一、建立萨迦政权，管理全藏事务

西藏纳入元王朝管理初期，各教派和地方势力投靠蒙古各王子，一度处于分治局面，如蒙哥汗管理止贡派，忽必烈管领蔡巴噶举派，王子旭烈兀管理帕竹派，王子阿里不哥管理达陇地噶举派。1251年，拖雷之子蒙哥即汗位，把汉藏广大地区划给他的弟弟忽必烈统管。1260年，忽必烈登上汗位后，仿照中原传统治国模式建立元朝政权。在治藏策略方面，忽必烈承袭阔端的做法，并因与八思巴建立的特殊关系，将西藏萨迦昆氏家族和藏传佛教萨迦派抬高到所有其他家族及教派之上，正式确定其为元朝中央政府在西藏的法定代理人，建立萨迦地方政权，代表中央王朝，以管理众多原来互不统属的地方割据势力，从而形成中央政府、西藏萨迦政权和各地家族或教派势力的三级行政管理结构体系。继而“因其俗而柔其人，乃郡县吐蕃之地，设官分职，而领之于帝师”，将藏区整合为一个统一体进行控制。为了让各地方势力臣服萨迦政权，元朝统治者多次采取军事措施，以武力威慑，维护萨迦政权的权威和行政运行。1265年，八思巴和恰那多吉从大都（今北京）返藏初创萨迦政权时，忽必烈派长子真金率军护送直抵萨迦；1268年，忽必烈准备攻打南宋，率军前往大理，途经川西北地区时，派兵平息了卫藏地区不服萨迦统治的地方势力制造的动乱；1276年，八思巴第二次返藏料理藏区事务时，忽必烈又派皇子铁木儿不花率军护送进藏；1280年八思巴在西藏暴卒后，元廷于次年派宣政院院使、安多藏族人桑哥率军入藏，拘杀了与八思巴不睦的萨迦本钦贡噶桑波（元廷怀疑他毒杀了八思巴），并自此开始在西藏长期屯驻军队；1291年，当止贡派引来西蒙古旭烈兀（一说海都）的军队企图推翻萨迦政权时，忽必烈又派皇子铁木儿不花率军击败西蒙古和止贡派的联军，彻底平息了史称“止贡林洛”（止贡寺之乱）的反叛事件。如此等等，在元朝中央政府政治、军事上的强力支持下，萨迦派才独占鳌头，使萨迦政权在地方势力林立的西藏维持了近百年的行政管理。