二、铵同化

固氮的末端产物和其他来源的铵可被细胞同化成氨基酸并形成蛋白质、细胞壁成分(如乙酰胞壁酸)，同化成嘌呤及嘧啶并形成核酸。这个过程称为铵同化或固定化。微生物同化铵有二种途径。第一种是一个可逆反应，氨掺入或从谷氨酸中移去。

这个反应受铵可利用性所推动，在高铵浓度下(＞0.1mmol/L或＞0.5mg mol/L/kg土壤)，在存在还原性等价物时(如NADPH₂)，铵被掺入到α-酮戊二酸并形成谷氨酸。然而，在大部分土壤和许多水环境中，铵以低浓度存在。因此微生物有第二条依赖于能量的铵吸收途径。这种反应被ATP和两种酶(谷氨酰胺合成酶和谷氨酸合成酶)所推动。这个反应的第一步把铵加到谷氨酸以形成谷氨酰胺。第二步把铵分子从谷氨酰胺转移到α-酮戊二酸形成二个谷氨酸分子。铵同化作用可在好氧和厌氧条件下进行，发生在细胞内。