一、工程管理

1995年10月，引大入秦东二干渠建成通水，甘肃省引大入秦工程建设指挥部的主要职能开始逐步由建设向管理过渡。1996年3月，甘肃省政府决定甘肃省引大入秦建设指挥部加挂“甘肃省引大入秦灌溉工程管理局”牌子。为事业性质，正地级建制，隶属省水利厅领导，其主要职能是按照工程总体设计要求，负责完成剩余工程建设，全面加强灌溉运行管理，开展水利综合经营。

自1998年开始，管理局(指挥部)在调整内部机构设置和职能转换增设了灌溉管理处、总调度室、工程管理处、综合经营处、总干渠管理处、东二干管理处、灌溉试验研究所等。根据划片和便于管理的原则，在整个灌区建立水管所22个，隶属于基层管理处。此后，甘肃省引大入秦灌溉工程(指挥部)仍实行一套班子、两块牌子的管理体制。

自2000年以来，引大入秦灌区灌溉管理采取“专管与群管”相结合的模式，支渠以上主要工程由专管机构管理，灌区末级渠系，即支渠以下的田间配套等小型工程由灌区当地乡村组织的群管组织管理。管理局对支渠以上工程及灌溉运行管理实行管理局、基层(干渠)、管理处三级管理。坚持“统一调度、分级负责”的水量调度原则，实行“四级配水”，即由管理局总调度室配水到基层干渠管理处，基层管理处配水到所辖属的水管所，水管所再配水到对口的群管组织，最后由村组群管组织根据需水量多少配水到农户农田。

2002年，引大入秦灌溉工程管理局在全灌区推行“参与式灌溉管理”试点工作，以渠系为单位成立用水者协会，负责支渠以下工程的运行管理和维修，从事与水利产业及灌溉服务有关的综合经营。