刑部一锤定音
一案两说，到底孰是孰非？
丁宝桢在李宗羲查访期间，密切关注。拿到调查结论后，丁宝桢有针对性展开复查。他委派诚实干练之人改装易服，再次前往东乡查访，同时差传李宗羲提到的原告、被告及证人等到成都受审。这一传讯，反而又生波折。
之前向李宗羲呈控的李春发自称是怀疑妄控，反悔撤诉了；原告宋明芳于去年十一月十六日在家病故，妻子宋胡氏说有人假冒亡夫的名字告状；原告监生邓启才查无此人；原告周华贵等是开县人，均传唤不到。在传到成都的原告中，唐占元告向若璠、赵尚益告李开邦两案，原告都没有证据。丁宝桢再三讯问，唐占元、赵尚益都承认是公报私仇的诬告，请求免于追究；原告邓洪熙则声明自己并未告状，是其他人窃名妄控，再三追问之下矢口不移。李宗羲提供诉状中，唯一能够查实的是李仕映、陈应奎告冉正杉等案。原告指控侵吞的津贴捐输经查是两任知县孙定扬、周瀚筹办城防动用了公款。款项用来修城墙筑炮台，都是应办的公事，与袁廷蛟之事无关。丁宝桢下令由两任知县分别赔缴。原告被告双方都恳请发回东乡自行算清。奇怪的是，李宗羲报告涉及的被告，总共十八人，一听说丁宝桢提解，都自行来到省城投案。经查大多是在事件中遭害之家，丁宝桢讯问后认为供状确凿，与自己之前的调查相符。
光绪四年九月初，丁宝桢就李宗羲的调查，上奏为自己辩解。他承认自己入川之前就知道东乡事件，只是鉴于“人言无定”，只有实地讯问东乡百姓才能得到实情。丁宝桢也承认在一年多的审讯中，袁廷蛟供词“狡展”，自己主要是依靠事件前后的案卷文书，以及其他人的证词，“确核卷据，研讯众供”，最终得出的判断。袁廷蛟也“不能狡辩，俯首认罪”。
李宗羲调查提到的“王廷英”，丁宝桢也承认存在，但定性为“土匪”。土匪王廷英纠众抢毁官渡场，局绅等人赴驻扎该场的刘道宗营中求救。官兵将王廷英拿获。袁廷蛟率众围攻军营逼索王廷英，这才拉开了官民战斗的序幕。袁廷蛟败退尖峰寨中，李有恒亲自带队捉拿。尖峰寨既不献出袁廷蛟，又不准官兵进寨查看，还飞石抵击，打伤官兵多人。官兵各营激愤攻寨，最终杀戮数百人。袁廷蛟恃众扑营、踞寨抗拒，谋反确有其事；而李有恒奉命剿匪，在当时局势下不能不带队进攻，实无重罪可科。
丁宝桢尤其指出：李有恒在四川多年，交游广阔。丁宝桢一开始担心调查官员与李有恒碍于交情而有所舞弊，特意挑选了熊绍璜前往东乡实地调查。熊绍璜家丁此前曾在灌县一带招摇生事，被当时驻扎灌县的李有恒揭发查办。熊绍璜与李有恒因此结下了梁子。丁宝桢认为熊绍璜会认真调查李有恒的劣迹。熊绍璜调查后，揭发了素无嫌隙的刘道宗携眷随营，却证明向有积怨的李有恒没有滥杀无辜。同时，现任绥定知府志润、东乡知县梁融的报告，也与熊绍璜相同。丁宝桢最后说，刚听说血案传闻时，也感到出奇的愤怒，“本有重处李有恒之成见，实无轻纵李有恒之成见”，但是仔细研究全部案卷和众人口供，才觉得耳闻不如目睹，真相比成见更重要。
丁宝桢坚持己见。东乡血案的两个说法，一个由现任四川总督力挺，一个由前任两江总督坚持。朝野上下议论纷纷。慈禧自然无法钦定谁是谁非，只好正式派前礼部尚书恩承、侍郎童华为钦差大臣，前往四川查办。这是继文格、丁宝桢、李宗羲之后，第四批负责东乡事件的主审官。
但凡一个案子，更换多轮主审，旷日持久，难以定论，就不是简单的“案情复杂”可以概括的了。真正复杂的不是案情，而是案子背后的人和人情。随着审讯次数越来越多，牵涉其中的官员越来越多，案子也越来越复杂。恩承、童华两人不能跳脱出复杂的人情网络，也不具备洞悉种种表述背后的真相的能力。相反，根据事后揭发，恩承、童华两人一进入四川境内，就接受地方官员的迎来送往，并收受礼物。其家人狐假虎威，向地方要礼要物。如此钦差，在半年后的光绪五年春天提供了调查结论。恩承、童华认为李有恒虽然不是故意杀人，但不能确切查出袁廷蛟踪迹，轻率攻破尖峰寨等处，导致数百名百姓伤亡；刘道宗掳掠牲畜、携眷随营；雷玉春纵容部下掳掠牲口；孙定扬加派捐钱，仓促请兵，酿成重案；局绅张裕康、冉正杓等人怂恿官府发兵，又加收捐钱等。基本上折中了丁宝桢、李宗羲等人的说法，了无新意，最后模糊建议“按律定拟”，属于典型的和稀泥。
光绪五年四月初三，上谕公布恩承版调查结论后，大家再次失望。多一个版本，就给血案蒙上了多一层纱布。想来朝廷发布一桩和稀泥的案情，也很无奈，不知道如何是好了。当此拖沓敷衍之时，又是清流党人挺身而出，推动案情最终解决。
国子监司业张之洞出场了。张之洞是同治二年的探花，于同治十二年出任四川学政，光绪五年奉调回京，在东乡血案发生期间就在四川。他应该是对东乡血案有第一手的观察。据说，案发后，张之洞曾到绥定府主持秀才院试。有东乡县的考生不按规定答题，而是在试卷上写了很多有关东乡血案的文字。因此张之洞对事件有深入的了解。张之洞调回北京后继续留心东乡案的发展。他发现，大家的争论与他的认识有相当的距离。于是，经过短暂犹豫后，书生的正义感推动张之洞接连上书，专论此事。
张之洞曾在光绪即位问题上，旗帜鲜明地赞同慈禧的主张，帮慈禧化解了光绪继位的宗法问题，为慈禧继续垂帘听政制造了舆论。慈禧太后对张之洞颇有好感。而张之洞的上书也非常艺术，连着上《重案定拟未协折》《陈明重案初起办理各员情形片》和《附陈蜀民困苦情形》三道奏折，步步深入，层层剖析。他先上书说东乡案事关重大，需要慎重处理。已有的调查结论不能服人，建议朝廷重视。在得到慈禧首肯后，张之洞又将矛头对准孙定扬，认为是孙定扬违例苛敛等腐败问题，导致了百姓聚众闹粮，又蓄意诬民为逆请兵进剿，是此案的首恶。恩承等人对孙定扬判罚不当，没有抓住案情的关键。同时起兵之时，文格下令各营“痛加剿洗”，并非专指会匪吴奉山而言，致使李有恒等人以奉札剿杀为借口大开杀戒。不给文格定罪量刑，不足以服李有恒、孙定扬。张之洞建议由刑部直接调查此案。
连续几道奏折触动了慈禧太后。慈禧下定决心要将东乡案彻底了结。朝廷在光绪五年五月二十日发布上谕，准张之洞所奏，命令刑部直接审理东乡案，认真核查所有案卷。同时，已经调任库伦办事大臣的文格开缺来京，接受调查。这一回，慈禧要动真格了。
期间，李有恒的母亲李易氏京控，为儿子鸣冤，还诬陷李宗羲查办案件时并没有亲自前往，相反，李家少爷及其亲戚在东乡招摇撞骗，收受钱物，告状之人大多是冒名顶替。李易氏又状告恩承、童华等承审官员刚愎自用，只收集对李有恒不利的证词，一心要置自己的儿子于死地。如果放在往常，李易氏这么一闹，不说案情会更加复杂，起码也会拖延审讯的进程。如果处理不当，李宗羲等人还会惹上一身麻烦。如今有了慈禧认真查办的明确意见，李易氏的诬告很快就被查明了。九月底，恩承、童华就上奏说从东乡县传到十八名证人证明李宗羲亲自前往东乡密查，并没有收受贿赂等事。成都将军恒训和四川总督丁宝桢也查明回奏，李宗羲奉命查办案件确系亲往，其子并无受贿、教唆诉讼等事。李易氏诬告的影响迅速消除。
光绪五年六月十日，刑部尚书文煜领衔上奏了案情。几个关键疑问点厘清如下：
光绪元年十二月初十日，袁廷蛟派人向官渡场盐店借盐，盐店怕乱民滋事，各出食盐一包。之后，官渡场的人商议捉拿袁廷蛟，吴芳体、李开邦二人就设计，冒用该处监生梁天贵的名帖约袁廷蛟到官渡场算账。梁天贵其实不在官渡场。袁廷蛟带人到官渡场的当晚，有人夜寒烤火，不慎烧毁猪圈一间。李开邦就扬言袁廷蛟放火，导致了流血冲突，彻底关死了百姓与局绅调停缓和的大门。事后，知县孙定扬派吴芳体、李开邦担任官渡场团首，两人就对来场卖米的百姓每斗抽米一升，称为“团费”，结果在赶集之日导致乡民王英祥带头抗抽，鸣锣聚集数十人将团局旗械拿去。接着又发生了光绪二年正月初三，袁廷蛟带领数百人到官渡场复仇事件，场面一度恶化为打砸抢。
凡此种种，知县孙定扬都只得到了局绅方面的汇报，本人并未亲临现场查问。官渡场事件闹大后，孙定扬派许安国前往弹压，很快又听说许安国遭到围困，又轻率地请绥定府派来千总杨开泰、世职蔡启祥带兵镇压。事实上，许安国这一批官兵并没有被围，事后安然无恙返回县城。相反，杨开泰率领的绥定府官兵被百姓包围。百姓怀疑他们是局绅私雇的兵勇，且不听解释，勒令他们留下号衣、旗械、马匹。孙定扬一度计划亲自带兵下乡，结果城中局绅告诉他东路一带暴民众多，且乘虚窥伺县城，孙定扬走到一半赶紧缩回县城。因此他有关东乡乱局的禀报，都是从局绅张裕康、冉正杓等人那里得来的，最终得出了“县城危在旦夕”的结论。事实上，经过绥定知府易荫芝、太平知县祝士棻的劝解，东乡局势本有化解的可能，最终却是四川总督吴棠命令李有恒统帅大军进剿。孙定扬难辞其咎。
起初，进驻东乡的官兵小偷小抢，与彪悍的乡民发生争斗。在官民关系僵化、矛盾一触即发的背景下，这些行为很快演变为“官兵剿洗”的谣言。百姓根据以往传统，纷纷上寨躲避。而官渡场团首吴芳体、李开邦因王英祥不服抽米，公报私仇，向刘道宗谎报王英祥是袁廷蛟党羽，导致王英祥拘拿军营。三月初三，王英祥的哥哥王盛祥率领上百人在官渡山梁上吹筒喧嚷，要索回王英祥。刘道宗抄杀上山，开了第一场杀戒。这就是所谓的“扑营”与“反击”。之后的交战中，官军无不大胜，陆续杀死一些百姓。在初五的尖峰寨战斗中，李有恒亲自督战，因为山陡路窄、百姓抵抗，官兵难以前进。最后是李开邦、吴芳体等带领官兵从寨后小路杀进山寨。此战，遇害百姓三百多人，一半是老幼妇孺，烧毁附近民房百余间。恶劣的先例一开，官兵的烧杀抢掠行动随之升级，百姓的鸡鸭牛羊都遭了殃，甚至有十几个百姓是在官兵沿路搜查过程中，无缘无故被害的。官兵滥杀无辜行为，确实存在。
盐枭马洪仑案则是案中案。话说，局绅向若璠与凤头寨富户唐乐籍不和。唐乐籍忌惮向若璠的势力，于是投靠马洪仑，借盐贩的声势与向家对抗。马洪仑及盐贩常驻凤头寨，以此为贩盐据点。袁廷蛟抗捐后，马洪仑也纠集盐贩浑水摸鱼。官兵进剿后，王照南在向若璠的指引下于三月十三日抵达凤头寨。十七日，马洪仑之子马金堂邀集二百余人来救父亲。王照南和陕西总兵刘楚华的部队在雷公寨迎击马金堂，阵斩盐贩数十人。马金堂逃跑，后来在湖北省境内被捕，押送东乡正法。马洪仑闻讯后，于当夜服毒，但未死。十八日，官兵攻破凤头寨，将马洪仑正法，并杀死马洪仑的妻子、雇工和唐乐籍全家。官兵在寨内共杀三十余人。向若璠还引导官兵将唐乐籍家产烧毁。刑部调查认为向若璠等局绅、团首贪婪妄为，是事件激化的重要推手。
而袁廷蛟始终踪迹全无，各营四处搜查。哨官胡小臣听说袁廷蛟曾在李廷鸾家住宿，上门搜查。李廷鸾回复说袁廷蛟并未在家住宿。胡小臣刑讯李廷鸾，导致后者当场毙命。又有消息说，开县道林寺的僧人普集知道袁廷蛟的消息。游击方荣升就跨县将普集和尚抓获，一开始移送开县衙门。后来，方荣升又向开县知县声称要自行押解回营，将普集带回客栈，第二天普集死在店内。仵作检验认为是先受伤后服毒而死。调查发现，普集平时并非安分守己之人，但游击方荣升也存在刑讯逼供的问题。
查清了基本事实，李有恒的罪责就好判定了。李有恒有无妄杀百姓的判断前提是百姓是否叛乱。首先，百姓并无围城，不存在县城危在旦夕的情况。千总杨开泰等人被围，是因为百姓误以为他们是局绅私雇的武装。如果百姓真的有心围困官兵，为什么事后又交还了官兵的旗帜军械，官兵又怎么能脱身而回，又怎么能无一人伤亡？况且，蔡启祥回绥定府就报告了百姓并无谋逆之心。其次，百姓并无扑营。如果百姓要主动进攻，会选择官兵立足未稳之时，怎么会在大兵云集、驻扎半月有余再来扑营？况且所有报告都说百姓只是在山梁上喊叫，并未下山。人都没下来，扑营从何谈起？最后，袁廷蛟等人并未踞寨。杀人夺寨，进而盘踞为己有，才称之为踞寨。早先报告袁廷蛟并未杀人，况且数千官兵攻破十余寨、搜遍东乡县，都没有发现袁廷蛟的踪迹。那么，袁廷蛟究竟所踞何寨？何来踞寨之罪？局绅怂恿发兵的时候，还扬言袁廷蛟有军令、传牌、簿据等，但这些东西从何而来已经无从查证了。况且东乡团练正兴，本来就有许多旗帜令牌。同时，四川各地遍布山寨山硐，百姓一有事就避居山寨，无非各居各寨、各保各家。
刑部最终认定袁廷蛟聚众闹粮、抢掠打砸，确实法所难容，但不是叛逆。既然袁廷蛟不是叛逆，叛党又从何而来呢？历经四年的漫长审讯，袁廷蛟终于卸下了谋反叛逆的大帽子。