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蒙古族是分布在我国北方巴尔喀什湖至黑龙江流域广大地区的少数民族。公元1279年，蒙古族灭亡南宋，建立元朝。公元1368年，元朝统治被农民起义推翻，蒙古族又回到了他们祖先长期生存繁衍的地方。明朝时期，蒙古族分为漠南蒙古、漠北蒙古和漠西蒙古三大部，其中漠北蒙古又称喀尔喀蒙古，漠西蒙古又称厄鲁特蒙古。清太宗时期，清政府基本上统一了内蒙古各部。喀尔喀蒙古向清称臣，厄鲁特蒙古顾实汗也遣使进贡。噶尔丹是厄鲁特蒙古四部之一准格尔部的首领，与清政府接触的较晚。

康熙皇帝即位时，游牧在我国西北地区的准格尔部逐渐发展壮大。噶尔丹是漠西蒙古准格尔巴图尔珲台吉的五子。公元1653年，巴图尔珲台吉去世，其子僧格继位。巴图尔珲台吉在世时，沙俄正在侵扰我国的黑龙江地区，企图拉拢巴图尔珲台吉，并挑拨其与清政府之间的关系，遭到巴图尔珲台吉的拒绝。僧格即位后，沙俄又多次挑唆僧格，妄图诱其降俄。然而僧格继承父志，拒绝了沙俄的诱降。康熙九年（公元1670年），准格尔部发生内讧，僧格被杀。噶尔丹从西藏返回准格尔，称奉达赖之命为兄报仇。他驱逐僧格宿敌车臣台吉，然后杀掉了僧格之子索诺木阿拉布坦，又将自己的叔父楚虎尔乌巴什囚禁起来，夺取了准格尔部的统治权。

噶尔丹取得领导权后，野心日益膨胀。很快他以武力统一了漠西蒙古的另外三部，接着又发兵攻取了青海和天山以南的广大地区。为了进一步吞并喀尔喀蒙古各部，噶尔丹从康熙十三年（公元1674年）开始，不断派人与沙俄进行密谈。在沙俄的极力支持下，噶尔丹挑起更大规模的民族争端，阴谋发动民族分裂战争。早在康熙七年（公元1668年），沙俄就为噶尔丹提供了大量武器，帮助其夺取准格尔部的领导权。为了控制整个漠西蒙古，沙俄还派出大量特务帮助噶尔丹策划分疆裂土的阴谋。康熙十六年（公元1677年），噶尔丹在沙俄的暗中支持下自立为汗，俨然同远在紫禁城的康熙皇帝平起平坐。此后不久，他又同西藏地方民族主义者第巴桑结嘉措勾结在一起，掀起了更大规模的军事入侵。

康熙十七年（公元1678年），噶尔丹趁维吾尔族地区伊斯兰教发生内部教派纷争，率兵攻取了天山南路叶尔羌等城池，又进一步向西侵略哈萨克和布鲁特等地。接着，噶尔丹还侵占了吐鲁番和哈密，控制了河西走廊，并试图将其势力扩展到喀尔喀蒙古，严重威胁着边疆的安全和国家的统一。

噶尔丹的迅速崛起引起了康熙皇帝的注意，但这时三藩问题尚未解决，一时无暇西顾，因此对噶尔丹依然延续前期的抚恤政策，允许噶尔丹依其兄例，照常向清廷遣使纳贡，实际上是承认了噶尔丹对准格尔部的领导权。同时，康熙皇帝也极力反对噶尔丹的武力扩张行为，主张蒙古各部盟之间和睦相处，发生矛盾应及时向朝廷禀报，由清廷“遣使评其曲直，以免生民于涂炭”。

康熙二十二年（公元1683年），噶尔丹派遣七十名使者组成的使团前往伊尔库茨克，与沙俄举行密谈，双方准备签订军事同盟条约，借此为其军事行动寻找帮凶，连同沙俄与清政府抗衡。噶尔丹自恃有沙俄在背后的支持，肆无忌惮地向喀尔喀蒙古发动进攻，野心勃勃地想要称霸北方。喀尔喀蒙古是成吉思汗十五世孙达延汗之后裔，达延汗死后，其子孙迁入内蒙古，后逐渐形成土谢图汗、车臣汗和札萨克图汗三部。清崇德三年（公元1638年）开始，喀尔喀蒙古每年向清廷进贡，确立了对清政府的臣属关系。顺治十五年（公元1658年）开始，喀尔喀赛因诺颜部也开始如其他三汗例，向清廷纳贡。清廷则在喀尔喀设八扎萨克，分为左右两翼，其中左翼包括土谢图汗、车臣汗和赛因诺颜部，札萨克图汗属于右翼。康熙元年（公元1662年），札萨克图汗于本部台吉额琳沁内讧，其部下属民纷纷投向土谢图汗。从此，喀尔喀左右两翼长期不和。噶尔丹利用这一矛盾，阴谋招降右翼，消灭左翼。

康熙二十七年（公元1688年），噶尔丹率三万骑兵进入喀尔喀蒙古汛界，挑起漠西蒙古和漠北蒙古之间的争端，并诱使右翼札萨克图汗等人背叛喀尔喀。土谢图汗率兵追回了札萨克图汗，后噶尔丹之弟多尔吉扎布又带兵抢掠了喀尔喀右翼各部的人畜。为了夺回人畜，土谢图汗杀掉了多尔吉扎布。这次事件正好给了噶尔丹一个大肆进攻喀尔喀蒙古的理由，他打着为弟报仇的幌子，率兵攻入喀尔喀，其铁蹄所到之处，无不烧杀抢夺，掠取一空。喀尔喀蒙古几十万人为了逃难，纷纷宰弃牲畜，抛弃家园，逃往漠南蒙古。在六十多里的逃亡道路上，人们老幼扶携，死伤者无数。

得知喀尔喀蒙古遭受到空前浩劫，康熙皇帝立刻派出翎侍卫大臣津进和郎中帕海等人前往乌珠穆沁、科尔沁等地侦查情况，同时派侍郎文达赴阿巴哈纳班迪黛青和车陵戴青，设岗防护。而大败喀尔喀之后的噶尔丹更加狂妄，他一面继续用兵，一面要求康熙皇帝交出由清廷收留的哲布尊丹巴。康熙皇帝当即派一等侍卫阿南达、户部郎中拉西和喇嘛商南多尔济等持谕旨告诫噶尔丹，清廷希望百姓共享太平，免遭战争离散之苦，对喀尔喀与厄鲁特一视同仁，若噶尔丹坚持交恶，最后定会败亡。然而噶尔丹根本不把康熙皇帝的劝谕放在眼中，仗着几万铁骑和沙俄的支持，继续为所欲为。康熙二十九年（公元1690年），噶尔丹又以追击喀尔喀为名，率两万军队沿喀尔喀河南下，一路长驱之下烧杀抢掠，进入漠南蒙古科尔沁境内。理藩院尚书阿喇尼见噶尔丹行径，率两百蒙古骑兵在乌尔会河出击噶尔丹军队，又派五百喀尔喀兵夺回了被噶尔丹掳走的人畜。但由于阿喇尼孤军作战，兵力不足，最终被噶尔丹击败，史称“乌尔会河之役”。

之后，噶尔丹进一步向内地深入，清军阻挡不力，使其一下子进入到乌珠穆沁境内，距离古北口仅九百多里。一时间，京师人心惶惶，物价飞涨，一些官衙甚至紧闭大门。康熙皇帝下令京城戒严，并谕令文武官员，利用噶尔丹当下骄纵心态，部署兵力抓住时机对其围歼。

面对势如虎狼的噶尔丹，朝廷中出现了不同的意见。有的人提出西北路途遥远，兴师前往未必能够将其剿灭，主张先不行动。康熙皇帝坚决反对这种意见，指出只有边境安定，国家才能够长治久安，决不能苟图一时安稳，他决心亲征。

康熙二十九年（公元1690年）二月，康熙皇帝组织两路大军，以和硕裕亲王福全为抚远大将军、皇长子胤褆为副统领，率左路军自古北口出，由内大臣佟国纲、佟国维任参赞；以和顺恭亲王常宁为安北大将军，以和硕简亲王雅布和多罗信郡王鄂扎为副统领，率右路军自喜峰口出，由内大臣索额图、明珠和阿密达等担任参赞。康熙皇帝本人则于七月十四日率禁军由京师起程，十日后驻扎在博洛和屯，以统筹全局，就近指挥前线战役。起程前，康熙皇帝已经感冒，在前往博洛和屯的途中，病情更加严重。在大臣们的恳请下，他决定暂且回京，但前线作战的具体部署依然由他决定。

清军分两路出发后，按照各自预定的路线行军。左路军副将胤褆由于听信他人谗言，同福全关系不睦，并私自向康熙皇帝陈奏告状。康熙皇帝担心胤褆在军中扰乱军心，便立即下令将其调回京师，另派康亲王杰书率军与福全会合。由于几天的耽误，延误了左路军北上的时间，导致常宁率领的右路军孤军深入，在乌珠穆沁同克什克腾旗交界处遭遇噶尔丹军队后，不敌对方攻击，向南退却。噶尔丹趁势继续用兵，占据了乌兰布通，距离福全军仅三十里。康熙皇帝得报后，命令常宁速去与福全会合，于乌兰布通夹击噶尔丹；同时命杰书率兵西进，驻扎于归化城，切断噶尔丹西退的途径。

此时，噶尔丹受到清军左右两路的夹击，但是他依仗着乌兰布通的有利地形，在山林深处安营扎寨。战前，噶尔丹设计了“驼阵”，即将上万头骆驼的腿捆绑起来，背上用箱子叠成矮墙，再用湿毛毡蒙上，作为掩体，士兵则从缝隙中发射弓箭和枪炮。凭借着这样的驼阵，噶尔丹能攻能守。战争开始后，驼阵果然起到了显著的效果，清军使用弓箭、火铜攻击都毫无效果，而自身又缺乏掩体的保护，伤亡惨重，佟国维在冲锋中阵亡，前锋参将格斯泰和前锋统领迈图也在战斗中牺牲。

康熙皇帝得知前线被困于“驼阵”，即命费扬古率八旗炮兵营携红衣大炮等急赴参战。在大炮的攻势下，骆驼纷纷扑地，噶尔丹的工事被毁，清军趁势发动冲击，噶尔丹惊溃败退。次日，噶尔丹组织部队北撤，并派济隆活佛携请罪书前往清军营地游说，表示再不进犯喀尔喀。福全中了噶尔丹的缓兵之计，命令自己的部队和其他各路军停止进攻。康熙皇帝得到前线捷报后，下令追敌，不留后患。五六天后福全接到康熙皇帝的命令时，噶尔丹已经率残部远退，追敌已经来不及，就这样乌兰布通大捷的胜利成果功亏一篑了。

乌兰布通战役后，噶尔丹率残部两千余人回到了科布多，此时他的营地和妻子家眷已经被其侄策妄阿拉布坦洗劫一空。但噶尔丹依旧贼心不死，一面休养生息，以图将来东山再起；一面争取沙俄的支持。康熙三十三年（公元1694年），康熙皇帝多次约噶尔丹参加会盟，以调节准格尔部同土谢图汗等部之间的矛盾。而噶尔丹拒不接受清廷的邀请，反而蛮横地要求清政府交出土谢图汗和哲布尊丹巴，不然将继续用兵喀尔喀。次年，噶尔丹自认为兵力充足，再次向喀尔喀蒙古进攻，并扬言在冬后进攻漠南。

康熙皇帝召集了朝中三品以上的武官，共商征剿方案。许多大臣主张距离太远，沙漠地带运送武器粮草都实为不易，劝康熙皇帝不要轻举妄动。将军费扬古则主张出兵进剿，认为若不尽早根除噶尔丹，北部边疆必定后患无穷。经过多次听取大学士意见和议政王大臣会议的讨论，康熙皇帝决定再次率兵亲征。

康熙三十五年（公元1696年）二月，康熙皇帝下令兵分三路，其中，黑龙江将军萨布素率东路军由兴安岭克鲁伦河进发；抚远大将军费扬古率西路军从宁夏越过沙漠沿翁金河北上，切断噶尔丹的退路；康熙皇帝则亲率中路主力军，出独石口至克鲁伦河，协同东西路军夹击作战。

康熙皇帝率领的中路军在无边无际的沙漠和草原上行进数千里后，经过五十九天的艰苦历程，终于在五月初五从科图逼近噶尔丹。西路军途径的草地被噶尔丹焚毁，只能迂回前进，因此行程速度受阻；东路军也未按时到达预定地点，这就给中路军带来不利态势。此时又有传闻沙俄出兵来援，大学士伊桑阿担心中路军遭敌方夹击，建议康熙皇帝率中路军后撤。康熙皇帝严加斥责了这种畏战惧敌的言论，表示此次亲征一定要歼灭噶尔丹。

经过分析讨论，康熙皇帝下令中路军继续前进，并将队伍分成两路，一路占据克伦和左岸的山麓高处，佯作大部队将从那里经过，然后自己率另一路争先据河，并于克鲁伦河一带夹击噶尔丹。

噶尔丹原本并不相信康熙皇帝会亲征，当他从清军放回的俘虏口中得知康熙皇帝确已亲征，便到高山上向远处望去，发现“御营黄幄龙纛，环以幔城，又外为网城，军容山立”，遂命部下抛弃庐帐、兵器，连夜逃窜。康熙皇帝率兵渡过克鲁伦河后，抵达巴彦乌兰，结果却扑了个空，便又立即率三名总兵，挑选精兵轻骑，对噶尔丹猛追不舍。同时令费扬古率西路军疾驰至昭莫多设伏堵截。康熙皇帝带领的轻骑连续追击了五天，但是由于粮饷供应不续，不得不停止。

费扬古则督兵星夜奔驰，终于在五月十三日赶在敌人之前到达昭莫多。紧接着，费扬古按照康熙皇帝的部署，命一部分旗兵下马步行，在昭莫多东部列阵；同时令骑兵主力隐蔽在图拉河对岸的密林中。布阵完毕，噶尔丹的部队已经行至距离昭莫多三十里的地方，费扬古便派出四百骑兵迎战，用且战且退的方式将其引至昭莫多。噶尔丹一路直追，想最终在昭莫多猛扑清军各制高点，清军则以子母炮等予以还击，在整日的激战之后，双方胜负难分。这时，费扬古发现噶尔丹军后阵一直没有动静，断定是家眷和牲畜等，于是又派出一支精骑兵前往袭击。这一招令噶尔丹军营大乱，清军立即趁机四面出击，杀敌三千余人，俘获人畜无数，噶尔丹爱妻阿奴也被斩杀。噶尔丹见大势已去，便自率数骑逃跑。

康熙皇帝的此次亲征，取得了辉煌的胜利。五月十八日，得昭莫多捷报传来，康熙皇帝决定班师回朝，命费扬古驻守喀尔喀招降噶尔丹及其残部。

昭莫多一战，噶尔丹的势力遭到极大削弱，原来归附于他的许多部众纷纷逃脱，噶尔丹穷困至极。为了解决粮食问题，噶尔丹于七月令部下率人抢劫了喀尔喀蒙古郡王善巴的牧场，遭遇费扬古军队袭击，再次大败而归。九月，噶尔丹再次派人抢劫清军米仓，与祖良璧部相遇，经过一番激战，噶尔丹军队惨败，从此，噶尔丹再也不敢同清军发生正面交锋。

虽然噶尔丹处境窘迫，但康熙皇帝明白只要噶尔丹尚有一丝残喘，就一定会处心积虑，卷土重来。事实也确实如此，噶尔丹落荒而逃之后，便开始投靠达赖喇嘛，加强同青海的台吉和西藏的第巴之间的联系，新疆和青海地区也有他的一部分属民。如果不彻底将其根除，边疆地区依然存在隐患。根据昭莫多战役之后的形式，康熙皇帝调整了清军在当地的部署，在噶尔丹无力侵犯的东部，只作一般性防御措施，仅留下萨布素部属的一千黑龙江兵驻守科图，然后令大将军费扬古率领五百萨布素兵和一部分蒙古兵前往善巴王汛地侦查噶尔丹的行迹。康熙皇帝最为重视的是西北方面，虽然在《尼布楚条约》签订后，噶尔丹北得不到沙俄的支持；东南面有清军压境；西面有策妄阿拉布坦欲擒他，向清廷邀功；南又面临着饱受他奴役的回族部落的堵截，可以说已经四面交困，但康熙皇帝依然担心青海蒙古诸部和哈密回族部落首领额贝杜拉达尔汉白克对噶尔丹的支持。青海蒙古诸部向来依附于西藏达赖喇嘛的势力，青海又是噶尔丹通往西藏的必经之路。噶尔丹在战败后一直谋求第巴桑结嘉措的支援，因此清军必须切断噶尔丹在青海的运输线。因此在昭莫多战役后康熙皇帝派重兵把守噶尔丹奔逃青海、西藏的额尔古纳河、布隆吉尔的必经之地，并命人告诫青海众台吉：如遇噶尔丹来逃而不将其擒获，或抓而不送，清政府必定出兵征讨。但是青海众台吉声称遵照达赖喇嘛之言，这就意味着他们不会擒拿噶尔丹。哈密额贝杜拉达尔汉白克曾经多次向噶尔丹提供援助，在噶尔丹昭莫多大败后，他慑于朝廷的声威，遣使进京纳贡归降，并表示愿意协助清廷捉拿噶尔丹。但是康熙皇帝明白其心不善，为彻底围困噶尔丹，防止其东山再起，他决定二次亲征朔漠。

康熙三十五年（公元1696年）九月四日，康熙皇帝以“往宣化地方行围”的名义，仅带侍卫、新满洲三旗护军、三旗亲随护军、八旗前锋军和火器护军等两千人前往。直到十五日出发前，康熙皇帝才向大学士伊桑阿透露这是一次不同寻常的“出兵”。十九日，康熙皇帝正式起程，开始第二次亲征。

征途中，康熙皇帝时刻不忘招抚事宜。二十二日，大军行至怀来县城西，康熙皇帝命人将招抚噶尔丹的敕书送往大将军费扬古处，“令其颁示”。二十四日至下花园，康熙皇帝谕议政王大臣：“噶尔丹似此困极，虽不进讨，亦必灭亡，今但以招抚为要，故朕谕大将军，频遣噶尔丹降人往招之。噶尔丹今虽不降，其部落既散之后，自来归顺矣。”为了更好地贯彻招抚政策，康熙皇帝下令将招降的一千五百多人编入上三旗，对其中的头人分别授职，将不愿来内地者送往费扬古军前；赐俘虏以银钱，放其归乡团聚。与此同时，康熙皇帝还注重与喇嘛的团结。十月十三日，行至归化城时，康熙皇帝将甲胄、腰刀等随身物品留在崇福寺内作为纪念，还将念珠、经典等赐予席力图，以图招抚喇嘛席力图。

招抚重点在于分化瓦解噶尔丹上层人物。十月二十一日，在昭莫多战役中被俘的厄鲁特曼济被遣送回噶尔丹处同妻子团聚，并带去了给噶尔丹、丹济拉的敕文，文中写道：“朕不忍尔属下厄鲁特妻子相失，穷困冻饿而死，特遣谕招抚。今重复降敕，尔等若悔前愆，俯首向化，朕一体加恩抚恤，俾各得所，尔部下厄鲁特亦得妻子完聚，咸获生全。”此外，康熙皇帝又派人持谕前往招抚噶尔丹部下丹津阿布拉坦和丹津额木布等人，着力离间他们同噶尔丹的关系，指出如果他们愿意率部落来降，朝廷将优渥以待，令其部众各得生业。十月二十三日离开归化城时，康熙皇帝留下一位大臣继续受降厄鲁特人，将归化城作为一招抚据点。

除了遣使招抚，康熙皇帝还注重调动兵马，对噶尔丹围困阻击。当得知噶尔丹窜犯哈密，他立即令孙思克等人率兵赴肃州阿南达探听消息，即行剿灭噶尔丹。经过一番妥善部署，阿南达争取了噶尔丹内弟噶尔亶多而济的归降，令其同哈密回部达尔罕白克配合，在都尔白尔济和滩纳秦等地驻防探哨，同时调集两千精兵在额济纳、昆都仑等处加强防守。此外，土尔扈特部、准格尔部策妄阿拉布坦、和硕特部额尔科巴图尔也分别率兵四面设哨，组成西北联合防线，遏制噶尔丹西逃。

西北各部的联合令噶尔丹身处孤立无援之境。面临清政府经济和军事上的双重封锁，噶尔丹走投无路，只好派人前来请降，以为缓兵之计。十一月十七日，康熙皇帝于哲固斯台接到大将军费扬古的上奏，称噶尔丹派出以格雷古英为首的二十人使团前来议降。二十五日，康熙皇帝在东斯亥召见格雷古英，命其转告噶尔丹，限他七十日内亲自来降，否则清军还将前往讨伐他，表示“粮虽尽，朕必噬雪穷追，断不回师”。

为了给噶尔丹施加压力，在接见中，康熙皇帝没有流露出即将班师回朝的迹象，而此时的噶尔丹已经在清军和西北各部族的联合军队合围之下，困于一隅，基本上没有死灰复燃的可能。康熙皇帝此次亲征的目的已经达到，鉴于清军此时粮草所剩无几，康熙皇帝决定回京，于十二月二十日胜利返回。

虽然噶尔丹已经遣使乞降，但康熙皇帝认为噶尔丹向来是狡诈叵测之人，不可轻信，要求清军厉兵秣马，彻底根除噶尔丹之患。因此二次亲征刚一结束，康熙皇帝就开始筹备再度对噶尔丹用兵。

康熙三十六年（公元1697年）二月六日，为了全歼敌寇，威慑西藏、青海，招抚蒙古，康熙皇帝决定三次亲征漠西，一路西行，顺便巡视边区的军民生业。康熙皇帝严禁队伍扰民，要求随行人员一切事物尽量从简，节省开支，好集中一切人力、物力剿灭噶尔丹。为了减少对当地百姓的干扰，康熙皇帝下令调整行军路线，榆林至安边的路程全部从边外行走。三月十七日，行进至安边城东时，得知宁夏诸臣要前往迎驾，康熙皇帝立即派人通知诸臣于黄河对岸迎接，避免远迎劳顿马力。

三月下旬，康熙皇帝的队伍到达宁夏。听说皇帝再次率兵亲征，第巴桑结嘉措和青海蒙古各部纷纷向朝廷上书请罪。在清军强大的军事压力下，噶尔丹的部众也纷纷离心离德，其亲信乌尔古扎布、部下格雷古英等或陆续来降，或弃噶尔丹而去。此时的噶尔丹内外交困，孤立无援，所有人丁不过三百余人，驼马牛羊几乎消耗殆尽，只能靠捕猎为生。尤其在西北各民族得知五世达赖已经圆寂十六年，而第巴桑结嘉措却假冒达赖喇嘛的名义支持噶尔丹叛乱后，噶尔丹保护达赖喇嘛道法的面具已经被撕毁，他进一步陷入了众叛亲离之境地。无奈之下，他不得不再次向沙俄求救，可这时的噶尔丹对沙俄来说已经没有利用价值，因此遭到了俄国人的拒绝。

此时，清廷对青海众台吉的招降工作也进展得十分顺利，青海众台吉纷纷归顺，这对彻底剿灭噶尔丹起到很大帮助。康熙皇帝得知噶尔丹已经穷尽至极后，重新对兵力作出了调整，将原定于两路出兵、每路三千人的计划改为每路两千，一路是由孙思克、傅霁率领的西安满兵和甘肃绿旗兵，出嘉峪关赴布尔吉尔阿南达，然后由阿南达和李林隆统率该路军经哈密前往萨克萨特呼里克，孙、傅二人则率所留之兵驻守甘州；另一路是由费扬古率领的喀尔喀、黑龙江和察哈尔兵，以及蒙古各旗汗王、贝勒、贝子、台吉等情愿效力者，出宁夏至郭多里巴尔哈孙之地。噶尔丹的侄子策妄阿拉布坦也同阿玉哥分别出兵于阿尔泰山以南驻扎，安岗设哨，准备力擒噶尔丹。一面出兵进剿，康熙皇帝又一面再次遣使持敕谕招降。敕谕的内容主要有三点：其一，令噶尔丹速来请降，拖延时间对他无益；其二，达赖喇嘛早已圆寂，噶尔丹长期以来以护法为借口，实属欺骗；其三，噶尔丹欲逃匿之处，清政府皆悉知。同时，还谕令厄鲁特和丹济拉众台吉、寨桑等，促其速降，并表示对一切归降者，清廷将妥善安抚，使其得所。

诸方事宜基本安排就绪后，康熙皇帝继续向前线深入。闰三月十五日，他率众从银川出发，沿黄河西岸北进，二十九日抵达船站，亲送八旗前锋兵和黑龙江兵起程。四月初一日，康熙皇帝阅鸟枪兵，送绿旗兵出征。吸取首次亲征西路军粮饷不继导致士兵饿死的教训，康熙皇帝下令将五百石米存于狼居胥山附近的驿站，同时调来一千四百多匹战马，为返回的部队补给粮草马匹。

一切就绪，噶尔丹插翅难逃，康熙皇帝预言道：“噶尔丹无所逃矣，或降或擒或自尽，否必为我所擒。”而此时朝中还有许多要事亟待处理，于是康熙皇帝于四月七日登舟回銮。不出所料，四面楚歌的噶尔丹“惊闻清军到来，寝食俱废，反复思维，无计能逃”，终于在闰三月十三日于阿察阿穆塔台饮药自尽。随后，丹济拉等人携噶尔丹的骨灰和噶尔丹之女钟齐海，率三百户归降清朝，康熙皇帝得此喜讯立刻命费扬古选带精兵前往米丹济拉处，押护前来，其余的东路军和西路军则全部撤回，平定噶尔丹叛乱取得了最终的胜利。

在议政王大臣的奏请下，康熙皇帝行拜天礼，朝中众文武大臣行庆贺礼。康熙皇帝亲著《剿灭噶尔丹告祭天坛文》，概括了三征噶尔丹的经过，并简要总结了剿灭噶尔丹的经验。第一，他充分肯定了三征之必要性，虽然皇帝亲征，每每争议不断，导致康熙皇帝不得不独断行事。但事实证明，“塞外情形不可臆度，必身历其境乃有确见”。第二，三次亲征彼此无间断，没有给敌人留下喘息的机会。第三，军队和粮饷的调度必须密切配合，今后若有兴师之举，也当“永以为法”。第四，对蒙古的统治关键在于控驭有道。第五，在用人遣将方面，他认为将领应当伺机行事，不可操之过急，也不能行事缓慢。

康熙皇帝三次亲征朔漠，终于平定了准格尔部噶尔丹的分裂势力，扫除了西北地区的不安定因素，巩固了北方边防；同时又以亲善和睦的民族政策较为妥善地处理了蒙古各部盟同清政府之间的关系，实现了漠北蒙古的统一，加强了中央政府对厄鲁特蒙古和喀尔喀蒙古的统一管辖，稳定了当地的社会秩序。这使我国的北方边境重获宁谧，同时还为进一步团结蒙古，保卫国家的领土完整和人民的安全，筑成了一道抗击沙俄侵略的铜墙铁壁，具有反对外来侵略的重要意义。康熙三十六年（公元1697年），清政府将喀尔喀蒙古各部遣送回他们原来的牧场，又在乌苏里台和科布多等处设立将军和参赞大臣，加强对蒙古地区的管辖。