一、机构设置

元朝设置僧职，相应地设立了一些代表王朝中央管理佛教和相关事务的专门机构，有些机构又超出了管理佛教事务的范围，政教兼管、军民通摄，是中央实施统治的重要部门。

（一）总制院

总制院是管理全国佛教和吐蕃地区事务的中央机构，始设于至元元年（1264年）。1247年萨班、阔端凉州会谈西藏归顺元朝后，元廷许吐蕃各地首领官任原职，由萨迦首领统辖，中央派员管理，但中央并未设置专门机构。1260年忽必烈即位后，相继设官分职，整个藏族地区基本纳入中央政府控制之下，设立相应的总管机构势在必行。至元元年，元朝设总制院，为管理全国释教的最高机关，兼治吐蕃之事。元世祖忽必烈以八思巴为国师，领总制院。是年，忽必烈为进一步提高八思巴的地位，赐给八思巴“珍珠诏书”，命令僧俗民众遵从上师法旨，悉心修法，对依法而行的僧人，“彼等军官、军人、守城官、达鲁花赤、金字使者等，无论何人，俱不得欺侮，不派兵差、赋税、劳役”。同时，命答失蛮往吐蕃置驿，让八思巴携其弟恰那多吉前往西藏建立行政机构，委任各级地方官员。

总制院下设总统所、僧录司、总摄所、僧正司、都纲司等，主要官员有院使，秩正二品。据《元史·桑哥传》，“总制院者，掌浮图氏之教，兼治吐蕃之事”。所谓“掌浮图氏之教”，是说它是掌管处理僧务的机构；“治吐蕃之事”，是管理西蕃诸宣慰司的军民财谷。其他对吐蕃的行政管辖，则主要通过八思巴等僧职人员在吐蕃的政务活动来体现，凡“置驿、用兵、设立行政机构、建立场、管理内地与吐蕃地方贸易，均有总制院参预”。

至元二十五年（1288年），总制院改称宣政院。

（二）宣政院

宣政院是由总制院改设，掌管全国佛教事务和藏族地区军政事务的机构。《元史》卷15《世祖本纪十二》记载：至元二十五年（1288年）十一月，“改释教总制院为宣政院，秩从一品，印用三台，以尚书右丞相桑哥兼宣政使”。说明宣政院品级由原来的正二品升为从一品，印用三台银印，由尚书丞相兼领院使，与中书省、枢密院、御史台平级，为中央最高权力机关之一，体现了元朝对藏区事务的重视。据《元史》卷87《百官三》“宣政院”条，宣政院最初，置院使二员、同知二员、副使二员、参议二员、经历二员、都事四员、管勾一员、照磨一员。其中，院使、同知和副使总揽院务，据“僧俗并用”和“位居第二者，必以僧为之”原则，很可能僧俗各一员；参议，为宣政院参佐官首领，地位职权相当于“参议中书省事”；经历，为首领官之长，执掌衙门案牍，管理吏员，处理院内日常事务；都事，协助经历执掌案牍、管理吏员、上奏公事；管勾，执掌衙门公务；照磨，具体负责院内钱谷出纳、营缮料理等杂务。至元二十六年（1289年），置处理庶务、管理刑狱诉讼的断事官4员，后增院判一员。至元二十八年，又增佥院、同佥各一员，协助办理院内事务。至治三年（1323年），院使增至6员。天历二年（1329年），罢功德司归宣政院，院使又增至10员。佥院、同佥、院判等以及负责汉、蒙文书的人员均有所增加，编制进一步扩大，并在大都和上都设立一些办事机构，办理佛教和吐蕃事务，为在京都活动的帝师及其随从、高僧等提供饮食生活、佛事活动等方面的服务。

宣政院的下辖机构，有行宣政院、总统所或总摄所等。其中，西藏行宣政院，设于元惠宗至元三年（1337年），是一个军事性质的分设机构。关于设立这个机构的缘起，《元史》卷87《百官三》“宣政院”条载：“遇吐蕃有事，则为分院往镇，亦别有印。”据《元史》卷39《顺帝本纪二》，至元三年五月甲寅，“西番贼起，杀镇西王子党兀班。立行宣政院，以也先贴木儿为院使，往讨之”。可见，设立西藏行宣政院，是为了战事需要，目的在平息战乱，“整治西番人民”，其首席官员为院使，秩从一品，地位甚高。

与行宣政院相关的有广教总管府或都总管府，这是设在诸路通管政教的僧务机关。它与行宣政院相间出现，或废此立彼，或废彼立此。据一些文献记载，元朝共设过16个广教总管府，在汉藏交接地带的甘肃诸路、四川诸路、云南诸路都设过广教总管府。广教总管府的主要官员有达鲁花赤、总管（为僧职）、同知府事、判官各一员。因是宣政院的派出机构，官员一般由宣政院差遣。

宣政院机构庞大、权势极重，其职能是总制院的延续和延伸，僧民通管、军民统摄，理僧管民，军政民政联为一体。具体来说，一是统领全国的宗教事务，二是管理整个藏族地区军、政、宗教事务，诸如藏区官员的遴选、驿站的设置、户口的清查、喇嘛的封赐、驻军的戍守征讨等，宣政院均予参决。按元朝政府规定，“选任吐蕃地方的文武官员和宣政院本部门的官员，中书省可与宣政院同奏。若遇吐蕃之地‘有大征伐’军务者，宣政院又可‘会枢密院议之’”。宣政院的用人原则是“僧俗并用”，院使多由中书省长官或帝师担任，正使以下，经帝师推荐，以僧为副使，“帅臣以下亦必僧俗并用”。这种治藏机构，极具特色，为后来中央王朝对西藏的施政提供了借鉴。

（三）功德使司

也称都功德使司，这是元朝依照唐朝建立的一个僧务机构。唐朝始创于天宝末期，下辖左右街僧录司，管理天下僧尼事务。元朝于至元十七年（1280年）三月设立，“掌奏帝师所统僧人并吐蕃军民等事”。主要官员称功德使，秩从三品，多由宣政院使或帝师兼领。至元元年总制院设立后，元朝一度在朵甘思、朵思麻等吐蕃地区用兵，总制院管理藏区政教事务所涉及的范围和规模不断扩大，尤其俗世行政事务增加，行政职能不断突出，管理佛教的功能相对减弱。针对这种情况，元朝设功德使司，代理帝师处理宗教事务，为皇帝决策服务。因此，功德使司设立后，其主要职能一是组织建寺祀佛，处理修设佛事方面的事务，主管法会、醮祠、经书印刷等；二是奏请释囚，功德使以佛事向皇帝奏请释放囚犯，加强佛教的影响力。功德使司下有功德司。大德以来，元朝在各路相继设立的功德司多达五百多所，管理祀祭祝、念佛诵经活动。后因整个形势的变化，为减少机构重叠和经费开支，于天历二年（1329年）罢功德使司归宣政院，由宣政院主领醮祠佛事等事务。功德使司废除后，元朝曾于至顺二年（1331年）二月，在各路设立广教总管府，作为功德使司被罢后的替代性机构，以掌管僧尼之政，或政教通管，以僧务为主，凡十六所，秩正三品，府设达鲁花赤、总管、同知府事、判官各一员，由宣政院选派官员，总管由僧人出任。功德使司存在了近半个世纪，为巩固元朝统治、协助对藏族地区施政方面起过一定作用。

（四）地方僧署

元朝在各地设立的地方性僧务机构有僧录司、僧正司、都纲司等。这些机构的设置因袭了全国的制度，与元朝的路、府、州、县的行政体制基本相适应，即路设僧录司，州设僧正司，府设都纲司。僧录司有僧录、僧判，僧正司有僧正，都纲司有正副都纲，均由僧人担任。这些僧官“主掌教门，护持佛法”，管理一般的宗教事务，兼管诉讼审决，维持地方秩序。后因僧侣“设官统治，权抗有司，扰乱政事”，于元仁宗时，诏罢僧道衙门，不再设立僧录等机构。到明代，朱元璋效法金、元之制，于洪武七年（1374年）设都纲之职，为统制天下佛刹的佛教总长。洪武十五年（1382年），设置僧录司，将都纲降为府一级的僧司长官，各府卫设僧纲司，有正副都纲各一员，都纲从九品，掌管本府僧务。如今青海省乐都县瞿昙寺的开创僧三罗喇嘛桑杰扎西，因招抚罕东诸卫之功，于明洪武二十二年（1389年）被朱元璋召至京城，尊为上师，封为西宁僧纲司都纲，成为西宁卫的宗教首领。