二、噶伦内讧，清廷设置驻藏大臣

清朝政府在西藏实行噶伦制，靠西藏上层实施朝廷对西藏的统治，这是对西藏地方行政建置的一次重大改革。但噶伦过多，各自代表不同地区和集团的利益，同时又缺乏相应的制衡制度机制，噶伦的分裂是不可避免的。

众噶伦执政不久，便出现了前后藏两大贵族集团争夺西藏最高权力的斗争。康济鼐因配合清军平准有功，被清廷任命为首席噶伦。颇罗鼐因协助康济鼐收复后藏有功，是众噶伦中后藏势力的代表人物。其余三噶伦，阿尔布巴为前藏工布大贵族，与隆布鼐、扎尔鼐结为同党，还有达赖喇嘛之父索南达结，因当时达赖喇嘛年幼，一切活动由他决定，他也成为阿尔布巴一派的重要成员，两大派系明争暗斗，愈演愈烈。1726年奉旨进藏的大臣鄂齐对此早有察觉，在藏时曾劝告众噶伦要团结协作。1727年返京后，鄂齐向雍正帝汇报了西藏噶伦分为两大派系，有一触即发的情势。同年，根据鄂齐反映的情况，雍正帝采纳了议政大臣们的建议，“著内阁学士僧格、副都统玛喇差往达赖喇嘛处”。这是清廷继派赫寿、鄂赖、鄂齐前往西藏的钦差以来，又一次派往西藏协助理事的钦差。多数藏学学者认为这次是清朝中央政府钦派驻藏大臣的开始，自此之后，驻藏大臣遂成定制，直至清朝覆亡。

1727年8月5日，在僧格、玛喇两位钦差尚在赴藏途中之时，阿尔布巴等人首先发难，在拉萨大昭寺噶伦议事处诱杀了首席噶伦康济鼐，随后又杀戮其家人侍从，并派人前往江孜追杀颇罗鼐。颇罗鼐闻讯后，一面组织后藏及阿里的武装迎敌，一面遣人持书急奏朝廷，详细奏报西藏情况。这次因噶伦内讧而乱起的战争，史称卫藏战争。

卫藏战争爆发后抵达拉萨的僧格、玛喇二钦差无力控制西藏局势，朝廷也认识到“大臣进藏料理，不可不带兵前往”。随即紧急决定派周瑛、周开捷等共同率领陕西、青海、四川、云南等处官兵约15400人准备进藏。1728年7月，颇罗鼐率部攻入拉萨，阿尔布巴、隆布鼐和扎尔鼐被迫投降。由于达赖出面斡旋，颇罗鼐答应在朝廷大军到来之前保证三噶伦及其追随者的生命安全。两个月后，查郎阿和迈禄率领的大军进入拉萨，他们同时带来了雍正皇帝给颇罗鼐的赏银三万两。随后，查郎阿和迈禄会同僧格、玛喇和颇罗鼐对阿尔布巴等人进行了审讯。阿尔布巴、隆布鼐、扎尔鼐等17人被处死，阿尔布巴和隆布鼐的妻子及其同胞兄弟、扎尔鼐的妻子和两个儿子被押往内地，放逐江南为奴。卫藏战争结束。

卫藏战争结束后，清朝政府正式设立了驻藏大臣衙门，查郎阿主持，由他与僧格、玛喇共同办理西藏事务。1728年3月，查郎阿、迈禄和时任陕西总督的岳钟琪等奏陈办理西藏事务十项折，经雍正帝御批修改后，便成为查郎阿等人在卫藏战争后办理西藏善后事宜的基本纲领。1729年初，清廷根据颇罗鼐的举荐，任命色朱特色布腾和策凌旺扎尔为噶伦，命颇罗鼐总管前藏、后藏。这种由颇罗鼐一人总管全藏事务、两噶伦对其负责的体制，是清廷建立驻藏大臣初推行的一项重要政策。同时，为了进一步加强对西藏的统辖，清朝中央政府对西藏边界区划也进行了新的调整：将西康东部的打箭炉、理塘、巴塘等地划归四川管辖；把西康南部的中甸、阿敦、维西等地划归云南管辖；从南称巴颜（今青海玉树）等处的79族中划出40族归西宁办事大臣管辖，其余39族后来归驻藏大臣管辖，从而奠定了此后西藏行政区划的基础。

1782年底，七世达赖喇嘛在查郎阿、玛喇等人和清军的护卫下，奉旨前往理塘、泰宁暂住。颇罗鼐派策仁旺杰送至德庆（今达孜）。行前，达赖喇嘛指定杰赛仁波且晋美益西扎巴代行处理西藏宗教事务。1729年3月，达赖喇嘛到达理塘，清廷命四川总兵任国荣派川军2000作为常设护卫。1730年3月，七世达赖喇嘛被迎至泰宁惠远庙，直到1735年4月返回西藏。

设置驻藏大臣是清廷管理西藏的重大举措。卫藏战争结束不久，驻藏大臣人数多达四五人，后减为三人，最后一般设两人。乾隆继位后，鉴于颇罗鼐管理有方，藏内安定，一度将驻藏大臣减为一人。1749年乾隆颁旨，决定驻藏大臣常驻两人。