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永登县人民法院于1987年由科级升格为副县级建制。在20世纪90年代初，设有刑事审判庭、民事审判庭、经济审判庭、行政审判庭、执行庭和三个基层人民法庭(秦川人民法庭、红城人民法庭、河桥人民法庭)及办公室和信访接待室。

1994年7月，县人民法院成立经济纠纷调解执行中心。1996年9月，撤销来信来访接待室，增设告诉申诉审判庭、司法警察大队、城关人民法庭。

1997年7月，武胜驿人民法庭(1990年6月批准成立)在县法院院内挂牌办公。

2001年，机构改革，撤销告诉申诉审判庭、民事审判庭、经济审判第一庭、经济审判第二庭、监察室、城关人民法庭。新设立案庭、民事审判第一庭、民事审判第二庭、审判监督庭、调查研究室。保留刑事审判庭、行政审判庭、执行庭、办公室、政治工作科、司法警察大队和4个基层人民法庭。改革后，县人民法院内设11个机构和4个派出法庭。全院定编79人，其中法官57人。