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地宫历来是帝王陵墓中最为重要和核心的部分，历代对于皇陵制度的文献记载虽然并不稀缺，但大都是关于地面建筑和相应的建置，对于地宫制度却几乎一律讳莫如深。就明代帝陵的地宫而言，明清两代官私文献有关这方面的记载大都是缘事而发，涉及地宫的多是只言片语，难以缀合成篇。迄今为止，对明代帝陵地宫最可靠、最完备的了解就是20世纪50年代发掘的明神宗定陵的地下宫殿。而明孝陵的宝顶、地宫由于迄今依然保持完好，没有被破坏或进行过发掘，所以无法详细得知地宫的结构、埋葬制度及陪葬情况。

自1997年起，南京的文物考古部门开始对明孝陵进行考古勘探和研究，并应用精密磁测技术、GPS定位系统等诸多高科技手段，根据物理磁场原理，通过探测地下介质（土、石、砂及人工物质）磁场的空间分布特征，对形成的空间磁力线分布图像的不同进行电脑分析，来判别地下掩埋物是否存在及其形制等。通过高科技手段的运用加上传统的勘探方法，明孝陵地宫的面貌在专家的努力下开始逐渐浮出水面。根据探测结果，朱元璋就葬在独龙阜下数十米处，而且这座地下宫殿保存完好，排除了被盗的传说。地宫建筑面积4　000多平方米，几乎是已经发掘的明万历皇帝定陵地宫面积的三倍。而在明楼东侧的宝城城墙之下，有一条宽5～6米、长度达120米的隧道直通宝顶中心，推测应该是地宫墓道，即地下宫殿的入口。

至于明孝陵地宫墓道偏于宝城一侧的做法，起因是什么，目前尚不知，但这种制度一直影响到明代后来的帝陵规制。如北京明十三陵中已发掘的定陵，其墓道入口便是偏向左侧，与孝陵墓道正好相反，但避免把墓道开在方城及宝城中轴线上却是共同遵循的法则。

关于地宫的具体建筑式样，现在我们还不能清楚地用科技手段观测到，但从明孝陵现存建筑及明初南京宫殿、坛庙等官式建筑遗存上大量使用石料作为建筑基座的现象以及已经发掘的定陵地宫全部用石材构筑的实例可以大胆推断出，孝陵的地宫应该也是石结构的大型殿宇式地下建筑。

根据定陵地宫由前后左右中五座殿宇组成、全部用条石砌筑、拱券式无梁柱的规制，以及唐宋以来帝陵地宫模仿生前居住环境的传统，明孝陵地宫的设计应该也遵循了“事死如事生”的建筑理念，内部空间应该设置为主次分明的几个殿堂。考虑到明孝陵大金门顶部用石材仿造木建筑结构的形制，地宫殿堂中应该也会仿照地面建筑凿刻出脊、枋、梁、檐、瓦、额枋等古建筑构件。陵寝的主人明太祖朱元璋及先他入葬的马皇后的灵柩应该就停放在地宫主要殿堂中，并置上祭祀用品，同时设一大缸，缸内盛香油，设灯捻，名曰“万年灯”。虽然朱元璋生前提倡节俭，并曾声称要俭葬，但从孝陵地表建筑的壮观不难看出这只是一种掩人耳目的说法，对于一位开国皇帝而言，地宫里随葬各种金银玉器、龙袍锦缎、仪仗用具及生活冥器应该是毋庸置疑的。