一、桑结嘉措与拉藏汗之争

顺治十二年（1655年），固始汗病逝，和硕特部蒙古贵族在西藏的势力急剧下降，格鲁派寺院集团权力日盛。五世达赖喇嘛以其在藏蒙地区的崇高声望和清廷的支持信任，实际上掌握了西藏地方的政教大权。康熙十八年（1679年），五世达赖喇嘛任命他亲手培养起来的桑结嘉措（1653—1705年）为第巴后，与和硕特汗王的矛盾日益尖锐和激化。

康熙二十一年（1682年），五世达赖喇嘛在拉萨圆寂，终年66岁。他自受封之后，凭其崇高威望和至高无上的宗教领袖地位，积极配合清朝政府为维护藏蒙地区的社会稳定发挥了其他力量所不能替代的积极作用，深得藏蒙地区民众的信赖和爱戴，亦深得清朝中央政府的信任。正如祈韵士在《皇朝藩部要略》第十七卷中所写，“达赖喇嘛存日，六十年来，塞外不生一事”。五世达赖喇嘛圆寂后，为了稳定局势、避免格鲁派寺院集团势力受损，也为了维护和巩固桑结嘉措自己的权势地位，桑结嘉措封闭消息，秘不发丧，对外宣布五世达赖喇嘛“入定”，除自己外不见任何人，一切事务委托他办理。诸事仍以五世达赖喇嘛名义发号施令，向朝廷奏报情况也以五世达赖喇嘛名义进行。同时，他还暗中与准噶尔的噶尔丹相通，借噶尔丹的力量打击、削弱固始汗继承者的力量，巩固其独揽西藏政教大权的地位。

准噶尔部是漠西厄鲁特蒙古四大部之一。1671年，噶尔丹夺取汗位后即行其扩张政策。1688年起，噶尔丹乘喀尔喀蒙古各部内讧，带兵东侵，占领了漠北。喀尔喀各部请求清廷保护。康熙皇帝赦谕五世达赖喇嘛派员调解。桑结嘉措便以五世达赖喇嘛名义派济隆出使，表面上遵谕劝噶尔丹罢战，暗地里怂恿其南下入侵漠南蒙古。由于漠南蒙区已属清朝政府统下，噶尔丹南侵便成以清廷为敌。康熙皇帝遂派大军征剿噶尔丹。在清军与噶尔丹军战斗之机，桑结嘉措借五世达赖喇嘛之名命青海厄鲁特蒙古部暗中给噶尔丹通风报信，并令青海和硕特部屯兵松潘、河州、西宁等地，意在必要时支援噶尔丹。清军击败噶尔丹后，桑结嘉措为了保全自己，于康熙三十二年（1693年），借五世达赖喇嘛之名上书康熙帝请封。因当时朝廷尚不知五世达赖喇嘛已经圆寂，考虑到这是五世达赖喇嘛的请封上书，康熙帝便赐桑结嘉措王爵、金印，封其为“掌瓦赤喇怛喇达赖喇嘛教弘宣佛法王布忒达阿白迪”，意思是专管达赖喇嘛宗教事务的法王。可见朝廷仍支持和硕特汗王主管西藏行政事务。

康熙三十五年（1696年），康熙帝亲率大军征讨噶尔丹，清军在昭莫多彻底击败噶尔丹军，噶尔丹在次年势穷病卒。康熙皇帝从俘虏口供中得知五世达赖喇嘛早已圆寂，是第巴桑结嘉措长期匿丧不报，并暗通噶尔丹等事。康熙帝闻之大为震怒，命大喇嘛晋巴扎木素、德木齐索诺木藏布、主事保柱等奉旨入藏严斥桑结嘉措，令其奏明五世达赖喇嘛圆寂始末；尊奉班禅呼图克图主持喇嘛教，并允其进京；执济隆呼图克图畀清；解青海博硕克图济农所娶噶尔丹之女，谕旨严斥警告桑结嘉措“不然，数者或缺其一，朕必问尔诡诈欺达赖喇嘛、班禅胡土克图，助噶尔丹之罪，发云南、四川、陕西等处大兵，如破噶尔丹之例，或朕亲行讨尔，或遣诸王大臣讨尔。尔向对朕使言四厄鲁特为尔护法之主、尔其召四厄鲁特助尔，朕将观其如何助尔也。尔其速办此事，及正月星速来奏，否则后悔无及矣。为此特遣使臣往谕，半发伴敕礼币六端”。桑结嘉措接到谕旨后惶恐不安，即派尼麻唐呼图克图为首的使团持其奏书赴京奏报五世达赖喇嘛圆寂始末和匿丧缘由，并奏报1683年已于门地沃域松地方寻认到五世达赖喇嘛转世灵童仓央嘉措，请求准许仓央嘉措正式“坐床”。

康熙四十年（1701年），达赖汗去世，其子拉藏鲁贝继位。不久，拉藏鲁贝被其兄拉藏汗毒死，拉藏汗便成为和硕特蒙古在西藏的汗王。拉藏汗决心恢复固始汗在位时所拥有的一切权力，桑结嘉措虽已失去朝廷的信任，但决不愿将权力拱手交给拉藏汗。康熙四十二年（1703年），在拉萨传召法会上，双方发生冲突，经三大寺代表和嘉木样协巴等劝阻协调，事态得以缓和。康熙四十三年（1704年），桑结嘉措收买了拉藏汗的内侍，指示其在拉藏汗食物中投毒而被拉藏汗发觉。因此，拉藏汗与桑结嘉措间的矛盾斗争更加激化。1705年拉萨祈愿大法会期间，双方爆发了军事冲突。为避免流血事件，在五世达赖喇嘛灵塔前，由六世达赖喇嘛、三大寺代表、五世班禅代表和嘉木样协巴等调解达成协议：桑结嘉措退位，离开拉萨到贡噶生活；拉藏汗保持汗王头衔，但也要离开拉萨返回青海。拉藏汗离开拉萨经羊八井到那曲后，便不再前行，然后兵分三路向拉萨进发。桑结嘉措也在拉萨聚集力量严阵以待。同年6月，双方在拉萨激战，结果桑结嘉措一败涂地。7月，桑结嘉措被拉藏汗王妃追兵捕获并杀死。康熙四十六年（1707年）初，拉藏汗遣使赴京向康熙皇帝汇报了西藏事变的经过，并奏报仓央嘉措生活放荡、不守教规，是“假达赖”，请求朝廷“废黜”后另寻立五世达赖喇嘛的真正转世。康熙皇帝即派护军统领席柱、学士舒兰为使进藏，封拉藏汗为“翊法恭顺汗”，赐金印，以稳定西藏局势。同时，康熙皇帝召执仓央嘉措赴京。拉藏汗遵旨派人偕同朝廷遣使押送仓央嘉措进京，“行至西宁口外病故”。