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东北地区是满族的故乡，也就是清王朝的发祥地。满族从形成之时起，它的领袖就是明朝在东北地区设的地方官吏。努尔哈赤于明万历十一年（公元1583年）起兵，经过他和皇太极两代人的征战，基本上统一了东北地区。到17世纪30年代末，北起外兴安岭，南至日本海，西到贝加尔湖，东达鄂霍次克海的广大地区都在清王朝的统治范围之内，属于中国版图。

沙皇俄国原本是一个欧洲内陆国家，同中国并不接壤。在13世纪之前，它还属于蒙古钦察汗国，13世纪末，建立起了地处莫斯科河中游的莫斯科公国。14世纪，这里发展成为一个商业中心，通过收买或征服临近各诸侯，扩展了领地，最终于15世纪末16世纪初建立起统一的俄罗斯国家。但是从16世纪下半叶开始，沙俄在短短几十年时间就将势力东扩到鄂霍次克海地区，霸占了西伯利亚。明崇祯年间，沙皇俄国在勒拿河建造雅库茨克城，将其扩张的魔爪伸向了中国黑龙江地区。公元1643年，沙俄雅库次克督军彼得·格洛文组织远征军，以瓦西里·波雅科夫为首，入侵中国黑龙江流域。波雅科夫带着一伙哥萨克兵在我国黑龙江女真人、达斡尔族聚居区，进行疯狂地烧杀抢夺，俘获当地居民，逼迫百姓缴纳毛皮、粮食等财物，其野蛮行径受到当地各族人民的反抗。到了顺治二年（公元1645年），波雅科夫带着仅存的五十多名残兵逃回了雅库茨克城。但是，沙俄的侵略者并没有因此死心，在侵略的过程中他们看到了黑龙江丰富的物产，对黑龙江侵略的狂热越发高涨，并接连派兵袭扰我国黑龙江流域。

顺治六年（公元1649年），在沙皇和雅库茨克统领的支持下，以哈巴罗夫为首的七十名哥萨克兵组成的远征军再次入侵黑龙江地区，在受到达斡尔族的顽强抵抗后，哈巴罗夫狼狈地逃回雅库茨克城，奏请调拨六千人入侵黑龙江。最后沙皇为他增派了两百多人。第二年，哈巴罗夫带兵再次窜到黑龙江，占领雅克萨。此后，沙俄侵略军以此为据点，构筑工事，加固城防，四处袭击。他们拿大炮对准手无寸铁的百姓，用极其残酷的手段对付人质。在桂古达尔的一个村庄，这些侵略者杀死了六百多名当地居民，抢走了二百四十多名妇女和一百多名儿童，这些人中只有十五人幸免于难。更令人发指的是，灭绝人性的侵略者居然用火将孩子们活活烤死。这些暴行激起了各族人民的反抗。顺治九年（公元1652年），清廷命宁古塔昂邦章京海色率兵于乌苏里江口的乌扎拉村阻击沙俄侵略军，当地女真、赫哲、费雅喀等各族百姓纷纷前来协助作战。但是这次战役由于海色的轻敌，导致清军被迫撤围，伤亡惨重。乌扎拉村战役是清政府第一次正规对俄作战，一度将侵略者赶到黑龙江上游地区。

顺治十二年（公元1655年），都统明安达礼率兵于胡玛尔重创达斡尔地方长官斯捷潘诺夫军队，但是由于缺乏后备供给，清军最终“饷馈班师”，沙俄侵略者重新横行于黑龙江一带。顺治十五年（公元1658年），另一支侵略军侵入石勒格河流域，侵占了尼布楚，并将该城改名为涅尔琴斯克，作为向黑龙江中下游地区扩张的中心据点。清政府派宁古塔昂邦章京沙尔虎达率军征讨，在松花江和库尔罕河之间与沙俄军队展开了一场恶战，击毙其头目斯捷潘诺夫，大败俄军，收复了雅克萨城，拆除了俄军强建的工事和堡垒。

顺治十七年（公元1660年），宁古塔总管沙尔虎达子巴海率军于黑龙江与松花江的交汇处，与副都统尼哈里、海塔合力围剿俄军，敌人仓皇逃窜，将侵略者驱逐到了黑龙江中下游地区，但位于黑龙江上游的尼布楚城依然在沙俄的侵占之下。

沙俄侵略军于康熙四年（公元1665年）对我国开始了新一轮的侵略扩张活动，先是派兵南下，侵占了喀尔喀蒙古辖区内的楚库柏兴，另一路军向东进发，侵犯雅克萨城。这一次的扩张活动，沙俄侵略军改变了以往长距离流窜、侵扰的方式，采取建立据点，逐步推进的策略。除了在尼布楚、雅克萨和楚库柏兴三地建立重要据点外，沙俄侵略军还在黑龙江中下游地区建立了一系列较小的据点，然后以据点为掩护，推进其侵略范围，抢掠了索伦、赫哲、奇勒尔等各族人民的财物甚至人口，“子女参貂，抢据殆尽”。17世纪60年代后，沙俄建立了从贝加尔湖到黑龙江流域的殖民统治。

康熙皇帝亲政时，清政府正面临着这样一种被动的局面。他深知，沙俄对我国东北地区的侵略是一大祸患，此祸不除，边疆就永远得不到巩固，祖宗发祥之地就永远不会安稳。况且如果不加制止，贪婪的沙俄统治者将会得寸进尺，后果不堪设想。东北是满族的发祥地，关内有事，清政府就会从关外调兵解除危机，如果不除掉沙俄这一祸患，就会严重影响关内安危，因此，康熙皇帝将抗击沙俄侵略列为一项必须解决的大事。

亲政后，康熙皇帝首先对局势作了认真细致的调查研究，访查了俄军侵占地区的地理形势及人文性情，以寻找进兵时机。他总结了前人抗击沙俄的经验教训，找到了粮饷不继这一弊端，决定采取军事与屯戍相结合、内政与外交相呼应的策略，组织东北各族百姓加强对边疆地区的建设，从内政、外交、经济、军事等多方面作出总体部署。

康熙八年（公元1669年）和康熙九年（公元1670年），清廷两次派索伦总管孟格德的属下携康熙皇帝的正式咨文前往尼布楚，要求沙俄停止对中国的侵略活动，并表示“倘贵国有言辞通知我国，可派使臣前来与朕面谈”，但这些外交努力没有取得结果。

康熙九年（公元1670年），尼布楚总管阿尔申斯基派使团进京，要求康熙皇帝向沙皇称臣纳贡，并开放中国与俄国之间的自由通商。清廷派索伦携《致沙皇国书》随沙俄使团同往尼布楚。在《致沙皇国书》中，康熙皇帝明确提出，若沙皇愿意同中国修好，必须同意两个条件，一是“还我逋逃根特布尔”，二是“嗣后勿起边衅，以求安宁”。但是对于清政府的要求，俄方根本无意兑现，因此孟格德此行也没有取得什么进展。

康熙十四年（公元1675年）和康熙十五年（公元1676年），沙俄又先后两次派尼古拉·斯帕法里出使中国，要求与中国通商，并要求中国每年以四万两左右的白银和价值数万两的丝绸或宝石来购买俄国的货物。但是对于清廷提出的停止侵扰中国边界、引渡逃犯等问题，却以无人通晓中国文字为由置之不理。其实，沙俄此次遣使来访，并不是为了谋求和平友好。在京期间，尼古拉同传教士南怀仁秘密串通，密图获取机密情报，了解清廷的意向。在尼古拉回国后，沙俄对清廷的要求拒不答复，依旧我行我素，甚至趁三藩叛乱之际加紧对我国的武力扩张。沙俄侵略者将康熙皇帝和清廷作出的和平努力当做是软弱可欺，气焰日益嚣张。康熙皇帝看出“若辈非创以兵威，则罔知惩畏”，于是决定以武力征剿。因此，在同沙俄和平谈判的同时，康熙皇帝也开始筹备反击沙俄侵略的军事工作。

“新满洲”是与“老满洲”相对而言的，它是指清军入关后编入旗籍的人口。康熙元年（公元1662年），清政府令对组编“新满洲”有功者，按军功授奖，招新满洲一百户，授头等功；招八十户，授二等公；六十户者，授三等功。康熙皇帝亲政之后，继续倡导这项政策。

康熙十年（公元1671年），康熙皇帝“以寰宇一统”祭拜祖陵后巡幸东北。他指示宁古塔总管巴海做好团结当地人民的工作，并强调“俄罗斯尤当谨防”，令巴海训练好兵马、整备器械。巴海遵照旨意，招抚了乌苏里江、松花江下游、诺曼河和穆棱河一带的少数民族，将他们整编成四十佐领，以其原来的组长扎努喀、布克托等为首领，然后将他们安置在宁古塔、吉林和乌喇等地，这就将东北地区各部族居民编入旗籍，壮大了八旗力量，组编为“新满洲”。次年冬天，巴海率扎努喀、布克托等四十余人，进京“入觐行礼”，康熙皇帝十分高兴地赏赐了大量“衣帽鞍马”。后来，康熙皇帝还给予这些能与“老满洲”一体效力的“新满洲”嘉奖，以扎努喀为副都统，授布克托副都统品级，并授予世职。宁古塔总管巴海也因编组“新满洲”有功，授予“优加一等阿达哈哈番”。

康熙十年，从吉林沿楚河以东沿海一带移来的库雅喇人被整编为十二佐领。康熙十六年（公元1677年），又将新移来的人口编设二十六员佐领。这样，“新满洲”共有七十八员佐领，分布在东北各地。其中，吉林与宁古塔四十佐领；盛京十七佐领；义州七佐领；锦州五佐领；广宁三佐领；另安排六佐领入京作为侍卫。至康熙五十三年（公元1714年），清政府又将三姓的赫哲族一千五百余人编为四佐领，将原住在黄岛和海参崴一带的库雅喇族编为三佐领，并建城驻防。康熙皇帝在位期间，赫哲族和库雅喇族编组成的“新满洲”共计八十五佐领，人数在一万以上。

清军入关之前，分布在黑龙江中上游的达斡尔、鄂温克和鄂伦春族已经被分编佐领。顺治年间，沙俄入侵黑龙江流域，部分江北居民移居到嫩江一带。康熙初年，对其重新整编，鄂温克族按姓氏编组为二十九佐领，设立索伦副都统品级官员对新满洲实行统一管理。索伦人擅长涉猎打牲，满文中将打牲称为“布特哈”，因此由索伦副都统品级官员统辖的兵民也被称为“布特哈八旗”。到康熙十二年（公元1673年），“布特哈八旗”已经有四千五百二十四丁了。

对于“新满洲”，康熙皇帝拨予房屋、土地和耕牛，让他们“屯田种地”，促进当地的经济发展，充实东北地区的边防力量，“新满洲”与“布特哈八旗”成为了戍守东北各重要城市和黑龙江流域的主力。虽然在平定三藩叛乱期间，清政府不断从东北地区调兵支援关内，但关外的军事力量始终在不断增强。康熙十五年（公元1676年），宁古塔将军驻扎吉林，设佐领四十六员；于宁古塔设副都统，设佐领十二员，两地新旧满洲共设五十八佐领，是顺治末年的两倍多。在驱逐沙俄侵略的雅克萨战役中，“新满洲”在最初参战的三千军队中占有三分之二的兵力。第二次雅克萨战役中，围城的两千三百多名清军几乎全部由吉林、宁古塔士兵（主要是“新满洲”）组成。索伦总管与达斡尔总管还分别率领士兵承担起侦察敌情、设立驿站等任务，共同为反抗沙俄侵略斗争的最后胜利立下了汗马功劳。

康熙十五年（公元1676年），沙皇俄国加紧了对中俄边境地区的侵略，他们以尼布楚和雅克萨二城为据点，向东南地区推进，侵扰额尔古纳河一带。康熙皇帝始终密切注视着俄国人的扩张活动，并于康熙二十年（公元1681年）提出“尔等速撤回尔国人”，“如不徙，则边境起争，我以众力，必驱尔徙，彼时悔无及矣”。但是沙俄依旧置若罔闻，继续盘踞于尼布楚、雅克萨、额尔古纳河流域，并进一步向黑龙江下游进犯。次年，俄军流窜到黑龙江下游一带，对赫哲族、飞牙喀人聚居区进行掠夺。到年底，俄军据点已经分布于黑龙江下游直至海边的地区。

同沙俄和平交涉无效，针对俄方的反侵略战争不可避免。但是对于具体的作战方针，清政府内部出现了不同意见。康熙皇帝吸取了顺治年间由于没有派兵戍守边境，导致俄军卷土重来的教训，下决心永行戍守。康熙二十一年（公元1682年），副都统郎谈、公彭春以捕猎为名，率人赴雅克萨侦察敌情，勘察沿途水陆交通。年底，郎谈等人返京，建议在来年春冰溶解时，从水陆两路进军，攻取雅克萨。但康熙皇帝认为攻取雅克萨城的时机尚不成熟，主张先调兵戍守黑龙江，再伺机攻取雅克萨。在军需供给方面，他指示从科尔沁十旗、席北、乌喇等地的官屯调拨军需一万两千石，供屯兵三年之用。军队到达地方后立即参与生产耕种，这就解决了军粮接续的问题。此外，于黑龙江城和罗伦村之间设立驿站，令索伦接济牛羊等物资。

康熙皇帝永戍黑龙江与郎谈攻取的建议不同。首先，永戍能够建立起清军在黑龙江的军事基地，驻兵屯田，这就令清廷有时间作好准备，抓住时机攻取雅克萨，同时在进兵时也能够保证清军的兵源和给养，避免重蹈顺治年间因粮饷不继而功败垂成的覆辙。其次，防止冒进，稳步推进，先阻止俄方的进一步入侵，然后步步为营，将其赶出中国的领土。再次，攻克雅克萨城之后，不是一劳永逸，而是要在当地长期驻防，避免我进敌退、我退敌进、用兵不已的情况，将反侵略战争同巩固边防相结合，让反侵略战争的成果持久而牢固。

但是，康熙皇帝这一决策却受到了朝内一些养尊处优、贪生怕死的官员的反对。他们一方面慑于沙皇俄国的强大，一方面畏惧黑龙江路途遥远、天气寒冷。还有一些官员虽然主战，但反对永戍黑龙江。宁古塔将军巴海提出“驻兵两地则势分道阻，难于防御”，同时担心俄方会增兵救援，导致攻取雅克萨难度更大，反对进驻胡玛尔。对于这种畏难态度，康熙皇帝斥责道：“所议进征罗刹军务，殊为疏略。”议政王大臣见康熙皇帝主意已定，表示同意进军并永驻。

康熙皇帝关于永戍黑龙江的具体部署为，先在瑷珲建城永戍，预备武器船舰，于胡玛尔设斥侯。在黑龙江至乌喇之间设驿站十处，配备五十名驿夫。紧急情况发生时，驿夫便乘马疾驰报告；若是寻常事宜，则次第传行。同时，由水路运送军粮，囤积于黑龙江。如果在黑龙江下游遇到俄方船只，“我舟师尾击甚易”。康熙二十二年（公元1683年）十月，清廷始设黑龙江将军，康熙皇帝任命萨布素为黑龙江将军，以礼部侍郎溢岱和工部给事中雅齐纳为副都统，其下设协领、佐领等职务。黑龙江将军一职的设立，一方面使抗击沙俄侵略、加强北方边防得到组织上的保证，另一方面有助于开发边疆、促进边疆的经济建设。黑龙江将军与盛京将军、宁古塔将军一同奠定了东三省建置的基础。为了与此策略相配合，康熙皇帝又通过外交手段向俄方宣告清王朝以武力解决边防问题的决心。

康熙二十二年，副都统萨布素率兵一千人进驻额苏里。同年，康熙皇帝下令增派军队充实瑷珲驻军的兵力，两地驻军共计两千人，成为永戍黑龙江的主力部队。萨布素到黑龙江后，首先着手修筑瑷珲城。瑷珲旧城原在江东，顺治九年（公元1652年）遭到俄军掳掠焚毁，变成一片废墟。康熙十三年（公元1674年），清政府派人在瑷珲建造木城，但规模甚小，远不能满足永戍的需要。康熙二十三年（公元1684年），康熙皇帝命副都统穆泰率六百盛京士兵赴瑷珲协助建城。由于新扩建的瑷珲城位于江东，与内地联系依然有诸多不便，于是康熙皇帝又决定将其迁至下游右岸，在托尔加城的旧址之上另建瑷珲城。新瑷珲城用来屯兵屯粮，成为抗击沙俄的重要基地。

紧接着，康熙皇帝派人运送大批粮草、军火等军需物资前往黑龙江，并组织了一条纵贯东三省的南北向水路运输线，从各地运输军粮，沿途派兵驻防，并建造粮仓，从而保障黑龙江驻军的供给。除了从各地征调粮食、购买牲畜之外，康熙皇帝指示“我兵一至，即行耕种”，即驻军到达驻地后，就开始屯田。

永戍黑龙江，有力地制止了沙俄侵略军向黑龙江中下游地区的扩张，为清政府在最佳时机收复雅克萨等地区奠定了基础。康熙二十二年（公元1683年）七月，索伦组军官博克率清军先头部队到达额苏里，围歼了一支俄国船队，附近各据点的沙俄侵略军纷纷闻风撤离。与此同时，当地各族居民也积极配合清军的驻防，展开对沙俄侵略军的斗争。至康熙二十三年（公元1684年）年初，黑龙江中下游一带及其各支流上的俄据点已被基本肃清，康熙皇帝开始将目光投向一直被沙俄侵占的位于黑龙江上游的尼布楚和雅克萨城。

康熙二十三年（公元1684年），萨布素和副都统马喇提出，建议割除俄方的田禾，俄军没有了能够赖以延续的粮草，清军就能够派出轻骑兵轻而易举地将其剿灭。康熙皇帝采纳了他们的建议，命萨布素等率兵从水陆两路挺近雅克萨，将俄军种植的田禾全部踏毁，再由少量的精兵前往征剿。但萨布素却以“取禾未及，徒劳士马”为由，未遵旨令，这令康熙皇帝非常恼怒，对萨布素的做法严加斥责。次年初，康熙皇帝派都统公瓦山和侍郎郭丕等人赴黑龙江同萨布素讨论攻取雅克萨事宜。通过商讨决定，四月攻取雅克萨，倘若攻取困难，就按照之前的旨意捣毁其田禾。奏疏送到京城，康熙皇帝怒斥萨布素“度四月进兵，不过刈取田禾，事必无成”，并指出用兵之事所关紧要，必须考虑周详，作好必胜的准备。

在周密准备反侵略战争的同时，康熙皇帝依然没有放弃和平解决争端的方式。他下令善待被俘或投降的俄方人员，禁止杀戮，令其各得其所，同时多次重申和平解决边界问题的方针。康熙二十二年到二十四年，康熙皇帝先后两次派人向俄方提出警告，要求俄方从边界撤兵，停止其侵扰百姓、抢夺土地的行为。同时，康熙皇帝还派遣亲随侍卫赴军前谕诸将领道：“兵，凶器；战，危事，圣人不得已用之。朕以仁治天下，素不嗜杀，尔其严谕将士，毋违朕旨，以我兵马精强，器械坚利，罗刹势不能敌，必献地归诚，尔时勿杀一人，俾还故土，宣朕柔远之意。”可见，清廷对俄方已经做到了仁至义尽，但在沙俄一再置若罔闻的态度下，康熙二十四年（公元1685年）正月，康熙皇帝正式提出武力收复雅克萨的方针。同年四月，他命都统公彭春、郎谈、班达尔沙、黑龙江将军萨布素率领由满、蒙、汉等各族人组成的三千军队从瑷珲城分批出发，从水路和陆路进取雅克萨城。五月中下旬，大军陆续抵达。出于先礼后兵的原则，彭春先派出被俘俄方人员携信进城，一封是康熙皇帝写给沙皇的，申明兴师的理由，要求雅克萨的俄军撤退，并提出以雅库为界释放逃人、和睦相处的建议。另一封信是给雅克萨俄军督军托尔布津的咨文，文中阐明了清廷兴师缘由，令俄方撤兵并交还逃人。

俄军依仗着坚固的城防，不肯撤兵，清军决定发动强攻。五月二十四日，清军拦截了一队乘木筏而来的俄方援军，击毙三十余人，俘虏十余人。当夜，清军于城南布置工事，做佯攻之势，牵制敌方兵力，然后暗中将神威将军炮架在东西两侧，又命副都统雅齐纳和提督白克率水师从城东南布置战船，封锁江面，堵截敌人逃跑或增援的路途。次日黎明，各路清军发动进攻，相互配合火炮齐发，击毙敌军百余人。雅克萨城内没有设置防火设备，炮火所及之处，火焰熊熊燃烧。俄方督军托尔布津走投无路之下向清军投降，并立下绝不再犯雅克萨的誓言。康熙皇帝以仁厚心怀对待战败方，在其保证永不再犯的条件下，释放俄方战俘，并允许俄方带走武器和财物。受降仪式之后，清军即将七百多名俄国人送往额尔古纳河河口，遣返回国。对于另外四十多名不愿归国的俄国人，则将其安插盛京。那些曾被俄军掳走作为奴隶或人质的一百六十多名中国人，全部被发回原地。雅克萨战役基本上实现了康熙皇帝预定的目标，朝廷上上下下无不沉浸在胜利的喜悦之中，康熙皇帝激动地说：“征剿沙俄一事，众人都认为路途遥远，难以攻取，独朕决定兴师讨伐，如今蒙上天眷顾，攻克雅克萨城，朕内心十分喜悦。”随后，又命兵部对从征人员议定奖赏，最后作出指示：“雅克萨城虽然已被攻取，但防御工作一定不可疏忽”。

雅克萨城收复之后，彭春等将城堡付之一炬，没有割除雅克萨周围的田禾，也没有在当地设立哨所，未等朝廷命令到达就擅自命军队撤回瑷珲和墨尔根等地，这种做法给沙俄侵略者留下了可乘之机。

不久，托尔布津又率领一批残兵败将回到了尼布楚，恰巧又碰上了到来的援军。侦察到清军已经全部撤走后，托尔布津就带着五百侵略军再次占领了雅克萨，又收割了田里的庄稼。随后，托尔布津还带人在废墟上重建了雅克萨城堡，这次的建造是在德国军事技师拜顿的监督下完成的，比之前的更加坚固，具有更好的防御能力，城堡内还修建了粮食库、火药库和其他军需仓库，囤积大量储备粮食和军需物资，作好了长期固守的准备。

康熙二十五年（公元1686年）二月，康熙皇帝得知沙俄又重新占领了雅克萨的消息后，立即谕令部署第二次雅克萨战役，此次攻取雅克萨由黑龙江将军萨布素统领，军队由黑龙江本地官兵组成。

五月上旬，萨布素率领两千人的军队从瑷珲出发，月底时逼近雅克萨。清军从六月初开始从南北两个方向向负隅顽抗的俄军发动猛攻，经过几日激战，击毙敌军百余人，俄方督军托尔布津也在战役中被清军击毙，俄军被迫后退守城。俄军重新修筑的城墙更加坚固，对清军来说是一个很大的障碍。经过一番勘察，萨布素决定在城周开挖战壕，修筑堡垒，作好长期围困的准备。这一策略很快发挥了效用，到了年底，城内的八百多名俄军大多被困而死，剩下的一百五十多人也因严重缺乏粮食弹药，状况越来越糟，攻取城池指日可待。

屡次对康熙皇帝的和平倡议漠然置之的沙皇，得知俄军在雅克萨被围困，大吃一惊，终于改变态度，接受清廷的和平谈判。康熙二十五年（公元1686年）九月，沙皇派信使持国书赶赴北京，通知清政府俄方已经派戈洛文为大使与中方进行谈判。康熙皇帝接受了俄方的要求，派人赴前线谕萨布素撤回围困雅克萨的军队，并致信沙皇：“朕一面派人传令停围雅克萨城，一面将等候来使议定边界，停止征伐，共修和好。”第二年正月，又谕令萨布素，准许清政府派出医生为雅克萨城内患病的俄方人员医治病痛。同年五月，清军主动后退二十里，完全解除对雅克萨的封锁，表达出清政府同沙俄和解的诚意。七月，喀尔喀蒙古土谢图汗汇报俄方的谈判代表已经到达喀尔喀境内，康熙皇帝即命萨布素撤至瑷珲、嫩江一带，并将撤兵原因通知雅克萨俄军。清政府主动停火撤军并倡议和谈的行为，不仅体现出谋求和解的诚意，也为中俄双方和平解决边境争端问题营造了一个良好的氛围，历时两年之久的雅克萨战役终于结束。

在清廷表达出充分的诚意的同时，俄方依然在向雅克萨增兵，到康熙二十七年（公元1688年）秋，雅克萨的俄军又增加到三百多人。康熙皇帝预见到谈判也许会是一场长期而艰巨的斗争，为了克服前线诸将日益滋生的麻痹情绪，他多次强调永戍黑龙江、囤积粮食的重要意义，并谕兵部尚书鄂尔多等：“若我方粮草储备不足，或肆意挥霍，有一天军储殆尽不得已而撤兵，那么俄方一定会卷土重来，到那时候，俄罗斯就成了主兵，我们反而成了客兵。因此只有多加储备粮食，永行戍守，才是长久之计。”

康熙皇帝为促成边界问题的和平解决而主动撤军，俄方却采取消极拖延的策略。原本由菲尔多·阿列克谢耶维奇·戈洛文率领的使团和军队两千余人得知清政府主动撤军的消息后，便不再急于前往北京谈判，而是在贝加尔湖以东地区停留了近两年时间，忙于镇压蒙古各部百姓的抗俄斗争。康熙皇帝得知俄使已经行至外蒙地区，便派人一再敦促。康熙二十七年（公元1688年）二月，戈洛文派出的使节斯捷潘·克洛文抵京，安排和谈事宜。俄方为了彰显武力，提高自身在谈判中的地位，提出将谈判地点设在色楞额处。康熙皇帝接受了俄方的提议，并在短短数日之内组成谈判使团，以领侍卫内大臣索额图为首席代表，都统公舅舅佟国纲为副代表，另派尚书阿喇尼、左都御史马齐和护军统领玛喇等随行，并率二百八十旗前锋兵、四百护军和二百火器营兵同往。

五月二日，清使团从北京出发。行前，康熙皇帝特谕索额图，黑龙江流域自古以来都是中国的领土，决不可被俄罗斯侵占一河一溪，如果俄方归还我土地和人员，画定疆界，中方同意与其开通边境贸易，否则中方将不再与其商谈议和事宜。使团出发后，行至喀尔喀蒙古地区时，遇噶尔丹进攻土谢图汗，道路受阻。康熙皇帝立即遣人将使团召回，与俄方另行商定会谈地点。

康熙二十八年（公元1689年）四月，俄国使节洛吉诺夫至京，索额图与之会谈，将新的谈判地点定于尼布楚。随后，清政府立即组成新的使团，组成人员除了之前的索额图、佟国纲、马喇等人，还增加了熟知东北边境状况的郎谈、萨布素等人，并由传教士徐日升和张诚担任译员。四月二十六日，使团出发。康熙皇帝根据噶尔丹进兵喀尔喀蒙古的形势，预见征剿噶尔丹之役在所难免，为了避免清廷两面作战，决定对俄方作出重大让步，争取尽早达成协议。因此宣布了新的谈判方针，先坚持以尼布楚为界，如果俄方坚持要尼布楚，就以额尔古纳河为界。

七月底，索额图等人到达目的地，并在距离尼布楚三里外的石勒格河南岸扎营。另一路水师在郎谈、萨布素和班达尔沙的率领下从黑龙江溯江而上，于七月二十六日到达尼布楚。而俄方代表戈洛文却迟迟没有到达。索额图多次派人敦促其前来会谈，戈洛文来信说明了未到缘由，并提出不愿被清军窥见，要求清军移驻下游一隐蔽之处。索额图等按照戈洛文的要求将兵船等向下游转移。随后，戈洛文终于率船队抵达尼布楚。

八月十九日，中俄双方开始就有关事项进行会谈，并于当月二十二日正式开始会谈，地点定于尼布楚城与河岸之间，在城外搭建临时帐篷作为会场，并遵循“每一件事上平等”的原则，双方使臣在谈判中可各带三百名侍卫，除刀剑外，不得携带其他任何火器。

八月二十二日，中俄双方的第一次会谈正式开始。会议一开始，戈洛文便提出中俄之间的战争祸起于中方，诬赖中国“未经宣布突然叛兵侵犯沙皇陛下国界”，于是沙皇才会派兵携带弹药“讨平敌人”，在接到中方和谈的信件后，沙皇才决定停止战争，派遣使节同中方会谈，要求中方对“受害者”俄国蒙受的“损失”作出赔偿。面对戈洛文颠倒黑白的要求，索额图当场予以严正驳斥。他历数沙俄对我国黑龙江地区掠杀抢夺、掳掠人口的种种罪行，并指出清廷“屡次行文宣谕”，而俄方始终置若罔闻，变本加厉地侵略我国领土，中方才在忍无可忍之下屯兵黑龙江，并出兵收复雅克萨；然而俄国不但没有收敛，反而再次窃据雅克萨，劫掠中国百姓，清政府只得再次出兵征讨，俄方在被围无门的情况下才派出大使前来谈判。就这样，中方以不可辩驳的事实，阐明中俄之战的责任在俄国一方，而中国始终坚持自卫的严正立场。面对铁的事实，戈洛文哑口无言。

俄方提出的要求是，可以以放弃雅克萨为条件，换取对尼布楚及其周围地区的占领。但是戈洛文为了争取更有利于自己的结果，经常无理取闹，为谈判设置各种障碍，不断要求占领中国更多的领土。这引起了中方的强烈愤慨，索额图针锋相对地表明：“除了尼布楚之外，再没有其他的边界可以接受。”谈判取得的每一点进展都经过了相当艰辛的斗争和努力。中国使团谨遵康熙皇帝的旨意，据理力争，而尼布楚附近喀尔喀居民反对俄国的起义也对合约的促成起到了很大帮助。俄方为防止事态进一步扩大，终于在康熙二十八年（公元1689年）七月二十四日同清政府达成协议，签订了《中俄尼布楚条约》，条约共有六款，对中俄东段边界划分、越界人员处理办法、中俄边境贸易等问题作出了规定，以格尔必齐河、额尔古纳河和外兴安岭为中俄两国国界，俄国撤出在中国的全部军队和据点，外兴安岭和乌第河之间的地区留待以后议定。

《中俄尼布楚条约》是中俄第一个正式缔结的条约，其签订是中国人民经过同沙俄侵略者在政治上和军事上的斗争后，双方在和平协商以及中方作出重大让步后得到的结果。通过《尼布楚条约》的签订，中国收回了一部分被沙俄侵占的领土，并制止了沙俄对中国北方领土的进一步侵略，打破了沙俄同准格尔部噶尔丹之间的联盟，为后来清政府集中全部力量平定噶尔丹叛乱作好了铺垫，扫清了道路。康熙皇帝在抗击沙俄、保卫东北边疆上作出的贡献，受到后世的称颂与好评，这是中方奉行独立自主外交政策的胜利。