国的领土，自宋元时期，中央政府正式在台湾设立行政机构。公元1624年，荷兰殖民者在台南建立侵略据点，侵占了台湾的大量资源，屠杀了大量台湾人民。公元1652年，荷兰殖民者在镇压郭怀起义的过程中就杀害了八千多名台湾人民。清朝初年，郑成功决心赶走荷兰侵略者。在备足粮饷、练兵造船并仔细侦察了敌方情况后，郑成功制订了先收澎湖，再以其为基地，围歼台湾城和赤嵌城，最后收复台湾全岛的作战方针。顺治十八年（公元1661年），郑成功率领两万五千名将士，乘坐百艘战船自金门出发，越过台湾海峡。荷兰殖民者得到郑成功进攻台湾的消息后，十分惊恐，便命令军队集中于赤嵌、台湾城两处，并在港口沉入破船欲阻止郑成功的船队近岸。郑成功命令船队趁海水涨潮之时驶入鹿耳门内海，主力战船由禾寮港登陆，侧面进攻赤嵌城，以切断其同台湾城的联系。荷兰殖民者以“赫克托”号向郑军发起进攻，郑成功命令六十多只战船将敌军包围，重炮齐发，将“赫克托”号击沉，同时他又打败了来自台湾城的援军。赤嵌城的荷兰军队被切断了水源、断绝了后援，最终向郑军举起了白旗。康熙元年（公元1662年），荷兰殖民者在投降书上签字。郑成功彻底赶走了荷兰殖民者，收复了台湾。

郑成功，福建南安县人。其父郑芝龙，被南明朝廷封为“建安伯”，曾组织开发台湾岛，向台湾移民。顺治二年（公元1645年），郑成功受到南明隆武皇帝的召见，被赐国姓朱，改名成功，因此又有“国姓爷”之称；顺治三年（公元1646年），郑芝龙投诚清政府，郑成功苦劝不成，便率兵抗清；顺治十年（公元1653年），又被南明永历皇帝封为“延平郡王”。他感到收复台湾刻不容缓，“附近无可措足，唯台湾一地离此不远，暂取之，并可以连金、厦而抚诸岛”，进而“广同外国，训练士卒，进则可战而复中原之地，退则可守而无内顾之忧”，于是他便召集文武官员，讨论收台事宜，最终作出亲自率兵收复台湾的决策。郑成功收复台湾之举，是中国历史上的一大功绩。但赶走了荷兰殖民者后，郑氏集团就从此以台湾作为抗清的根据地，将明朝奉为正朔，成为清政府在东南沿海的一大隐忧。

郑成功据守台湾时期，采取了一系列巩固政权、促进生产的措施，在各府县设立行政机构，推行屯田政策，以寓兵于农、发展农业生产。与此同时，他还制定法律、兴办教育、修整武备、拓展内外贸易。由于操劳过度，郑成功的身体越来越差，而接连发生的几件事也给他带来了很大的打击。康熙元年（公元1662年）年初，郑成功之父郑芝龙及其在京亲族被清政府满门抄斩；同年四月，永历皇帝在昆明被吴三桂绞杀，南明灭亡。亲人被杀，南明政权灭亡，郑成功的心情悲痛万分。恰在此时，嫡长子郑经又同其四弟的乳母陈氏私通，生下一子。事情传出，禀性刚烈的郑成功一怒之下命督事黄毓前往金门，同郑成功之兄郑泰赴厦门将郑经、乳母陈氏及所生之子处死，并以治家不严之罪斩杀其妻董氏。没想到金、厦诸将拒不从命，不但没有杀掉郑经和董氏，反而将黄毓拘禁，控制了金、厦。身在台湾的郑成功鞭长莫及，可以想象亲人不孝、麾下将领不忠对郑成功的打击之大。再加上此时，清政府对台实行经济封锁，台湾地区发生粮荒，这令郑成功焦虑万分。

康熙元年（公元1662年）五月，郑成功受了风寒，身体一日不如一日。初八日，郑成功登台西望后回到书房，自感将不久于人世，遂命属下为其穿戴好衣冠，又拿出太祖祖训，行礼、翻看。不多时去世，时年三十九岁。台湾的百姓为了纪念郑成功，特建了一座“开山庙”以祭其亡灵。

在台湾问题上，清政府一直都采取以抚为主的策略。这时的清政府虽然有强大的陆军，但水师力量相当薄弱；再加上清初年间战事频发，国家财政相当困难。初步统一大陆之后，国家着力于休养生息，无力发展水师力量，因此对台湾主要采取招抚和消极的防御措施，如顺治时期实行“迁界禁海”，希望借此切断郑氏集团同大陆之间的联系，造成其经济困难。康熙初年对郑氏集团的招抚遭到拒绝后，清政府依然坚持以抚为主，但作好两手准备的政策。

郑成功死后，金、厦、台三地的郑氏集团发生了严重的内讧，诸将相互猜疑，人心不稳。郑成功之弟郑世袭企图袭郑成功之位，而郑经又在厦门竖起旗帜，叔侄二人争得水火不容。清政府趁机派福建总督李率泰和靖南王耿继茂等前往厦门招抚郑经。但郑经提出“请如琉球、朝鲜例，不登岸、不剃发易衣冠”的要求，拒绝了清廷的招抚。康熙二年（公元1663年）六月，郑经设计将其伯父郑泰杀死。同年，清军攻克金、厦，郑经被迫退守铜山，清政府再次派人前往铜山招抚，但是郑经不改两年前的要求，和谈又一次失败了。康熙三年（公元1664年），清兵乘胜进攻铜山，郑安排周全斌、黄廷二人驻守铜山断后，自己“乘风遁走台湾”。郑经走后，周、黄二人降清。至此，郑氏集团在沿海地区的据点被全部拔除。

收复铜山后，清廷命福建水师提督施琅为靖海将军，以投诚的周全斌和太子少师都督杨富为副将，左都督林顺和何义等人为佐，“统领水师，前往征剿”。施琅曾是郑芝龙部下左冲锋，后随郑芝龙降清，康熙元年（公元1662年），被授水师提督职。施琅自幼生活于海上，熟悉海上作战和郑氏集团，一直主张武力攻台。此前，贪婪的荷兰人希望借郑成功去世、郑氏集团内乱之时，同清政府合作消灭郑氏集团，企图重返台湾，并让清政府批准其“自由贸易”的特权。清廷曾试图同荷兰人合作，“邀荷兰船助剿（铜山）”，但荷兰人要求直接进攻台湾，意欲再次占台，清政府拒绝了荷兰人的无理要求。此次清廷首次出兵台湾，担任主要将领的全部是海上投诚人员，没有借助荷兰人的力量，可以说是一次大胆的尝试，也体现了拒绝外国干涉内政的思想。不料向台湾进发的清水师遭遇台风，被迫返回。当然，这次行动的失利不仅仅因为天灾，后来施琅提出，此次征台过程中，以前降清的官兵，“眷口多在彼处”，不敢奋力前行；而这些官兵多为临时拼凑，没有经过系统的训练和严格的选拔，因此水准参差不齐，协调困难；再加上将领没有决策权，只是奉命行事。以上原因，造成了行动的失败。

康熙六年（公元1667年），清政府派总兵孔元章携郑经舅父手书信函前往台湾招抚郑经。但郑经依旧坚持于“版图之外另辟乾坤”，在回复其舅父的书信中提出“倘清朝以海滨为虞，苍生为念，能以外国之礼见待，互市通好，息兵安民，则甥亦不惮听从，不然未有定说，恐徒费往返而”。向来主战的施琅对郑经的态度更加不满，便上疏康熙皇帝“乘便进取，以杜后患”，同时还对练兵、军饷、作战指挥等问题作了阐述，并积极练兵，为攻台作准备。康熙皇帝以“渡海进剿台湾逆贼，关系重大，不便遥定”，命施琅进京面议，但最终由于条件尚未成熟，施琅的攻台方案未能实行。清廷与郑氏集团对峙多年，东南地区迁界禁海，百姓迫切要求裁撤驻军、恢复迁界，减轻人民的负担。面对广大人民的愿望，主要寄希望于和平解决台湾问题的清廷暂时放弃了武力攻台的计划，否定了施琅的奏请，将海上投诚的官兵安排到外省垦荒，将施琅编入汉军镶黄旗，授内大臣，留于京师。

铲除鳌拜集团后，康熙皇帝命刑部尚书明珠和兵部侍郎蔡毓荣赴福建，会同靖南王耿继茂、总督祖泽沛商议抚台办法，令牌太常寺卿慕天颜、都督李佺持康熙皇帝的诏书和明珠的信件赴台招抚郑经。对于慕、李二人，郑经给予礼待，但依旧坚持仿朝鲜例，“不削发，称臣纳贡”。悉知郑经态度后，康熙皇帝谕明珠、蔡毓荣：“若郑经留恋台湾，不忍抛弃，亦可任从其便；至于‘比朝鲜，不剃发，愿进贡投诚’之说，不便允从。朝鲜系从来所有之外国；郑经乃中国之人，若因居住台湾不行剃发，则归顺悃诚以何为据？……果遵制剃发归顺，高爵厚禄朕不惜封赏，即台湾之地亦从彼意，允其居住。”可以看出，康熙皇帝已经对和平解决台湾问题拿出了最大的诚意，作出了相当大的让步。后慕天颜、李佺二人持圣谕返回台湾，向郑经表明了康熙皇帝的态度，并当面劝说郑经称臣不剃发，于理不通，自古以来未有先例，郑经自知无理，但依然顽固。

康熙十二年（公元1673年），郑氏集团趁三藩叛乱之机进攻大陆，攻占了厦门，还占据了泉州、漳州、邵武、汀州、惠州、兴化、潮州等地，其中除潮、惠属广东外，其余各地都是耿精忠的属地。一时间，郑氏集团与三藩势力遥相呼应，给清政府带来了很大的威胁。康熙十五年（公元1676年），耿精忠被康熙皇帝安抚后，一方面是向清廷戴罪立功；另一方面也是为了收回其属地，向郑经发动攻势。在这种局势下，清政府再次向郑经开展招抚工作，而这项工作在福建总督姚启圣时期，取得了显著成效。

姚启圣，浙江会稽人，属汉族镶红旗。三藩叛乱后，姚启圣投康亲王杰书，屡献奇计，受到康亲王的器重。康熙十七年（公元1678年），郑经派刘国轩大败清军。康熙皇帝以总督郎廷相、提督段应举“庸懦无才，职业不修”，将二人解职。在康亲王的举荐下，康熙皇帝将姚启圣破格提为福建总督。姚启圣非常擅长策反工作，早在出任福建总督之前，他就曾经将三藩将领韩大任、郑军潮州驻守刘进忠等人劝降，靖南王耿精忠的降清也有他的一份功劳。临危受命的姚启圣很快向康熙皇帝上十疏，“密陈方略，提出破敌之计”，很好地领会了康熙皇帝对台的思想、方针，康熙阅后非常满意，充满信心地对诸大臣说：“闽督今得人，贼且平矣！”

到任后，姚启圣灵活地运用康熙皇帝“以抚为主、抚剿并用”的方针，着手整顿充实绿旗兵兵力。针对从前“镇将各官，多以食粮兵丁充伴当、书记、军牢等役，至临阵十不得七”的状况，姚启圣革除了军牢等杂役，同时招募更多的兵丁补充军队力量。康熙皇帝得知后，认为其措施得当，下令推广到其他各省。

与此同时，姚启圣同各巡抚、提督、满洲将领和外省援军等通力合作，扭转了福建地区的军事形势。康熙十七年（公元1678年），姚启圣协同将军赖塔和靖南王耿精忠在漳州一带大破郑军主力，收复了长泰和同安。随后，又在江东桥、潮沟等地打败了刘国轩的军队，他先后两次派人前往厦门招抚，但郑经仍拒不受抚。

而对动摇郑氏军心影响最大的策略是最大力度地争取郑军官兵投诚，姚启圣对其家属和亲族的落实政策尤其注重，同时一改前任对投诚官兵不信任的态度，大力团结海上投诚人员，并委以任用。上任伊始，姚启圣便张贴告示声明：“海逆蔓延，历有年所，漳州何地何族无与之为党者，岂可以一人而株连无辜？亟行禁除，以后不许挟怨，指称与海上阵营族戚以及瓜葛陷害。”这一政策，表明了保护投诚官兵亲族、团结投诚人员的态度，打消了许多原本迟疑不决之人的顾虑，产生了明显的效果。姚启圣还接纳了投诚而来的黄性震的建议，在漳州设立“修来馆”，大力笼络郑经部下的官兵，规定“文官投诚，即以原衔题请，准照职推补。武官投诚，一面题请换札，一面保题现任。兵民如果头发全长者，每人赏银五十两；如头发短者，每人赏银二十两；愿入伍者，立拔在营，给以战饷；愿归农者，立送回籍，饬府县安插，不许强豪欺凌，宿怨报仇。”总而言之，就是做到官有俸禄、兵有粮饷、耕者有其地。对于不愿意到外省屯垦的投诚官兵，在奏请皇帝之后，可以屯垦界外无主之地。姚启圣言而有信，严格地兑现其政策承诺，受到广大郑军官兵的欢迎，郑军官兵大量来降，“至者如归”。据统计，康熙十七年（公元1678年）六月到十月之间，就有一千二百多名郑军军官和一万一千六百多名士兵投诚。康熙十八年（公元1679年）年初，郑经麾下的五镇大将黄靖、赖祖、廖琠、金福、廖兴和副总兵何逊率部下官兵降清，共计三百七十四位文武官员和一万两千一百多名士兵。此后，又陆续有多名军官率部投诚。

这时，郑经依然有刘国轩镇守海澄，郑经本人仍占据厦门，依旧坚持将台湾分裂出去，并向清廷提出土地军饷的要求。康熙十八年（公元1679年），康亲王遣苏埕至厦门同郑经谈判，并令苏埕转达“若贵藩以庐墓桑梓、黎民涂炭为念，果能释甲东归，照依朝鲜事例，代为题请，永为世好，做屏藩重臣”。郑经听后，原则上表示同意，但又提出“将海澄为往来公所”，“年纳东西两洋饷六万两”的条件。康亲王得知郑经态度后，以地方事务责任在总督，命人告知姚启圣。姚启圣认为“寸土属王，谁敢将版图封疆轻议作公所”，便以康熙皇帝无此意图为由拒绝了这一请求。

在策反和招降的同时，姚启圣还运用反间计，扰乱郑氏集团的后方。早在担任福建布政使的时候，姚启圣就已经派人潜入郑军，散布郑军某将领要投降的谣言；或将其亲人的书信、礼物送给对方的将领，然后再故意传播此事，引起郑军内部的相互猜忌。对于郑经派来大陆的间谍，姚启圣不但不予追究，反而以厚利引诱其为我所用。例如将台湾来使傅为霖争取过来作为联络内应；郑军的各大将领多次收到清廷的劝降书；后听说清政府即将武力攻台，郑军更是呈现出土崩瓦解之势，越来越多的郑军将领率部降清，总数共计在十三万人以上。郑军的势力大为削弱，清军队伍壮大，为从前不善海战的清军补充了有生力量，提高了清军的作战能力，将被动变为主动，劣势化为优势。

康熙二十年（公元1681年），镇压三藩叛乱的战事已经接近尾声，一方面，康熙皇帝已经积聚了足够的人力、物力用来统一台湾；另一方面康熙皇帝和姚启圣实施的招抚政策已经大大瓦解了郑氏集团的力量，郑军人才枯竭、兵力锐减、元气大伤。同年，郑经去世，十二岁的郑克爽继立，其叔父郑聪“摄政”，郑氏集团内部相当混乱；再加上台湾经济困难，郑氏集团在当地民心尽失、军心涣散，可谓“天亡海逆之时”，清政府收复台湾的时机终于成熟。

康熙二十年（公元1681年）五月，姚启圣上奏康熙皇帝，汇报了台湾郑氏的情况，并请求“合水陆官兵，审机乘便直捣巢穴”。康熙皇帝见时机已到，便下令以武力统一台湾：“郑经既优冥诛，贼中必乖离扰乱，宜乘机规定澎湖、台湾。总督姚启圣、巡抚吴兴祚、提督诺迈、万正色等，其与将军喇哈达、侍郎吴努春，同心合志，将绿旗舟师分领前进，务期剿抚并用，底定海疆，毋误事机。”

康熙皇帝对台战略的转变，在朝中引起了争论。水师提督万正色、宁海将军喇哈达等官员认为“咸谓海洋险远，风涛莫测，长驱制胜，难以万全”，反对武力夺回台湾。而福建总督姚启圣、内阁学士李光地、福建巡抚吴兴祚等人支持武力进剿台湾。姚启圣曾多次上疏保荐施琅担任福建水师提督，但由于施琅长子施齐、侄子施亥在郑军任职，朝廷对施琅始终有所疑虑，未予任用。直到康熙十九年（公元1680年），姚启圣经多方调查，弄清楚施齐、施亥二人因密图捉拿郑经“以报本朝”，事情泄露后，两家七十余口人全部被郑氏杀害，尸沉大海，这才打消了康熙皇帝对施琅的疑忌。后来，李光地又向康熙皇帝力荐施琅，称其“熟悉海上形势”，有谋略，再加上“海上世仇，其心可保”。在二人的大力举荐下，康熙二十年（公元1681年）七月，康熙皇帝诏曰：“今诸路逆贼，俱已歼除，应以见在舟师破灭海贼。原任右督都施琅系海上投诚，且曾任福建水师提督，熟悉彼处地利、海寇情形，可仍以右督都充福建水师提督总兵官加太子少保，前往福建。到日，即与将军、总督、巡抚、提督商酌，克期统领舟师进取澎湖、台湾。”同年十月，施琅奔赴厦门。

到任后，施琅立刻投入紧张的备战之中，备置武器，整船练兵。他吸取上一次进军失利的教训，对专征大权相当重视，不久便上疏康熙皇帝：“督抚均有封疆重寄，臣职领水军，征剿事宜，理当独任。”康熙皇帝阅毕，作出指示，没有同意由施琅专征，而是将过去由将军、督抚和提督共商、合征的安排改为“总督姚启圣统辖全省兵马，同提督施琅进取澎湖、台湾。巡抚吴兴祚有刑名、钱粮诸务，不必进剿”。

一直以来，施琅始终以统一台湾为己任，也有担当此重任的信心和决心，对于同姚启圣“合征”的安排他很不满意，认为总督和提督一同统兵难免会出现彼此掣肘的局面，有碍其实施既定方略。姚启圣此前以身家性命力保施琅担任水师提督，而施琅上任后却急于将自己排开，不免感到十分伤心，因此多次上疏康熙皇帝反对授予施琅“专征”之权。就在二人在这一问题上争论不休时，双方又在风向和进军路线上提出了不同的意见。姚启圣主张顺北风，在十月至十二月之间出兵，并从澎湖和淡水两路进军，彼此配合；而施琅却主张顺“轻北风”，趁现在演练水师，在第二年三、四月份出兵。考虑到在出征前能够有足够的时间操练军队、作好准备，康熙皇帝准了施琅的建议。康熙二十一年（公元1682年）三月，施琅又提出五月趁南风出兵，并按计划同姚启圣于五月初在铜山会合，待南风起时即可发兵。不料姚启圣又以总督、提督在出战问题上应同心合力为借口，不愿出兵，坚持“十月可乘北风，分道前进”，致使攻台之事一拖再拖。康熙皇帝见二人不合，一再拖延出兵日期，十分着急，但由于自己对海战不甚熟悉，所以只能尊重前线将领的主张，谕二人曰：“若目前风大，未便进剿，即统官兵回汛，整饬舟师，相机再举。”

康熙二十一年（公元1682年）七月，施琅再上《决计进剿疏》，奏请授以专征大权。康熙皇帝将这一问题交予议政王大臣会议讨论。十月初六，议政王大臣复议该事宜后，康熙皇帝询问大学士：“尔等之意何如？”武英殿大学士明珠曰：“若以一人领兵进剿，可得行其志，两人同往，则未免彼此掣肘，不便于行事。照议政王所请，不必令姚启圣通往，着施琅一人进兵似乎可行。”明珠的意见代表了一部分议政王大臣的态度，康熙皇帝听后随即重新部署，“施琅相机自行进剿，极为合宜”，同时“着该督、抚同心协力，攒运粮饷，毋敢有误”。

在专征、合征的问题上，康熙皇帝没有固执己见，而是多方了解情况、全面采纳意见，发挥诸将官的积极作用，最终授予施琅专征之权，命姚启圣坐镇福建，负责攒运粮饷，以保证军队的后勤工作。这样一来，武力攻台的指挥作战大权就被完全交予施琅的手中，从而保证其能够在不受干扰的前提下，充分发挥军事才干，更好地实施攻台方略。康熙皇帝的知人善任，保障了武力收回台湾的胜利。

康熙二十一年（公元1682年）十月，施琅接到了康熙皇帝的旨意，准其专征大权，便立即宣布将趁北风进剿台湾，意在混淆敌方视听。十一月，施琅又称“北风太硬”，不利于进剿，命军队统船返回厦门。姚启圣不知施琅是在用计，便派人前往台湾招抚。康熙二十二年（公元1683年）正月，郑克爽回函，依旧坚持不剃发，不登岸，仿朝鲜例。此时，康熙皇帝已经下定决心武力征剿台湾，鉴于台湾方面固执己见，他立刻命施琅速速进兵台湾，武力攻台的大幕终于拉开。

为鼓舞士气，六月十一日，施琅大会诸将领，邀请姚启圣一同举行誓师典礼。十三日，祭海。六月十四日，施琅以蓝理为先锋，率领二百三十余艘战船，两万一千名将士，从铜山向澎湖进发。澎湖是郑氏集团的重要放手地点，由大将刘国轩防守指挥。刘国轩得知施琅会师于铜山后，起初并不在意，认为施琅不会于风涛不测的六月贸然行事，没想到十五日申时，巡哨来报施琅的船队正向澎湖海面进发，刘国轩匆忙传令驻守在各岛屿的将领布置兵炮，并将水路重兵调集到“娘妈宫前口子并内外堑、东西峙各要口守候”。船队抵达澎湖海面时天色渐晚，施琅令所有船只暂于猫屿、花屿诸澳一带齐集。

十六日，施琅率舟师集于澎湖向郑军阵地发起进攻。刘国轩亦于娘妈宫前迎战。清军由于行动不能一致，将士们争相向前，前后拥挤冲撞，导致队形混乱，一些战船被上涨的潮水冲到敌方炮台附近，陷入了郑军的火力包围之中。施琅的战船遭到敌人包围，施琅右侧的身体被敌炮烧伤，但他依然坚持指挥战斗。这时先锋蓝理冲入包围圈，击沉了三艘敌船，施琅同蓝理合力攻打，又将一艘敌船击毁。这时，蓝理中炮，腹破肠露，简单包扎之后，蓝理愈战愈酣，大呼：“今日诸君不可怯战，誓与贼无生还！”施琅见前方危急，便趋船冲上前去营救被包围的战船，在激战中眼部负伤，只好暂且率军退出战斗。这时，幸好金门游观光赶来，发炮击敌，施琅令游观光、林凤和许英率部下严守澎湖各出口，令官兵披甲以待，严防敌方夜间突围。刘国轩见施琅退却，便下令收兵，也不乘胜追赶。其部下建议趁夜偷袭清军的停泊地，但刘国轩始终坚持“谨守门户”的方针，希望能够坐待天师——台风一到，清军自然不战而溃。

初战失利，施琅回到八罩、水垵澳一带征兵备战。为了重振士气，施琅首先对十六日一战中各位将士分别赏罚，对奋勇冲锋的蓝理、游观光等人重赏，对临阵脱逃者按军法处置。后在侍卫吴启爵的劝说下，施琅决定先将这些人记过，使其戴罪立功。然后吴英针对战斗中缺乏组织、自乱阵脚的状况建议“以五船结一队，攻彼一只。其不结队者为游兵，或为奇兵，或为援兵，悉远架观望，相机而应”。根据吴英的计策，施琅利用清军战船在数量上的优势，结成“五梅花”阵法。接着，又命令各船诸将将其姓名书写在船帆上，便于观察战况，知其进退。最后，施琅又对下一步行动作出了详细的部署，将清军分为四个部分，其中施琅率领由五十六艘大型战船组成的主攻部队正面进攻娘妈宫；总兵陈莽等人率领五十艘战船作为东线进攻部队，从澎湖湾口东侧袭击鸡笼屿四角山，以出其不意之势配合主攻部队的进攻；总兵董义等人率领五十艘战船组成西线部队，从湾口的西侧进入牛心湾，进行佯攻，以牵制西侧的郑军；剩下的八十艘战船则作为预备部队，跟进主攻部队，伺机而动。通过整顿和全面部署，清军的情况大为改观。

十八日，施琅先行清扫外围，派战船攻下澎湖外的虎井岛和桶盘岛。十九日，又亲自乘船前往澎湖内外堑一带侦察敌情、摸清地势。二十日至二十一日，施琅派出一支由老弱残兵组成的军队佯攻澎湖内外堑，意达到示弱骄敌的目的。

经过充分的准备，二十二日一早，施琅率领的清军进攻郑军，打响了规模空前的澎湖决战。战斗从早上七时一直持续到下午四时，打得昏天黑地，“炮火矢石交攻，犹如雨点，烟焰蔽天，咫尺莫辨”，双方将士的鲜血将海水都染红了，在战火的映照下，整片大海仿佛都沸腾起来了。战斗中，清军的“五梅花”阵大显神威，经过九个多小时的酣战，清军大获全胜，共缴获各类船只三十五艘，杀敌将领四十七名、士兵一万两千余人，俘虏五千余人。刘国轩见势，慌忙率残部遁往台湾。镇守娘妈宫炮台的郑军守将杨德等人纷纷出海降清。随后，共有一百六十余名官员、四千八百五十余名士兵投诚。这次大战攻克澎湖等三十六岛，郑氏集团主力全军覆没。

六月二十六日，施琅上疏报捷。康熙皇帝于闰六月十八日接到施琅的奏疏，高兴万分，立即下令将此捷报遍谕诸王、公、大臣、贝勒、贝子、侍卫等。二十九日，康熙皇帝降旨嘉奖在澎湖一战中有功人员，并宣布：“今进取台湾，正在用人之际，福建总督、提督、巡抚，凡有所请，俱著允行。”康熙皇帝深知此次战斗的胜利来之不易，他说：“彼此乘船对敌固难，倘对敌之际，倏而登岸交锋，更难且艰。”他对战斗中涌现出的英雄事迹极为感动，在召见蓝理时，还特令其解衣以视伤痕，并亲体御书“所向无敌”以示嘉奖。

澎湖战事结束后，施琅贯彻“因剿寓抚”的战略，命部下停止进攻。他一方面作好修整，补充弹药给养，为进军台湾作准备；另一方面运用政治攻势，力图将台湾问题引向政治解决的方向。施琅军纪严明，其军队所过之处，“抚缓地方，民人乐业，鸡犬不惊”。在澎湖，他张榜安民，让百姓恢复正常的生产生活秩序，并免除澎湖岛民三年的赋税徭役，使其休养生息；同时实行优待战俘的政策，命人为战俘疗伤，并允许被俘或降清的郑军官兵回到台湾并同亲人团聚。返回台湾的官兵将其在澎湖的所见所闻告之于众，产生了很大影响。据《澎湖台湾纪略》记载，当时的郑氏集团已经无法阻止郑军官兵向清军投诚，台湾百姓也盼望着清军早日登台。接着，施琅派人往刘国轩处，促其劝郑克爽等人降清。

施琅降清时，他的一众亲人都被郑成功杀害，但为了国家，他不计个人仇怨。他对郑氏集团持“若彼衔璧来归，当力疏奏赦其罪”的态度，并对冯锡范、刘国轩的部下郑重承诺：“断不报仇！当日杀吾父者已死，与他人不相干。不特台湾人不杀，即郑家肯降，吾亦不杀。今日之事，君事也，吾敢报私怨乎？”刘国轩见“众志瓦解，守亦实难”，于是劝说冯锡范和郑克爽投诚。郑克爽见大势已去，“民心既散，谁与死守？浮海而逃，有无生路。计唯有求抚之着”，于是便接受了降清的建议，准备投降。

康熙二十二年（公元1683年）闰六月，郑克爽派郑平英等人携降表前往施琅军前请降，同时又提出了“欲求原居台湾，承祀祖先，照管物业”的要求。施琅拒绝了郑克爽的无理要求，然后将降表呈于康熙皇帝。康熙皇帝将此事交予议政王大臣会议讨论后，谕曰：“尔等果能悔过投诚，倾心向化，率所属伪官军民人等，悉行登岸，将尔等从前抗违之罪，尽行赦免，仍从优叙录，加恩安插，务令得所。煌煌谕旨，炳如日星，朕不食言。”七月五日，郑克爽接受了清廷的条件，和谈成功。

八月十三日，施琅在郑氏官员的引导下，率领清军从鹿耳门登台。十八日，举行隆重的受降仪式，施琅宣读康熙皇帝的赦诏，郑克爽磕头谢恩。就这样，施琅率领清军兵不血刃地接管了台湾全境，离家多年的游子终于回到了祖国的怀抱。

郑克爽受降的捷报传来，康熙皇帝欢喜异常。终于完成统一国家千秋大业的康熙皇帝当即赋《中秋日闻上捷音》一首。

统一台湾后，施琅又在台湾实施了一系列的善后安抚措施。施琅先是郑重祭祀了郑成功庙，对于降清的郑氏集团以礼相待，向投诚的官兵发放粮饷，并将他们陆续送回大陆，愿意归农者许其归农，愿意当兵者加入清军。施琅还向台湾百姓发布《谕台湾安民生示》，严禁一切有损于当地民众利益的行为，助其恢复生产生活秩序，减免苛捐杂税。施琅在对外事务上注意分寸，他释放了郑成功收复台湾后长期监禁的荷兰人；而对于长期同台湾匪徒勾结、贩卖火器枪支的英国人，施琅则坚决禁止其在台湾继续从事贸易活动，对这些支持分裂活动、唯利是图的英国殖民者给予了应有的惩罚。

康熙二十二年（公元1683年）末，施琅初步安排好台湾的各项事务之后，将地方管理事宜交予吴英，自己率部返回朝中。康熙皇帝对施琅的功业给予了很高的评价，将其比作汉代伏波将军马援。为了奖励施琅为国家统一立下的汗马功劳，康熙皇帝授施琅为靖海将军，封靖海侯，世袭罔替。

台湾统一后，清廷众臣又对台湾的废守问题产生了分歧。曾一直支持统一台湾的李光地这时却主张放弃台湾，他提出：“重洋之险，守则必设重戍，设重戍而固业其子孙，一旦濒海有警，隐然有夜郎自大之势。”更令人感到荒谬不堪的是，他居然主张将台湾拱手相让于荷兰，认为与其派大量军队前往驻守，不如“乘国威远播，丐其地与‘红毛’，而令世守输贡，似尤永逸长安之道”。他的这种弃台言论很快遭到朝中有识之士，如福建总督姚启圣、靖海侯施琅、都察院左都御史赵士麟等人的一致反对。施琅在得知有人主张放弃台湾之后，立即向康熙皇帝上疏，指出台湾地理位置相当重要，“北连吴会，南接粤峤，延袤数千里，山川峻峭，港道迂回，乃江、浙、闽、粤之左护”，是我国东南领土的重要屏障，统一台湾对安定我国沿海地区具有重要作用。最后他还就如何部署台湾驻军提出了建议。

康熙皇帝赞成施琅等人的主张，决定留守台湾，并在台湾设置地方政权机构。台湾从宋元时期开始设治，但都归于澎湖行省。康熙二十三年（公元1684年），康熙皇帝以郑氏集团建立的府县为基础，在台湾设立府县，隶属福建省，任命原泉州知府、属汉军镶白旗的蒋毓英担任第一任台湾知府，由正黄旗参领杨文魁任第一任福建台湾总兵官之职。政治上的统一促进了台湾经济的发展、人口的繁衍和文化教育的进步，从此掀开了台湾历史上崭新的一页。