明　代

洪武五年（1372年）明太祖派征西将军冯胜远征漠北，冯胜在回师途中，相度地理形势，决定在嘉峪山麓西北余脉处，九眼泉冈塬上建关筑城，扼控咽喉。当年开始筹备兴建，于次年筑成一座周220丈、高二丈余、宽厚丈余的无楼土城，嘉峪关城从此筑起，结束了嘉峪关有关无城的历史。

洪武八年（1375年）正月设立安定（地在今甘肃阿克塞哈萨克族自治县与青海省西北部地区毗连处）、阿端（在今青海与新疆交界处）二卫。明王朝于洪武、永乐年间，为安置游牧于嘉峪关外的蒙古、撒里畏兀儿部落，先后在嘉峪关以西设立“关西七卫”即安定卫、阿端卫、曲先卫（在今青海西北部）、罕东卫（在今甘肃肃北蒙古族自治县、瓜州县、敦煌市毗连处）、罕东左卫（在今敦煌市和瓜州县西部）、赤斤卫、哈密卫之始。

洪武十三年（1380年）三月朱元璋任命西平侯沐英为征西将军，沐英率军西渡黄河，分军为四翼，合围聚歼，擒元国公脱火赤、知院按珠（爱足），尽获其部。四月沐英遣都督濮英率军一部，先行出嘉峪关，破故元柳城王，虏获1300人，马2000余匹。五月明军进至赤斤，击败豳王亦怜真及平章忽都帖木儿，尽俘其众，关外失地收复，使河西至哈密交通恢复。

洪武二十年（1387年）九月西域撒马尔罕驸马帖木儿遣回回满剌哈非思进嘉峪关朝贡，贡马205匹。诏赐白金400两及文绮、钞锭，从者俺都儿等8人白金700两，文绮、钞锭有差。此是明朝立国后，西域来的最早的贡使。

洪武二十七年（1394年）十一月建立肃州卫嘉峪关所。

永乐十七年（1419年）十二月中亚帖木儿王朝沙哈鲁王派遣由510人组成的出访明朝的庞大使团，从沙哈鲁王首府哈特启程东行，经塔什干、赛兰、塔拉斯入东察合台汗国、哈剌和卓、哈密、玉门、嘉峪关、肃州东行前往北京。永乐十九年（1421年）离开北京，次年元月出嘉峪关西归，九月回到哈特。其使臣盖耶速丁根据东行日记，写成《沙哈鲁遣使中国记》，记述了沿途所见自然、地理、政治、经济、民族、宗教、风俗、人情。

宣德十年（1435年）十二月阿台朵儿只伯入侵河西，甘肃总兵官、宁阳侯陈懋率师反击，连败阿台朵儿只伯于黑山等处，追回被掠人口。

正统元年（1436年）六月鞑靼六千余骑犯肃州，杀掳二百余人，掠马畜一万四千多，又犯嘉峪关、石关峡及永兴墩。

正统十一年（1446年）九月沙州卫都督佥事喃哥来求甘肃总兵官任礼，欲率部东迁，入居肃州之小钵和寺（今嘉峪关市新城乡野麻湾堡西北十五里，名寺营庄子）。

成化二年（1466年）八月筑陕西延绥至甘肃一带烽燧、堡、壕、墙，以防瓦剌。

成化九年（1473年）八月阿力遣使赤儿米郎等来叩嘉峪关，请求入贡，明廷许其入贡，而限制来人名数，不许过多，诏每十人许一人进京进贡。

弘治元年（1488年）为防御鞑靼从额济纳旗方向入侵，肃州参将彭清主持修筑嘉峪关东北长城（墙高一丈三尺，厚约六尺，东西长七十里），稍前为防御吐鲁番入侵而修筑嘉峪关南、北长城（壕堑墙为主），与嘉峪关城相接，南、北各约三十里。

弘治六年（1493年）四月吐鲁番速坛阿黑麻率兵进犯哈密，明廷派兵部侍郎张海、都督同知侯谦前往经理，二人身居甘州，不亲出嘉峪关，只派吐鲁番人归谕阿黑麻，令其归还哈密，坐待回音，得知朝廷中有弃陕巴、闭嘉峪关、不通贡使之议，便迫不及待地立即驱逐进贡的吐鲁番使者，封闭嘉峪关。

弘治七年（1494年）为惩罚吐鲁番速坛阿黑麻执陕巴，据哈密之恶行，明廷闭嘉峪关，绝吐鲁番贡使，并以嘉峪关为西边门户，令肃州增筑加固嘉峪关，严加设防。

弘治八年（1495年）肃州兵备副使李端澄在上年加固嘉峪关城西罗城的基础上（在西瓮城西面，修筑一道凸形重城，其城南北走向，墙正中为正门。墙的南北两端均与外城墙西端连接，外城墙又与长城连接，构成西侧外城，即西罗城），在罗城正门平台上建起一座三层三檐式、面宽三间、进深两间、周围明柱回廊、高17米的木结构城楼。城楼雄伟壮观，望之四达，结束了嘉峪关建关以来有城无楼的历史。

弘治十四年（1501年）为加强防务，乃敕修嘉峪关，主要是增高加厚内城城墙，为后来建内城东、西二楼及城上角楼、箭楼等奠定了基础。

弘治十六年（1503年）五月镇守甘肃总兵刘胜奏备边四事，其中修边墙、增墩台是四事之一。奏中言，计划修筑“自庄浪接宁夏冈子墩起至肃州嘉峪关讨赖河止，筑边墙总二千六百七十八里，增墩台，须三年告完，用人夫九万。”廷议照准，由各州县长官会同本边分守、守备等官监督修筑。

弘治十七年（1504年）瓦剌及安定部大掠沙州人畜，罕东左卫都督佥事只克不能自存，叩嘉峪关求济，明廷赈给之。

正德元年（1506年）肃州兵备副使李端澄按照弘治八年所筑嘉峪关楼的样式、规格，主持修筑了内城东、西二楼，即光化楼和柔远楼，以及官厅、夷厂、仓库等附属建筑物，并维修加固了内城城墙二百丈。全部工程于次年二月告竣。保存完好的《嘉峪关碣记》碑详细记载了此次修建的情况。

正德元年（1506年）肃州嘉峪关承信校尉王镇主持修嘉峪关城内玄帝庙，于次年二月落成。

正德七年（1512年）阿尔秃厮寇嘉峪关，指挥佥事赵承序等袭击之，斩首百余级。

正德十一年（1516年）十一月吐鲁番速坛满速儿令火者他只丁、牙兰复据哈密，亲率万骑，直犯肃州，肃州急。十六日肃州兵备副使陈九畴使肃州参将蒋存礼、甘肃游击将军芮宁、都指挥黄荣、王琮等率所部分出肃州往御之。芮宁部至黄草坝（一说为沙子坝）与满速儿军相遇，满速儿以大部攻击芮宁部，分兵击蒋存礼等部，使不得相合。芮宁部接战，众寡悬殊，自朝鏖战至暮，矢尽援绝，芮宁中流矢，以身殉职，所部八百多人战死。

正德十六年（1521年）吐鲁番大掠嘉峪关附近。

嘉靖七年（1528年）兵部尚书王琼允许满速儿入朝进贡，迁徙哈密回部至肃州东关居住。

嘉靖八年（1529年）在嘉峪关西添筑骟马城、上柏杨、下柏杨、回回墓、红泉等五座烽燧，加上先年所筑的大草滩墩、石烟墩、黑山儿墩，关西烽燧共有八座。

世宗嘉靖十三年（1534年）夏蝗虫从嘉峪关西飞来，到肃州时遮天蔽日，禾麦受害严重。

嘉靖十八年（1539年）九月大学士兵部尚书兼右都御史翟銮奉旨行边，与兵部左侍郎、总制三边军务刘天和视察嘉峪关后，上疏嘉靖皇帝：“嘉峪关最临边境，为河西第一隘，而兵力寡弱，墙壕淤损，宜加修葺。乞益兵五百防守，并修浚其淤损者。仍于濠内添筑边墙一道，每五里设墩台一座，以为保障。”当其奏疏获准后，便由肃州兵备副使李涵主持维修关城、监筑关两侧南、北长城。次年（1540年）李涵升任辽东太仆卿。翟銮以李涵前议修边墙事未完成，加之三边总督刘天和会同抚按同僚等报告请留，于是改任李涵为陕西左参政，留任肃州，总理嘉峪关南北长城重修事。李涵与分守参将崔麒，调凉州卫指挥蔡纪、山丹卫指挥纪纲、肃州卫指挥梅景三人分计工程、各督乃事。三军踊跃，而边墙遂成，南自讨赖河墩，北尽石关儿，长三十里，又修石关峡口的断壁长城。

嘉靖十八年（1539年）巡抚杨博巡视时，在嘉峪关外增筑榆树泉、三条沟、火烧沟、麒古墩四座墩台。

嘉靖十九年（1540年）肃州兵备副使李涵监筑西长城，南起讨赖河，北到石关儿（石关峡口），计长30里，并筑断壁长城1.5里。

嘉靖十九年（1540年）巡抚陈卿出巡嘉峪关，奏设防守管一员，添兵五百名。当时，在嘉峪关设防守官军388名、把关指挥一员、按伏官一员、掌堡官一员，其中按伏官驻金佛寺堡。

嘉靖二十年（1541年）肃州参将崔麒筑断山口墩。

嘉靖二十二年（1543年）蒙古万余，凿嘉峪关长城以逼近境，只因嘉峪关长城修筑坚固，斧斤不入，敌钻地穴穿越长城而入，因颇费时力被发觉，经参将李经率军力战，驱敌出境，方保肃州无虞。

嘉靖二十六年（公元1547年）巡抚杨博巡视嘉峪关外，添筑榆树泉、三条沟、火烧沟、古墩儿墩四座。至此，嘉峪关外共有十二座烽燧。

嘉靖二十七年（1548年）肃州参将刘勋呈巡抚杨博在金塔北修筑威虏城，并在威虏北八里地筑永安墩。在嘉峪关西十里添设永兴后墩（后改大草滩墩），在嘉峪关西北二百二十里，添筑镇北墩（后改名下古墩）。

嘉靖二十七年（1548年）巡抚杨博监筑石关儿营（石关峡堡）。

嘉靖二十八年（1549年）巡抚杨博、兵备王仪议定：新城、下古城、金佛寺堡等，展筑城垣，添设防守兵马。

嘉靖三十一年（1552年）刑部郎中陈棐奉敕巡边，至嘉峪关。

嘉靖三十五年（1556年）在石关峡堡新添军营一座。

隆庆二年（1568年）三边总督王崇古巡视嘉峪关，上疏言：“嘉峪关三面临戎，势甚孤悬，宜设守备防御”。上从之。嘉峪关始设守备。

隆庆三年（1569年）右佥都御史庞尚彭至甘肃巡察，清理屯政。在肃州听取了兵备道关于嘉峪关安远寨清出荒田10顷，分拨百名军人耕种，给予耕牛、籽种、乞免起科的情况汇报。在向朝廷的条陈中提出“给牛、种以资开垦”、“免起科以广召种”、“修边墙以全腴地”、“剿零骑以保耕获”等10条建议，得到批准，使寓兵于农，且耕且守，积贮日裕，垦田备赈的屯政有所复兴、得以继续。

隆庆六年（1572年）根据御史廖逢节的建议，开始修筑自嘉峪关至镇夷千户所止的边墙、崖榨(长13630丈，计90里260步)。至万历二年（1574年）筑成。

万历元年（1573年）完成东长城的修筑，从新城儿向西，到嘉峪关北边墙新腰墩止，约70余里。

万历六年（1578年）修嘉峪关内武安王庙。

万历十年（1582年）肃州参将毕景从等立《重修武安王庙碑》。

万历二十一年（1593年）肃州兵备郭师古巡察嘉峪关，手写“北漠尘清”四个大字，用双阴线刻在石关峡堡北侧崖壁上。

万历三十三年（1605年）十二月初葡萄牙旅行家、耶稣会会士鄂本笃随亚美尼亚商团沿丝绸之路来中国传教，到达嘉峪关，为等待陕西总督进京批文，在嘉峪关外驿站居住了25天，得到批复后，行一日到肃州，由于旅途劳累，疾病缠身，鄂本笃到肃州后一病不起，于1607年三月病逝于肃州，其残存的行纪由利玛窦整理成为《鄂本笃之来中国》，记载了明代丝绸之路的情况，是研究中西交通史的重要参考资料。

万历三十七年（1609年）六月十一日夜，甘肃大地震，红崖、清水等堡军民被压死者840人，边墙摇损约870里，肃州南山一带山体崩塌滑坡，讨赖河绝流数日，玉门倾城墙1100丈，仓库、公署、民房460余处，摧毁边墙570余里，压死军民620余人。

万历三十九年（1611年）肃州兵备王忠显、参将柴国栋议呈甘肃巡抚，在嘉峪山（文殊山）南、卯来泉侧半山创筑卯来泉堡，添设防守兵马、仓场，内设防守官一员，马步军125名，就近戍守，所管烽燧十一座。

万历四十年（1612年）巡抚徐养量巡视嘉峪关，写五言诗一首《嘉峪关漫纪》，刻于卧式石碑上。

万历四十四年（1616年）肃州兵备李应魁、参将祁秉忠，议呈巡抚祁光宗，修筑嘉峪关东北五十里的野麻湾堡（周长140丈的土城），并设兵马防守，原设防守官一员、马步兵130名。