清　代

顺治二年（1645年）六月清英亲王阿济格招抚了河西，自此肃州、嘉峪关地区归清统治。

康熙三年（1664年）嘉峪关营编制裁原设守备，设游击兼辖都司一员，千总一员，把总二员（雍正年间撤都司职务，纯任游击）。

康熙五年（1666年）甘肃总兵孙思克遍视南山诸险隘，与甘肃提督张勇共同修筑东起扁都口、西水关，西至嘉峪关的边墙。于是，厄鲁特蒙古入牧边者，皆徙去青海。

康熙三十九年（1700年）吐鲁番和哈密商贾六十余人，结伙循丝绸之路东行，经安西入嘉峪关，到中原地区进行商贸活动。

康熙五十四年（1715年）三月准噶尔厄鲁特首领策妄阿拉布坦（噶尔丹之侄）派兵二千攻哈密，肃州总兵路振声率兵往救，同时清廷另调西安满营兵三千、督标营兵二千及甘肃提督师懿德营兵火速出嘉峪关往救。是年，吏部尚书富宁安带兵出嘉峪关。

康熙五十六年（1717年）经嘉峪关往柳沟卫（今瓜州县境内）大量运送粮食，供“出嘉峪关外西征准噶尔”军用。

雍正十二年（1734年）总督刘於义与侍郎蒋泂议订《屯田条例》十条，《屯田条例》的制定，为嘉峪关内外屯田的发展提供了制度保证。是年，在关西古驿道旁建成“肃州嘉峪西关”牌坊一座，后曾于清光绪八年（1882年）重建。在修建西关牌坊的前后，还在关东二里多的地方建立东关牌坊一座，为石墩木架结构，高宽各五米多，横架油漆彩画，坊脊上悬有“嘉峪东关”匾额。约于1938年被拆除。

乾隆元年（1736年）添设嘉峪关营，恢复游击。

乾隆三年（1738年）嘉峪关改设游击兼辖都司。

乾隆九年（1744年）九月允许准噶尔贡使哈柳等随带牛羊等物在肃州贸易。准噶尔商人一次赶羊二万三千只，沿丝绸之路经巴里坤、哈密、安西、嘉峪关，到酒泉销售。

乾隆三十一年（1766年）大规模重修嘉峪关城。

乾隆三十七年（1772年）陕甘总督文绶上书乾隆皇帝，请准嘉峪关辰开酉闭，嘉峪关敞开了它神秘的大门。

乾隆四十年（1775年）在乾隆三十一年重修嘉峪关的基础上，再次对嘉峪关进行了整修。

乾隆五十六年（1791年）维修加固嘉峪关城内城东、西二门及楼台。肃州参将徐耀龙主持加固关城，砖包光化楼楼台，并书写“光化门”门楣。高台县知县和岁维修嘉峪关，砖包柔远楼楼台，并书写“柔远门”门楣。

乾隆五十七年（1792年）五月嘉峪关游击袋什衣主持重修嘉峪关戏楼。

嘉庆十年（1805年）二月翰林院编修、国史馆纂修官、户部郎中祁韵士遭陷害，被遣远戍伊犁，他于二月离开北京后，经河北、山西、陕西、甘肃，出嘉峪关，七月中旬到达伊犁。《万里行程记》是他此次行程日记，其中对河西走廊“山川城堡的雄阔，风土物产的瑰奇”，皆有翔实的记述。

嘉庆十二年（1807年）八月嘉峪关游击张怀辅、巡检张恒利在东瓮城约15米处重修文昌阁。文昌阁为两层两檐歇山顶式，供各级官员、科举士子拜祭“文昌帝君”。

嘉庆十四年（1809年）甘肃镇总兵李廷臣视察嘉峪关，题写“天下雄关”四字，刻碑立于关西路左。

道光八年（1828年）在嘉峪关外设立茶务稽查局，稽查官商、私商售茶价格及课税等。

道光二十二年（1842年）原钦差大臣、两广总督林则徐因查禁鸦片，被清廷革职后，于是年9月谪戍伊犁出嘉峪关。在此前的1841年4月，以相同罪名被革职的原闽浙总督也谪戍伊犁出嘉峪关。

咸丰三年（1853年）八月肃州知州李谆奉旨重修嘉峪关，于次年（1854年）闰七月竣工。嘉峪关曾于乾隆三十一年、四十年两次维修，但经过八十年，雉堞大半倾废，稽关亦废败，进出关者，时或从旁隙窍钻越，亟待维修。经过维修的嘉峪关，“环而视之，则崇墉屹屹，绵亘与祁连并峙；重关叠叠，周密较阳玉尤严”。

咸丰六年（1856年）甘肃提督索某，解押饷银五万两使乌鲁木齐，途经嘉峪关，至关外惠回堡（今新民堡）被南山藏民劫掠，后经查获，将主谋者解京惩办，后惠回堡安设团练猎勇二百名从事防守。

同治四年（1865年）二月二十三日在惠回堡哨口防守之回民猎勇二百余人，到肃州镇台府索取前任镇台德祥扣发之粮饷未果，激起不满，遂立即西奔，攻占了嘉峪关，杀死巡检张开禧及不少居民，并秘密告南山各路客回，于二十四日分头向肃州集结。晚，肃州东关回民，与城外潜伏的猎勇及各路回客里应外合，利用知州陈墉的轿子诈开肃州东城门，回众一拥而入。肃州镇标中回兵反戈，官军溃散，兵备恒龄战死，总兵成桂缒城遁逃，肃州城便被回军占领。这次回族兵民反叛的战火弥漫河西地区，一直延续了八年之久。

同治十年（1871年）据中俄条约增开商埠，俄国在嘉峪关设立领事（商务中心实在酒泉）。

同治十二年（1873年）陕西回民首领白彦虎从青海越祁连山由扁都口入甘州，于二月二十五日至金塔，三月三日到野麻湾，欲出断山口，径越关外。肃州的回族首领马文禄向其联系求援，白率部到嘉峪关东南的塔儿湾堡，以此作为增援肃州的大本营。三月九日至十二日，徐占彪率清军攻破塔儿湾堡，白彦虎率残部退野麻湾，出断山口，奔往敦煌方向。七月清军合围肃州，久攻不下，左宗棠从兰州亲临肃州督战。九月肃州回民反清首领马文禄投降。九月二十三日，左宗棠下令将马文禄及其部将九人斩首。至此，马文禄占据肃州长达近九年的战乱始告结束。

同治十二年（1873年）十月左宗棠视察嘉峪关，他看到嘉峪关附近边墙坍圮甚多，有豁口直可行车，有关等于无关，即面谕肃州总兵官章洪胜等整体维修，应先将通车各口堵塞出路，以便稽查，俟来年春天督促军队修治。左宗棠亲手题写“天下第一雄关”横额制匾悬于关楼之上。此匾额后因战乱遗失。

光绪二年（1876年）三月八日被任命为钦差大臣的陕甘总督左宗棠，进驻肃州。四月，总理行营营务的刘锦棠率湘军出关西征。同年，左宗棠从陕、甘、宁、内蒙古等地采购大批粮食，经嘉峪关运往哈密、巴里坤等地，粮食多达1980万斤。

光绪六年（1880年）二月左宗棠奏以战备支援谈判，定分兵三路收复伊犁之策。四月二十日，左宗棠舁榇出关，表达了他不获胜利决不生还的献身精神。

光绪七年（1881年）曾纪泽与俄外交大臣谈判结束，签订《中俄伊犁条约》，将嘉峪关辟为贸易商埠，但关上只收进口货税，货物多在酒泉、张掖、兰州等地交易。嘉峪关成为通商口岸后，以茶为主的对外贸易日益兴盛。十年后经嘉峪关出口的中国茶叶占国外茶叶市场的三分之一。据光绪十三年（1887年）的统计，出口的茶、杂货值白银903万两，进口货物价11.8万余两，外贸顺差达891.2万两。

光绪七年（1812年）重立嘉峪关西关坊。

光绪十二年（1886年）四月陕西提督周达武到嘉峪关，赋诗《登嘉峪关并序》。后由山西太原太守黄自元手书，由李祺镌刻成石碑。

光绪三十年（1904年）八月十三世达赖喇嘛土登嘉措流亡外蒙古，路过嘉峪关。

宣统元年（1909年）著名历史小说《老残游记》。