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康熙皇帝亲政后，就以三藩、河务和漕运为三件大事，书写在宫中的柱子上，日日不敢忘。其中，三藩问题又被他看做是治国安邦的头等大事。“三藩”是指顺治时期清政府派往驻守云南的平西王吴三桂、广东的平南王尚可喜和福建靖南王耿继茂（后其子耿精忠袭爵）。当年，他们奉命率兵南征，扫清南明政权和农民军，为清政府统一中原作出了贡献。但与此同时，三人的权势也日益膨胀，到康熙初年，已经发展为强大的地方割据势力，严重危害到国家的统一。

三藩势力之所以恶性膨胀跟清朝初年的政局息息相关。当时的清朝统治者为了统一中原，急于招降汉族将领。耿继茂之父耿仲明和孔有德、尚可喜原本是明朝总兵毛文龙的部下，崇祯初年，袁崇焕于皮岛杀毛文龙，耿、孔二人则投入登莱巡抚孙元化部下。公元1631年，明将祖大寿在大凌河被清军围困，孔有德率部北上支援，在直隶吴桥，部队因缺乏兵饷发生兵变，孔有德被推为叛军头目，转而率师南下。耿仲明率部前去招抚，不料反而加入了叛军行列。在明军的镇压下，耿、孔于崇祯五年（公元1632年）率部投奔清太宗皇太极。第二年，广鹿岛副将尚可喜因受人排挤，愤而降清。

明朝三员大将主动降清，带去了很多人马兵器，导致清军很快占据了武器上的优势，再加上孔有德、耿仲明和尚可喜骁勇善战，屡次立下卓越战功，皇太极十分高兴，出城十里相迎，并隆重接待了他们。清崇德元年（公元1636年），皇太极分别将孔、耿、尚三人封为恭顺王、怀顺王和智顺王。崇德七年（公元1642年），皇太极将汉军四旗改为八旗，孔、耿、尚分别隶属于正红旗、正黄旗和镶蓝旗。他们也不孚重望，在清军对明军的作战中冲锋陷阵，杀敌无数。

吴三桂是一位广为后人所知的人物，他在明清更迭的时代起到了推波助澜的作用，其事迹也通过《圆圆曲》广为流传。吴三桂出生在一个军官世家，原籍浙江高邮，后入辽宁籍，其父吴襄曾在崇祯初年任锦州总兵。吴三桂本人是武举出身，曾跟随其舅祖大寿征战，积累了战场经验，在官场上步步高升。崇祯五年（公元1632年），二十岁的吴三桂就被升任为游击，七年后，被任命为宁远团练总兵。崇祯十七年（公元1644年），李自成威胁明朝政权，明政府为了笼络吴三桂，加封其为平西伯，并率兵护卫京师。可没等吴三桂到达，明朝就灭亡了。得知此消息后，吴三桂于山海关按兵不动，静待事态发展。此时，入军北京的李自成为了保障东部边境的安全，命唐通率兵携银前往招降吴三桂。吴三桂见明朝大势已去，接受了李自成的招降，拔营西进。可行至途中，得知刘宗敏拷打其父吴襄，同时霸占了爱妾陈圆圆，吴三桂恼羞成怒：“大丈夫不能保一女子，何面见人耶！”于是立即挥师东进，打败了唐通，重占山海关，立起为君父报仇的旗帜，下令部队为崇祯皇帝治丧，煽动人心反对李自成政权；同时，他又派人请清军入关，协同其共击李自成。在吴三桂的配合下，清军在山海关外大败李自成，然后长驱直入占领北京，多尔衮将吴三桂封为平西王。至此，清廷已经加封了四位汉人藩王。

清军入关后，在中原地区依然面临同汉人交战的情况，因此汉人藩王的作用很大。顺治元年（公元1644年），清廷命孔有德、耿仲明和吴三桂、尚可喜分别随豫亲王多铎和英亲王阿济格率师分南北两路南下，一路军攻扬州，取南京，消灭南明福王政权；另一路则进兵湖广，继续追击李自成，得知李自成死于九宫山后，随即班师。此后，清廷开始赋予汉人藩王专征之权。顺治三年（公元1646年），清政府封孔有德为平南大将军，率耿仲明、尚可喜征讨湖广。当时广东成立了南明桂王政权，以永历为年号，其湖广总督何腾蛟驻守湘阴，与农民军和左良玉旧部合称“十三镇”，在当地具有比较强大的势力。经过一年多的征讨，湖南诸县基本平定，清军又以湖南为中心取桂、黔等地。然而孔有德奉命班师后，南明政权又占领了湖南诸军衔，清政府复以郑亲王济尔哈朗为定远大将军，率兵前往征讨，但只收复了长沙、宝庆、衡州等地，清廷只能再派藩王专征。

顺治六年（公元1649年），清政府改封孔有德为定南王，命其率两万兵征广西；改封耿仲明为靖南王，尚可喜为平南王，分别率一万兵征广东。后来耿仲明因隐匿逃人畏罪自杀，其子耿继茂袭爵。最初南征之师行进得比较顺利，孔有德于当年年末进据桂林，尚可喜则于次年冬攻克了广州，桂王政权败走梧州，但其力量又在张献忠余部李定国和白文选等人的支持下逐渐强大，进据了四川北部。顺治八年（公元1651年），清政府命当时驻守汉中的吴三桂率部入四川，在吴军强大的攻势下，李定国等又转战广西，于顺治九年七月攻克了桂林，孔有德阵亡，其子亦被杀害，其婿广西将军孙延龄和其女孔四贞负责统领其部下，从此孔有德一爵被削，四藩剩下三藩。顺治十年，顺治皇帝剿抚并用，消灭了南明桂王政权，以洪承畴经略湖广、广东、广西、云南、贵州五省。

顺治十四年年底，清军分三路进军贵州。次年年初，贵州攻克，顺治皇帝下令乘胜进军云南，南明永历皇帝败走永昌府，后又入缅甸避难，两广和云贵地区基本平定。顺治十五年三月，顺治皇帝采纳了洪承畴的建议，命平西王吴三桂镇守云南，平南王尚可喜镇守广东，靖南王耿继茂镇守四川（顺治十六年改为福建）。顺治十八年年底，吴三桂率兵进入缅甸，强行引渡永历皇帝及其随从官员，并派总兵前往追击并招降巩昌王白文选，没过多久晋王李定国死，云南彻底平定。

虽然“三藩”分镇对巩固边疆曾经产生一定的效果，但随之而来的是三位藩王拥兵自重，在地方的权势日益扩张。仅云南一省，每年耗饷数百万，最高时甚至达到九百多万，因此当时有种说法：“天下财富，半耗于三藩”。更令清政府如芒在背的是，三藩专制于地方，严重威胁到中央集权。吴三桂居于云南，云贵二省一切军民事务“听王节制”，他还经常委派其亲信到其他各省任职，以这种“西选”的方式大大扩展了自己的势力。不仅如此，吴三桂还占据了云南沐式的全部田产，并以放牧为借口，强圈百姓土地，“散财结士，人人得其死力。专制滇中十余年，日练士马，利器械。水陆冲要，遍置私人，各省提镇，多其心腹。子为额附，朝政纤悉，旦夕飞报。诡称蒙古侵夺丽江、中甸地，及调兵往，又称寇遁，挟边防以自重”，其嚣张跋扈之态可见一斑。耿继茂、尚可喜也垄断着地方大权，成为清政府一大心患，他们把持地方财源，大肆建造华府楼台，不择手段地欺压百姓，广征严苛的税负和徭役，他们还大肆进行走私活动，来往的商旅也受到“三藩”的压榨。“三藩”势力越来越强，已成尾大不掉之势，严重危害到国家的安定，严峻的形势成为了年轻的康熙皇帝面临的一大挑战。

在正式撤藩之前，清政府已经有步骤地削减了“三藩”权力，以限制其势力的膨胀。首先是收缴吴三桂平西大将军印。吴三桂驻守云南多年，一直拒不上缴大将军印。康熙二年（公元1663年），清政府派内大臣谓吴三桂之子额驸吴应熊：“过去永历皇帝在缅甸，边疆多事，清廷授予乃父大将军印。如今天下安定，为什么还据而不还呢？”言语中颇有责备之意，吴应熊听出了弦外之音，立即将朝廷的意思传达给吴三桂。迫不得已，吴三桂只好上缴了大将军印，但心中依然相当不满。

接着，清政府又着手裁汰冗员，节省军费开支。康熙四年（公元1665年），云南绿旗兵裁军五千人。两年后，清廷接受了左都御史王熙的奏请，又令吴三桂和其他地方督抚酌情裁兵，节省军费百余万。

此后，清政府又解除了吴三桂总管云贵二省事务的职责。康熙六年（公元1667年），吴三桂请辞云贵两省事务，朝廷立刻予以批准。从此，云贵大小官员全部由吏部提授，这样就同时解除了吴三桂总理云贵事务和“西选”的两大特权。后派隶属汉军正蓝旗的甘文焜出任云贵总督，驻贵阳。到任后，甘文焜精炼所属官兵，勘察地形，为牵制并逐步取代吴三桂作准备。

康熙七年（公元1668年）一月，清政府将额驸吴应熊晋升为太子太保，同时将耿继茂次子耿昭忠、三子耿聚忠和尚可喜长子尚之信提拔为太子少师，表示对其恩宠有加，实际上是将三人作为人质，用来牵制“三藩”。

彻底剪除鳌拜集团后，康熙皇帝加紧了对撤藩的部署，从军事、财政各方面作好准备。康熙十年（公元1671年），南明遗臣查如龙于云南窜动吴三桂反清，并向吴三桂上血书煽动其起兵自立为王。事情败露后，查如龙被押解入京处死，而朝廷更是加深了对吴三桂的怀疑，三藩必撤无疑，只待有利时机。而三位藩王为了保存自己，也作好了各自的戒备，并且有意识地作出种种交权的姿态。

平南王尚可喜此时已经经历了数十年的戎马生涯，希望尽快告老归田，安逸地度过晚年，同时为其子女请得良田美宅。因此早在顺治十年（公元1653年）至十二年（公元1655年），他就曾两次向朝廷提出解兵还京，但由于当时广东局势尚未安定，顺治皇帝对其婉言劝留。

康熙十二年（公元1673年），年近七十的尚可喜再次请求，带其家眷归老辽东，并请清廷赐其子尚之信袭爵，继续带官兵镇守广东。接到尚可喜的奏疏，康熙皇帝意识到这是一个撤藩的良机，便顺水推舟，于三月十二日下旨，赞尚可喜镇守边疆多年，如今恳请归老，“能识大体，朕心深为嘉悦”，同时提出是否撤离全藩的问题。议政王大臣体会到康熙皇帝的意图，提出同意尚可喜奏请，但否决了由尚之信袭爵继续镇守广东的请求。兵部随即复议尚可喜所属的绿旗官兵留在广州，由广东提督管辖。批准尚可喜撤藩的诏书于五月初三日送至广州，尚可喜则陆续向朝廷报告起程日期。

尚藩被撤，对吴三桂和耿精忠震动很大。吴三桂立即召集幕僚商议对策，其谋士刘玄初反对上疏请求撤藩，劝阻道：“皇帝早就想将您调离云南，却一直难以开口，此次若上疏请求撤藩必定将正中其下怀。”而吴三桂却扬言道：“皇帝决计不敢将我调走，我此次上疏只是为消除他的疑虑罢了。”于是，吴三桂于七月三日差人携撤藩申请赴京，试探朝廷的态度，以表忠心；七月九日，耿精忠也上了一道同样的奏疏。

接二连三地收到请求撤藩的奏疏，康熙皇帝决定将计就计，立即批准了他们的请求，并称赞吴、耿二王“镇守边疆，劳苦功高，请撤安插，恭谨可喜”，随即令议政王大臣会议撤藩的详细事宜。议政王大臣对耿精忠持一致意见，认为可以撤藩；但在是否迁移吴三桂的问题上却产生了分歧。大臣中只有兵部尚书明珠、刑部尚书莫洛和户部尚书米思翰等赞成将吴三桂及其官兵家口全部迁移，酌情安插于山海关一带。而大学士索额图、图海等人则认为：“吴三桂镇守云南以来，地方始终安宁。若命其迁移，就必须另派满族官兵前往镇守。吴三桂及其部众家口的迁移，加上新派往的兵丁，必定使沿途地方受累。况且云南本来就是一个民族成分复杂的地方，派往镇守的满洲官兵，若数量不足则不能弹压局势，多了则会给当地带来负担。相比之下，不如让吴三桂继续镇守云南。”双方意见相持不下，索额图等反对撤藩，主要也是考虑到吴三桂可能造反。康熙皇帝经过再三斟酌，对于吴三桂造反一事，他认为：“吴三桂蓄谋已久，如果不尽早将其铲除，朝廷必定养虎为患。如果撤藩也是反，不撤也是反，不如先发制人。”于是，他毅然决定一并撤藩，但明知吴三桂要反，却没有作出周密的防备，未免有些操之过急。显然，这时的康熙皇帝依然年轻，尚未有丰富的阅历。

康熙十二年（公元1673年），康熙皇帝派礼部右侍郎哲尔肯和翰林院学士傅达礼前往云南，派户部尚书梁清标前往广东，吏部右侍郎陈一炳前往福建，会同当地的督抚、提督一同办理撤兵事宜。云南之行险远，哲尔肯和傅达礼起程时，康熙皇帝特赐予每人一把御用佩刀、两匹骏马，以示关怀。

同年九月，哲尔肯和傅达礼等奉撤藩诏书来到昆明，吴三桂继续镇守云南的希望破灭，于是他下决心铤而走险。同年年底，吴三桂以会议之名，集合属下官兵，杀害了云南巡抚朱国治，扣留了钦差大臣哲尔肯和傅达礼，自称“天下督招讨兵马大元帅”，改易旗帜，蓄发易衣冠，以反清复明为名，发布了《讨清檄文》，正式打起叛旗。与此同时，吴三桂还致信尚可喜、耿精忠、台湾郑经等，煽动他们一同起兵反叛。康熙十三年（公元1674年）二月，孔有德之婿、广西将军孙延龄举兵响应，接着耿精忠在福建拥兵叛清，吴三桂在各省的部属也纷纷揭起叛旗。两年后，尚之信于广东倡乱。就这样，战火很快遍布云、贵、湖、川、桂、闽、粤等省，一场空前严峻的考验摆在康熙皇帝的面前。

在康熙皇帝派出办理撤藩事宜的钦差大臣之后，几个月过去了，还没有来自云南的确切消息，朝野上下都焦急地等待着。康熙十二年（公元1673年）十二月，党务礼和萨穆哈马不停蹄地赶回兵部，这两位是从贵州死里逃生、日夜兼程策马归来的，一路的劳累以至于二人刚一回来就累得昏迷过去，值班的堂吏用冷水把他们灌醒，党务礼一睁开眼睛就喊道：“吴三桂反了！”顿时，朝野震动起来。

康熙皇帝最担心的事情还是发生了，他当即召开议政王大臣会议。虽然众人对吴三桂造反有一定的心理准备，但是撤藩毕竟是这件事的导火索，因此众臣又发生了争执。原先反对撤藩的朝臣将吴三桂反叛归咎于力主撤藩的人，大学士索额图主张将主撤者“正以国法”。而敢作敢为的康熙皇帝则表示：“撤藩是朕的主意，其他人何罪之有？朕从年少时就知道三藩气焰日渐嚣张，不可不撤，怎能将吴三桂反叛归咎于他人呢？”康熙皇帝始终态度鲜明地保护朝内的主撤者，大臣们无不感激涕零。在他的坚持下，朝廷上下齐心协力、同仇敌忾，下决心痛击叛军。

经过讨论，康熙皇帝制定了平叛部署。此时叛军已经攻入湖南，当地人心惶惶。康熙皇帝首先派出前锋统领硕岱率领精锐骑兵日夜兼程赶往常德驻扎防守，以定民心，同时阻止叛军继续北上。十二月二十四日，康熙皇帝将多罗顺承郡王勒尔锦任命为宁南靖寇大将军，率诸将和一万一千三百余八旗劲旅驻扎荆州。荆州位于天下之中，向来都是兵家必争之地，康熙皇帝派重兵据守，凭江设防，叛军则北上无路，进而起到稳定战局的效果。

而四川地区临近云南，情况相当紧急，康熙皇帝遂派西安将军瓦尔喀选拔良将，带骑兵星夜兼程赴蜀，镇守滇川所有要道。广西与贵州接壤，军情紧要，任命孔有德之婿孙延龄为抚蛮将军，统率军队镇守广西，阻挡吴三桂向广西方向的攻势。同时，令甘肃提督张勇和陕西总督哈占等稳定西北大后方，捍卫好边境地区。

不料康熙十三年（公元1674年）春，耿精忠和孙延龄相继倒戈，前线形势恶化。康熙皇帝果断增加兵力，先后增派六路大军。第一路由宁南靖寇大将军勒尔锦率领，从湖南澧州向云南进发；第二路由镇南将军尼雅翰率领，以水陆两路从武汉进攻岳州、长沙，然后直取广西；第三路由西安将军瓦尔喀及安西将军赫业率领，从汉中攻入四川；第四路由平南将军赖塔率领，由浙江直驱福建；定南将军希尔根率领第五路大军由江西进攻福建；最后一路由平寇将军根特巴图鲁等率领，赴广东与平南王尚可喜会合。

在调兵遣将的同时，康熙皇帝又采取政治攻势，瓦解吴三桂的力量。首先，停撤靖南王、平南王两藩，下令将派往广东、福建办理撤藩事宜的梁清标、陈一炳召回，并向尚可喜、耿精忠发出一道亲笔手谕，加以安抚；其次，安抚在各地任职的吴三桂原属下官员，表示不对他们株连治罪；再次，康熙皇帝将打击的矛头直指吴三桂，先是软禁吴三桂之子吴应熊，防止其泄露军情，然后发布诏文，削去吴三桂爵位，诏书中历数了吴三桂多年以来有负于清廷恩泽，背信弃义、倒行逆施的所作所为；最后指出，“其有能擒斩吴三桂头险峻前者，即以其爵爵之；有能诛缚其下渠魁及兵马城池、归命自效者，论功从优叙录……从逆从顺，吉凶判然，各异审度，勿贻后悔。”诏书将吴三桂几十年来在功劳簿上的记录一笔勾销，相当于将其判处死刑，并明确提出取吴三桂首级，体现了康熙皇帝果断决绝的性格。

三月，兵部尚书王熙奏请诛吴应熊等人，受到议政王大臣的一致支持。吴应熊是吴三桂的长子，也是康熙皇帝的亲姑父，多年以来还算是一名较为称职的大臣。虽然从人伦关系上来说，康熙皇帝不忍将其处死，但为了大清江山和国家利益，经过一番激烈的思想斗争，他决定批准王熙的奏请，大义灭亲。四月十三日，康熙皇帝下令将吴应熊同其子吴世霖处以绞刑，毁掉吴家在关外的祖坟，表示同叛军势不两立。

同年年底，陕西提督王辅臣叛变，将经略陕西军务的刑部尚书莫洛杀死。王辅臣的变节，令康熙皇帝大为惊异。此人早年参加农民起义，骁勇善战，后在清军围攻大同时降清，隶汉军正白旗，后又随洪承畴转战南北，勇冠三军，受到顺治皇帝的赏识。云贵平定后，王辅臣随吴三桂留守云南。因其智勇双全，康熙皇帝特将其从吴三桂麾下调出，任命为陕西提督。多年以来，王辅臣一直受到朝廷的特别关怀。上任陕西提督前，康熙皇帝特将一只先帝留下的蟠龙豹尾枪赐予他：“你携此枪前往平凉，见到此枪就等于见到朕，朕想到这把枪就如同想到你。”王辅臣感激涕零，久久伏于地，表示尽肱股之能以报圣恩。吴三桂揭起叛旗之初，就曾派人持信函前往平凉煽动王辅臣反清，当时王辅臣立即命其子王继贞押信使赴京，康熙皇帝见之大喜，立即任命王继贞为大理寺少卿。不料时隔几个月，王辅臣居然随吴三桂反叛。

西北大后方失势，局势更加险恶，一时间清军多面受敌。经过冷静的分析，康熙皇帝重新调整了战略部署，以湖广地区为主战场；派安亲王岳乐和康亲王杰书等奋战于闽、浙、赣东战场；川、甘、陕为西战场，分别派出良将劲旅进剿叛军。

山东兖州靠近江南、江西、湖广三省，山西太原比邻山西、四川，战略位置相当重要。因此康熙皇帝派副都统马哈达和扩尔坤分别镇守兖州和太原，建立交通结转基地，打通北京至安庆和北京至西安的两条陆上交通线，保证军需物资和支援军队顺利运往前线。同时，为了保证军情迅速、准确地传递，康熙皇帝命各交通要道除原本的驿站外，每四百里增设一名笔帖式、一名拨仕库，大大提高了通讯效率，有利于及时了解军情，掌握战争主动权。经过部署，甘肃的情报传往到北京只需要九天，荆州和西安的军情只需五天，浙江四天即可。

同时，王辅臣的变节严重影响到京城的安危，而清政府同王辅臣之间关系深厚，王辅臣对于清廷历来还是忠心的，因此康熙皇帝决定先对其实行招抚政策，力图谋求和平解决王辅臣问题，遂下令召见王继贞。王继贞一进内廷，康熙皇帝就开门见山地问道：“你可知道你父亲反了。”王继贞猝不及防，连忙回答道：“我一点都不知道。”康熙皇帝随即将宁羌猝变的奏折递给王继贞，王继贞读着读着脸色吓得一阵青一阵白，哆哆嗦嗦地将王辅臣与莫洛之间的猜嫌一并告诉皇上。康熙皇帝听了，抚慰道：“别怕，朝廷知道你父亲一向忠心，不会做出谋反变节之事，大概是因为莫洛不善调解，才导致叛军引起宁羌之变。朕今天将你召来，是让你速速将朕的命令带回去，赦你父亲无罪。莫洛之死，罪在众人。而你父亲必须竭尽全力约束部下军队，破贼立功，朝廷将赦免他的一切罪行。”于是，王继贞带着康熙皇帝的口谕连夜赶回平凉。

十二月，康熙皇帝又发去一道长篇诏谕，他深知此时追究莫洛之死已经没有任何政治意义，当务之急是令王辅臣回心转意，保证西北地区叛乱的战火不致燃起。因此在诏书中，康熙皇帝回顾了自己同王辅臣的交往，申明“咎在朕躬，于尔何罪？朕之于尔，谊则君臣，情同父子，任寄心膂，恩重河山。以朕之惓惓于尔，知尔之必不负朕也”。整篇诏谕，没有一句谴责的语言，处处体现出康熙皇帝对王辅臣的体谅和宽容，力图以真情将其打动。

接到皇帝的诏谕，王辅臣内心很不平静，想起了朝廷多年以来对自己恩重如山，于是他按兵平凉，既不南下同吴军会合，也不与四川叛兵联手。康熙十五年（公元1676年）二月，抚远大将军图海上任，率领部队数千人围困平凉。按照康熙皇帝的招抚政策，部队对平凉围而不攻、困而不战，以攻心为主，极力诱降王辅臣。面对粮食封锁、人心惶惶的状况，王辅臣终于表示投降。康熙皇帝也信守承诺，对王辅臣官复原职，加封太子太保，任靖寇将军，同时赦免其全部部下。平凉光复后，陕甘地区的叛军纷纷撤退，靖逆将军张勇和宁夏总兵王进宝率兵追剿，收复大量失地。清军解除了西北地区的战情，增加了湖广主战场的作战力量，康熙皇帝从招抚王辅臣一事中总结出“剿抚并用，事半功倍”的经验，此后，这一策略被广为运用。

成功招抚王辅臣后，康熙皇帝将“剿抚并用”的重点放在福建。耿精忠叛乱之初，康熙皇帝就派出工部郎中周襄绪赴福建传谕耿精忠，代表朝廷表示如果其愿意投诚，将赦免其全部罪行，视之如初。后来康熙皇帝虽派康亲王杰书率部前往闽浙前线，加强军事攻势，但始终没有停止对其招抚。康熙皇帝一直将耿精忠同吴三桂区别对待，认为他是一时无知才从了吴三桂的奸计，再加上自耿精忠祖父开始，三代人都是忠心耿耿之辈，因此将吴三桂在京子孙处死时，对耿精忠在京亲眷依然宽容以待。

康熙十五年（公元1676年）六月，郑经占据漳州等七府，包括属于耿精忠的大量福建地区，耿精忠同郑氏矛盾尖锐，再加上耿军军饷匮乏，因此耿精忠被迫撤走了在建昌府新城等处的守军。清军则趁机攻克仙霞岭，占领浦城县，建宁、延平等地也指日可取，闽地大局已定。为尽快解决福建问题，为平定福建作好铺垫，康熙皇帝令康亲王杰书前往招抚耿精忠。九月，在康亲王杰书部队收复建宁、延平等地后，耿精忠感到已经无力应战，便派其子耿显祚将康亲王杰书的军队引入福州。十月，耿精忠又亲率文武官员出城迎接。康熙皇帝准留耿精忠靖南王爵位，并命其率大军征剿吴逆，将功赎罪。随后，清军又接连击败进犯泉州的郑氏军队，各地叛军陆续投诚，闽、浙相继平定。

福建形势的变化直接影响着广东地区。吴三桂竖起叛旗后，镇守广东的平南王尚可喜一直忠于清廷。康熙皇帝增加尚可喜的职权，令其节制督抚提镇，任命当地文武官员，并将其晋封为平南亲王。但到了康熙十五年（公元1676年）年初，广东形势发生了变化。尚可喜年迈体弱，卧病不起，其子尚之信代其总理事务。在潮州对抗郑军的平南大将军尚之孝前线失利，退居惠州，没过多久，高州总兵祖泽清、水师副将赵天元和总兵孙楷宗先后叛降吴三桂。在此局势下，同年二月，尚之信倡兵作乱，杀害其父身边谋士金光，夺取其弟尚之孝兵权，接受吴三桂招讨大将军伪任。随后，两广总督金光祖和巡抚佟养钜又先后叛清。对于广东问题，康熙皇帝有一定的心理准备，在他看来，尚之信反叛不足为惧，吴三桂不会对尚之信完全信任，而且尚之信集团内部也存在种种矛盾，实力有限。因此，只要福建问题顺利解决，招降尚之信也指日可待。于是，他令安亲王岳乐进攻长沙，牵制吴三桂主力，派简亲王喇布攻取吉安，为岳乐打通后路，同时以此进剿广东；与此同时，他又对耿精忠进行招抚工作。十月，尚可喜病逝，广东地方官员合力抵制尚之信的反叛行为，同清政府站在一边。面对这种形势，尚之信不得不派人持密信前往简亲王喇布处请降。喇布将此事上奏后，康熙皇帝下令赦免其罪，令其戴罪立功。同时，以莽依图为镇南将军，率军出赣州入广东受降。康熙十六年（公元1677年）五月，尚之信率文武官员等剃发受降。康熙皇帝下诏封尚之信为平南亲王，其下属悉恢复旧职。随后，康亲王杰书派将军喇哈达和都统赖塔驻兵广东潮州，原潮州总兵刘金忠、高雷总兵祖泽清也先后投诚，广东平定。康熙皇帝下令将押解至京师的伪官品者全部释放，他对大学士说：“叛乱一事罪在吴三桂，其他人如果能真心悔改投诚，应当全部宽免。”

与此同时，康熙皇帝对广西孙延龄进行招抚。康熙十五年（公元1676年）九月，康熙皇帝给原广西提督马雄之子马承先和马承霄以游击头衔，前往广西招抚其父马雄。康熙十六年（公元1677年）年初，康熙皇帝得知孙延龄之妻、孔有德之女孔四贞时常怀念孝庄太皇太后养育之恩，有率部降清之意，便派理事官麻勒吉赴简亲王喇布军中，负责招抚广西事宜。广西局势较为复杂，孙延龄同孔四贞、马雄不和，与吴三桂之间也存在矛盾，多方都彼此戒备，且无左右全局之力。康熙十六年年末，吴军在湖南局势吃紧，吴三桂为巩固后方，派其孙吴世宗等人进军桂林，诱杀孙延龄。得知孙延龄被杀、马雄病死，康熙皇帝下诏招抚二人部众，先后招抚了刘彦明、徐洪镇、马承荫等人，对广西平定起到一定的推动作用。康熙十六年六月，康熙皇帝命各省大将军、督、抚、提督等，在湘、蜀、滇、黔等省部署剿抚并用的策略。

康熙十五年至十六年间，康熙皇帝的“剿抚并用”政策取得了重大胜利。他亲自指挥平叛战争，及时掌握前线情况，不断从成功和失败的实践中总结经验，对不同情况区别对待，陕、闽、粤相继平定，清军在前线的局势也从相持转入反攻。

随着陕西、福建、广东、浙江等省依次平定，叛军的势力被围于云、贵、川、湘、桂五省，清军开始集中兵力从湖南的岳州、长沙，粤湘边界和陕西发动对吴军的攻击。

康熙皇帝一直将湖南作为主战场，在处理陕西王辅臣事件时，他就开始思考湖南问题。吴三桂长期占据岳州、澧州等地，其主要的粮饷来源是长沙和衡州，若要剿灭吴逆，必先攻取长沙，切断其饷道。因此，康熙十四年（公元1675年）正月，康熙皇帝命大将军岳乐在整理好江西事务后进兵湖南。不出康熙皇帝所料，在王辅臣变节时，吴三桂就想趁机进犯荆州、襄阳，他在长沙、醴陵和萍乡留下七万大军挡住岳乐自江西而来的军队；又在岳州、澧州等地的水路安放七万军队，以拒江北之师；然后又命杨来嘉、洪福等人攻谷城、郧城等处，以进取襄阳，通西北之师；而吴三桂本人则亲赴荆州上游的松滋，居中调度。针对吴三桂的部署，康熙皇帝则四处调兵，针锋以对，下令坚守荆州、襄阳，命简亲王喇布率部进驻江西，以督岳乐之军进入湖南。至此，康熙皇帝已经将六名大将军中的三位调入湖南战场。吴三桂则火速调集十余万兵力全力镇守长沙。康熙皇帝料到吴三桂会以其主要力量拒守长沙，而岳州、澧州等处将会相对空虚，于是令荆、岳大将军和在当地的诸王贝勒等乘机进剿。然而这些王、贝勒拥兵自重，行动迟缓，贻误了战机，影响了收复湖南计划的尽快完成。因此，康熙皇帝破格任命署前锋统领穆占为征南大将军，其统率士兵的数量与安亲王岳乐相近。对于穆占的部队，康熙皇帝命其作为一只机动部队，专门克服地方计划。穆占不负圣望，连克郴州、桂阳，接着招降了桂东、兰山、兴宁、嘉禾、宜章、临武、永兴等城，彻底粉碎了吴军向广东进犯的计划。接下来，清军开始着手准备在湖南战场的主力决战。

吴三桂丧失了陕西、福建和广东三大后援，又失去了江西，常年征兵，财力耗竭，四川和湖南的赋税又不足以供给军饷，军内怨言纷纷。形式日绌，吴三桂恐引起各方轻视，试图通过称帝提高自己的威望，同时凝聚反清势力，他的属下也正想怂恿他称帝。康熙十七年（公元1678年）三月，吴三桂于衡州宣告登皇帝位，建国号为周，建元昭武，将衡州改名为定天府，册封妻子张氏为皇后，吴世璠为太孙，同时大封诸将，希望借此鼓舞士气。八月十七日，称帝仅五个月的吴三桂病死，吴世璠继立，吴军已经军心涣散，康熙皇帝抓住这一大好时机，命令大将军贝勒察尼从水陆两路速度攻取岳州。

岳州地处长江南岸的洞庭湖畔，是长江中下游一水陆要冲，极具战略地位。一旦控制了岳州，就能够获取湖南战场的主动权，同时切断东西南北四个方向的交通，岳州一向是吴三桂立足于湖南的支撑点，有大将吴应期长期把守，构筑城内外防御工事。同时，吴三桂还派重兵把守岳州附近的澧州、华容、松滋等地，同岳州互成掎角之势，彼此声援。因此，岳州对于清军来说是收复湖南的关键一环，可以说，岳州一战，关乎整个战争的胜败。

把守岳州的吴应期是吴三桂麾下的一员猛将，他骁勇善战，但为人狂妄自大，对部下将士盛气凌人。水师将领林兴珠不堪吴应期的淫威，向清军投诚，康熙皇帝将其册封为侯爵，并授以建义将军衔。林兴珠建议水陆并举攻取岳州，以一半船只停靠在洞庭湖君山岛附近，切断岳州与常德之间的通道；另一半船只停靠与香炉峡、扁山和布袋口等处，在九宫山道路上扎营，以扼制住岳州的陆上交通要道。在此布控下，清军再围攻岳州的吴军就形如瓮中捉鳖，不战自胜。康熙皇帝欣然采纳了这一建议，为了加强军队的作战能力，他命荆州水师营张忠标、大将军岳乐和江西总督董卫国率军赴岳州充实兵力，同时调配一千子母炮增加火力。

康熙十七年五月十八日，按照康熙皇帝的指示，安远靖寇大将军尚善和湖广总督蔡毓荣率水师开赴洞庭湖，击溃了吴军的水师。康熙皇帝下令增调一百艘鸟船、四百余艘沙船、三万军队，实力大大超过叛军。同年九月，清军分水陆两路围困岳州，切断城内粮饷要道。岳州城内的吴军内缺粮草，外无援军，数次突围不成，军心日渐动摇。

在加紧军事围攻的同时，清军以招抚手段分化瓦解岳州城内的吴军。八月，降清后被授予侯爵的林兴珠以侯爵的身份发布告示，鼓励吴军投诚；清军也向吴军宣布了清政府的招抚政策，引来吴军将领率部下纷纷投诚，其中包括吴军总兵陈华、李超，水师将官陈碧等。剿抚并用的政策大大减轻了清军面临的对抗力量。守城的吴应期见吴军纷纷投诚，感到大势已去，于是在康熙十八年（公元1679年）正月十八日率残军弃城逃跑。十九日，蔡毓荣、桑格等率领清政府大军浩浩荡荡进入岳州城，被吴逆占领长达五年之久的岳州终于光复。

前线捷报传来，康熙皇帝喜悦之情溢于言表。与吴三桂叛军的战斗终于在此时取得了一个辉煌的胜利。康熙皇帝一直非常重视湖南战场，他曾说其他战场的胜利“朕不以为喜”，“吴三桂乃贼渠，唯破岳州、澧州方可喜耳”。如今岳州的光复让他感到最后的胜利指日可待，距离直捣叛军巢穴的日子已经不远。欣喜之余，康熙皇帝挥毫作长诗《收复岳州城》，在诗序中他这样写道：“今赖皇天之眷佑，祖宗之威福，群臣尽力，将士用命，前后恢复闽海、两粤，以致湖南岳阳诸处，擒斩巨魁殆尽，望风归正不可胜数，所余小丑势如破竹，解吾民之倒悬，行有日矣。”

紧接着，康熙皇帝下令对有悔过投诚之意者赦免其罪，论功录用，湖南战场形势大好。窃据长沙的吴军闻风遁走，岳乐随即率部入城，接着乘胜南下追击，收复湘潭等地；湖广提督桑峨、固山贝子彰泰率部进兵华容、石首；察尼率兵赴湘阴；勒尔锦率兵渡江收复了澧州、常德等地；简亲王喇布则派希佛偷袭衡州，进而攻取耒阳，湖南各地的伪官、伪将纷纷率众降清，湖南全境克复。

湖南平定后，清军将接着攻取四川。宁夏提督赵良栋上疏要求进军四川，并建议先取汉中、兴安，再进取四川。康熙皇帝采纳了他的建议，并决定以绿旗兵为主，令将军张勇、王进宝和提督赵良栋、孙思克率属下绿旗兵平定汉中、兴安两地，再谋平定四川。王进宝率领的军队先是收复了甘陕交界处的凤县和两当县，接着进兵武关和鸡头关，收复了汉中，占据川陕交界处的青石关，王屏藩被迫撤至保宁府。赵良栋率领的军队则攻下了入川要道阳平关。康熙皇帝欣闻此讯，立即令将军吴丹率大军为入川部队接应粮饷，同时令湖北巡抚张朝珍、湖广提督分别率标兵和武昌、汉阳之营兵共两千二百余人溯江而上，入四川配合赵、王二人的攻势。赵良栋和王进宝分两路进军四川。一路上败敌伏兵，率众迎向，先后收复了龙安府、成都、保宁府、顺庆府等地，仅用三个月时间，这支汉将率领的军队就收复了四川大部分地区。康熙皇帝为奖励其功勋，将赵良栋提拔为云贵总督，加兵部尚书。

接着，康熙皇帝为速定云贵，重新部署了军事力量，将入川的两路军合为一路，以吴丹为四川战场主帅，赵良栋为副帅。王进宝因病请罢，其麾下官兵由其子王勇予统领，随进剿云贵军队同行。后令彰泰率军速定贵阳，并分兵夺取遵义。又受赖塔以征南大将军，令其速取云南。

康熙二十年（公元1681年）年初，赖塔率广西满汉大军奔赴云南，接着贝子彰泰也率部进军昆明，两路大军在归化寺扎营，并于二月大败吴军一万余人后围攻昆明。同时，将军赵良栋也率川陕八旗军及绿营兵进攻贵州，清军于二月十九日抵达昆明，合围叛军老巢。云贵地区的少数民族百姓早就痛恨于吴三桂的暴政，对康熙皇帝对各民族的优待十分感激，因此大力支持清军的战斗，这对战局的发展起到积极的推动作用。半年后，居于昆明城的吴世璠在弹尽援绝之下服毒自杀，十月底，清军开入昆明城，伪将军线绒等率众出城投降。

至此，历时八年之久的平叛三藩战争终于宣告胜利结束。十一月十四日，捷报传到紫禁城，康熙皇帝按捺不住内心的激动和喜悦，提笔写下《滇平》诗一首，诗曰：

平定三藩叛乱后，康熙皇帝采取了区别对待、分期分批的撤藩策略。康熙十九年（公元1680年），清军光复四川、湖广和广西三省后，康熙皇帝已经开始暗中着手处理尚、耿二藩。尚之信归顺朝廷后，康熙皇帝希望他能够出兵湖南，协助清军剿灭叛军，但是他始终持兵观望，不肯出力。平南王部下张永祥、张士选，广西巡抚傅弘烈先后告发尚之信降清后依然心怀异端、滥杀无辜、横征暴敛，建议对其削藩，并遣散其部署。但除了尚之信，尚可喜及其其他诸子一向忠于朝廷，因此康熙皇帝派刑部侍郎宜昌阿和郎中宋俄托等人以巡视海疆之名前往广州，会同平南将军赖塔处理此事。最终决定因尚之信不忠不孝，赐死，其他逆党按律正法；但对于忠于朝廷的尚可喜则不一同定罪，另外还从宽处理了尚之孝、尚之璋、尚之隆等人。

在尚藩建制问题上，康熙皇帝决定，将尚之信属下的十五佐领官兵编入正黄、镶黄和正白上三旗，依旧留驻广东，另派将军和副都统管辖该军。然后，又准许额驸尚之隆和内大臣尚之孝前往广州，将尚可喜骸骨及其家口迁往海州。接着，又将尚之孝和尚之隆属下壮丁分编为五佐领，隶属汉军镶黄旗。

在耿藩的处理上，康熙皇帝则更为谨慎。康熙十九年（公元1680年），康熙皇帝令康亲王杰书设法劝耿精忠主动要求进京。在杰书开导下，耿精忠上疏请见。康熙皇帝便借耿精忠进京之机削其兵权，以耿精忠属下都统马久玉为福建将军，统领福州靖南王藩下官兵。耿精忠进京后，康熙皇帝未急于将其废爵磔死，而是先将其家口编为五佐领，隶属汉军正黄旗，直到康熙二十一年（公元1682年）平叛战争夺取最后胜利之时，才降罪将耿精忠磔死。

对于吴三桂这位叛乱发动者，康熙皇帝对其恨之入骨，是他挑起了这场长达八年的战争，让百姓饱受战乱之苦。因此，虽然战争结束时，吴三桂已经死去多年，但康熙皇帝依然下令将其开棺戮尸、付之一炬，并将其骨灰分发各地，将其子孙斩尽杀绝，革除其平西王藩封。对于那些投降的原吴三桂部下，虽然有的已经被委以官职，但依然对他们根据情节轻重，处以死刑、流放或革职查问。

平叛、撤藩完成后，康熙皇帝收归了选任地方官吏的大权，统一军队编制，并且在福州、广州和荆州等地设置八旗驻防，分别派将军、副都统驻守，并将三藩的财产没收归公，充作军饷。

平定三藩叛乱的战争历时八年之久，这对当时只有二十来岁的康熙皇帝来说是一个相当严峻的考验，同时这也关乎着今后清政权统治的稳固和国家的长治久安。康熙皇帝以弱冠之龄，在如此被动的情况下，以其果断、沉着、胆识和韬略，最终扭转了战局，达到了撤藩的目的，为此后国家的经济、政治发展扫清了障碍，为康乾盛世的到来奠定了基石。