李宗羲暗访
但凡勇于任事的人，都是有性格的。圆滑敷衍的人注定不会勇于任事，而敢干事的人注定自信，甚至有些自负；坚强，甚至有些偏执。丁宝桢这个人便是如此。他从贵州崛起，一靠勇敢镇压地方叛乱，所以对地方骚乱带有天然的反感；二靠大刀阔斧地干事，一旦作出判断后坚决执行。多年的地方工作经历，也让丁宝桢对行政实践有自己的固定观念。这一切，都影响了东乡事件的判断。
丁宝桢查阅了整整七十卷档案文书，首先看到的便是吴棠当年下令“剿匪”的公文，认为官军是抱着剿匪的初衷前往的东乡。结合绝大多数证人都指认袁廷蛟聚众抢劫，他认定后者纠众、勾匪、围城属实，只是烧抢村镇、抗拒官军的细节存在出入，于是提审袁廷蛟。丁宝桢声色俱厉地质问他：当日绥定知府已经答应清算捐税，召集大家到衙门算账，你为什么屡次拒不到场？你带人生事，砸毁店铺、焚烧房屋，大家众口一词，你有什么话说？你说在官渡场没有向官军扑营，那么刘道宗派兵迎战，到底迎的是谁的仗？至于绥定官兵被围，夺去军械马匹，阖府官兵百姓人所共见，你又有何话说？丁宝桢严厉讯问之下，袁廷蛟“俯首无词，自甘治罪”。
袁廷蛟罪行清晰后，更大的问题是官军到底有没有滥杀无辜？卷宗中有李有恒到东乡后的安民告示，丁宝桢据此认为李有恒确实是“先礼后兵”，但是迟迟查不出袁廷蛟的踪迹，实属玩忽职守。至于百姓伤亡最多的尖峰寨攻守战，丁宝桢认为官军杀死百姓三百余人，另有百姓坠岩摔死。原因在于李有恒追击匪徒太急，寨民无知抗拒太强，双方相互仇杀，导致杀伤众多。这不能算是滥杀无辜。至于破寨之后，散兵游勇抢夺牲口；刘道宗携带女眷随营，都暴露出李有恒治军不严，办事草率。李有恒也“无辞置辩”。同时，丁宝桢也审问了雷玉春、刘道宗，他二人也对部队军纪不严，无可置辩。
光绪三年九月初六（事发后一年半），丁宝桢上奏了各方等待多日的调查结果：
东乡事件爆发的根源是东乡县浮收钱粮，而袁廷蛟“身为革役，人素狡猾”，以减粮为借口图谋私利。动乱萌芽之时，知府易荫芝如果能将浮收的地方官撤参，一面认真解散乡民，一面捉拿袁廷蛟严惩，本可以平息事态。可惜易荫芝既不认真查明百姓是否已经解散，又不捉拿袁廷蛟惩治，听任他带领百姓沿乡滋扰。知县孙定扬到任后，竟然以匪徒滋事、县城危急等夸大情况请兵援剿。
前任四川总督吴棠担心匪乱蔓延，派拨官军至四千余人之多，又意图速剿，严檄各营“迅图扫荡”。李有恒等人到东乡后，先以安抚为主，声明只拿首恶，按兵不动。各乡百姓尚无十分惊疑。此时，孙定扬与局绅议派次年捐输，置历史问题于不顾，还要提高银钱兑换比例，加重百姓负担，人心严重不安。孙定扬又进一步在官渡场设捐输局、招募兵勇，要抽场内百姓的商品税充作兵费。愤怒的百姓砸毁团局。局势严重恶化。
等到袁廷蛟官渡扑营事件发生，官兵反击，大败暴民。老百姓都怀疑官兵要“痛剿”，纷纷退避山寨。而大巴山南麓和川东一带山区，自古就有结寨自保的传统，“依山为寨，因岩为硐”，以各寨硐为据点，预先囤积刀枪器械。百姓一感觉危险，就躲入山寨。咸丰年间社会动荡，东乡各地纷纷兴办团练。团练与原有的结寨自保传统结合起来，老百姓就拥有了相当强大的组织、武装能力。事发前的光绪元年四月，恰好有巴县土匪窜扰东乡县，各场寨纷纷动员起来自卫，将土匪打散。外来的官军见山寨人声鼎沸、旗甲鲜明，自然怀疑百姓武装顽抗，就用力进攻。“攻者愈急，守者愈固”，典型的“安全困境”场景就爆发于此。官军疑极生忿，杀戮遂至数百人之多。
在丁宝桢看来，东乡事件是一起因为赋税沉重引起的，被狡猾的袁廷蛟所利用的，因为府县官员处理不当而恶化的，官军与百姓相互猜疑而爆发厮杀，最后恶化为数百人死亡的流血事件。丁宝桢关注的要点，不是赋税，不是腐败，而是东乡特殊的社会组织，即农民的高度组织化与军事化。一盘散沙的农民一旦组织化、军事化，再因为资源或权利的分配不公上升为反抗，就可能导致社会秩序的崩溃。历朝历代都防范农民形成固定、半固定的组织（比如帮会、山寨、地下宗教等），更严禁农民组织军事化。可是当社会动荡之时，朝廷又不得不借助地方力量，允许百姓抱团自卫。清朝后期的地方团练、民团等形式就是例证。其中的度如何把握，就考验地方官府的施政智慧与控制能力了。东乡悲剧的要点，在丁宝桢看来就在于当地农民力量的失控。
依据以上事实，丁宝桢对相关人等的处理意见如下：
袁廷蛟纠众围城、勾匪烧抢、围困官兵抢夺军装马匹、率众扑营，按“谋反”罪判斩立决。
东乡知县长廉，不能革除弊政，又在袁廷蛟起事之初不能立刻查办，工作疲软，革职；署理东乡知县孙定扬处置严重失当、刺激百姓，又仓皇请剿，致使事件升级为军务，酿成大案。孙定扬革职，从重发往军台效力赎罪。孙定扬声明老母现年八十三岁，自己是独生子，符合“亲老丁单”的免罚条件，申请免于发配；绥定知府易荫芝，做事糊涂、作风不实，因已经降为通判，免于处罚；继任知府王元晋、继任知县周瀚未能禀报袁廷蛟闹粮、带兵将领纵容掳掠等实际情况，工作疏忽，请求交部议处。
记名提督刘道宗、记名总兵雷玉春率部杀伤百姓，属于正常战斗伤亡，但治军不严，且刘道宗携眷随营。刘道宗革职，杖一百，流三千里，从重发往新疆效力赎罪。雷玉春革职，杖八十，发往军台效力赎罪；记名提督李有恒并无滥杀无辜、携眷随营等事，但身为总指挥，不能整饬军务，对部将携眷随营、兵勇军纪涣散情况毫无觉察，属于溺职，革职处分；地方军官许安国、杨开泰、蔡启祥等原本可以将动乱扼杀在萌芽状态，却在带兵查办时，畏众潜逃，并丢弃军火、器械、马匹，懦弱无能到极点，一并革职。
局绅王宗恩、团首吴芳体等人经收的税粮都缴官呈解，并无勒派浮收，且都受袁廷蛟的严重伤害，不另行处罚，无罪释放。
前任四川总督吴棠骤然调动大军，办理并非恰当，交部议处；护理四川总督文格失察部队军纪，交部议处。
丁宝桢基本维持了文格的观点，同时增加了众多细节和判断。奏折递上去后，慈禧太后以“此案重大，人命攸关”为由，交给六部九卿会同审理。东乡事件已经成了朝野关注焦点，且涉及数以百计的人命，慈禧要求务必公正清楚，做成铁案。丁宝桢的结论下发朝廷各大臣、各衙门后，议论纷纷。赞同者有之，但更多的人提出诸多疑问。尤其是四川籍官员，义愤填膺，斥责丁宝桢陈述并非事实。因此，大多数公卿大臣拒绝在文书上签字。
只要有人不签字，会审就通过不了。事情又拖了下来。这一拖就拖过了年。光绪四年正月，著名的清流党人、翰林院侍讲张佩纶上奏弹劾丁宝桢轻纵李有恒。张佩纶指出，传闻李有恒事先买通劣绅为自己鸣冤，丁宝桢被蒙在鼓里；也有传闻，丁宝桢派人实地调查，得出的并非实际情况，而是事后粉饰过的。京城里还有人说丁宝桢一开始就对地方骚乱抱有成见；甚至有人说丁宝桢回护文格，是因为他在山东就不干净，需要文格同样替他回护。总之，丁宝桢不具备审明案件的客观性、公正性，张佩纶奏请直接派员专查此案。
二月初一，上谕推翻丁宝桢的结论，启动重审，委派前任两江总督李宗羲查明案情。李宗羲是何许人也？李宗羲是四川开县人，道光二十七年进士，在地方任职期间遭遇太平天国起义，遂积极镇压太平军，敢闯敢干又能干成事，积功升迁至封疆大吏，历任多地巡抚、总督，经验丰富且有清正廉洁的名声。光绪元年，李宗羲因病卸任，在开县老家休养。开县与东乡县相邻。从多方面来衡量，李宗羲都是合适的查案人选。于是，李宗羲继文格、丁宝桢之后，成为第三任查案的朝廷大员。那么，他能挖掘出真相吗？
光绪四年四月初四午后，东乡南关外胡金华的客栈里，来了两个穿着布衣长衫的年轻人，一个三十岁上下，另一个二十三四岁的模样，前来投宿。一名挑夫挑着行李紧随其后。胡金华殷勤接待，两人自我介绍说是万县人。胡掌柜又询问姓名，一个自称王松圃，另一个自称王仲辅，此行是前往东乡县黄金口省墓。当日夜晚，两位年轻人在楼上饮酒，招呼胡金华同饮。三人天南海北地闲聊，很快谈到了两年前袁廷蛟围城一事。二人问胡金华有无看到乱军、有无刀矛器具。胡掌柜略微迟疑了一下，随即将知情之处一一告知。第二天早起，年幼的王仲辅感染风寒，在客栈养病两日。初六，两个年轻人告别胡金华，朝县城北门走去，说要雇船下河前往黄金口。四天以后，也就是四月初十的下午，两人返回客栈宿夜，向胡金华诉苦说银两用尽，缺少盘缠回家，提出将行李抵押给胡金华借贷几两银子。胡金华看二人相貌端正、衣冠整齐，一口应承了下来，当场借出五千文铜钱，并不要两人的行李。王姓二人答应回家后差人来还，并于第二天雇了两乘轿子，动身返乡去了。
四月二十二日，一个爆炸性消息在东乡县城疯传开来：两江总督李大人驾临！当日晌午，李宗羲一行十余人入住了东乡城内后街的同升客栈。胡金华好生羡慕同升客栈。谁知第二天晚上，有人打着硕大的两江总督部堂灯笼，登门拜访小店，说是总督大人的二少爷、侄少爷来还借款本金五千文、外加利钱二百文。胡金华这才知道十多日前住店的两个年轻人，年轻的是李宗羲的次子，年长的是
其侄子。胡金华只收下五千文，谢绝了利息。第三日晚上，硕大的灯笼又照耀胡金华的小店，李家还是要送利息，胡金华继续谢绝。如此高调的你来我往，顿时宣扬了胡金华的诚信品德。大家皆大欢喜。
同升客栈的掌柜廖化龙细心接待李宗羲一行十一人。领头花甲之年的老人，高额长眉、气宇轩昂、不怒自威；身后有一名二十几岁的年轻人，主动料理一切，他向廖化龙自称是袁宾瑜，是李大人的门生兼亲戚。两人带有挑夫二名，轿夫五名，跟班二名。东乡知县梁融闻讯，迅速赶到，手持名帖恭恭敬敬求见。袁宾瑜领着梁知县到李宗羲客房谈话。此时，袁廷蛟的母亲也闻讯跑来同升客栈，大喊冤枉，要投递呈词。袁宾瑜命跟班拦住不接。袁母悻悻而去。
四月二十三日，梁知县差人将东乡案件相关卷宗文书，一并送到客栈。李宗羲赴知县衙门礼节性回拜。途中，袁廷蛟母亲拦轿喊冤，呈上状词。李宗羲接收了下来。朝廷大员入驻东乡，县城内外议论沸腾，都认为是彻查袁廷蛟事件而来，向廖化龙打探消息者不在少数。可惜，李宗羲一行保密工作做得极好，廖化龙并不知晓什么内幕情况。他只是注意到二十三日早饭后袁宾瑜就出城去了，李宗羲则逗留至二十五日早上返回开县。几天后，廖化龙听说袁宾瑜返回过县城，但没见着。不过，总督大人大驾光临，足以让廖掌柜炫耀多时了。
光绪四年六月初六，李宗羲上奏了查访结果。对于事件的前半段，李宗羲与丁宝桢的结论大致相同，认为是官绅通同浮收、袁廷蛟聚众算粮、知县孙定扬冒昧请兵。李宗羲在丁宝桢的调查之上增加了细节，厘清了几个重要问题。
第一，东乡税银向来以钱完纳，地丁、津贴、捐输、茶税四项合计，十倍于正税。这还不包括本地特有的斗厘、猪厘等苛捐杂税。地方局绅提前垫银交官，然后加上利息，而且是利滚利地向百姓征收。乡民不堪承受，怨声沸腾。
第二，袁廷蛟响应知府易荫芝调解，要去府里算账。局绅们骗他回县里，说先和四乡局绅清算再去府里，导致袁廷蛟违限不到，算粮之举不了了之。袁廷蛟得知后，和局绅矛盾激化。此时，团首李开邦、吴芳体邀请袁廷蛟到官渡场，与局绅梁天贵算账。当夜住在文昌宫。李开邦、吴芳体指使放火，诬告袁廷蛟抢场，并杀伤九人。会匪吴奉山带着数十人闻风而至，扬言替袁廷蛟报仇，其实是乘机抢劫。花行、盐店就是在此时遭到打砸抢。
第三，知县孙定扬听说官渡场滋事，最先是派局绅张裕康带数百名兵勇前去探听情况。老百姓最恨张裕康这样欺压乡亲的劣绅，男女齐占高山同声谩骂。张裕康吓得跑回县城，谎称袁廷蛟叛乱，怂恿孙定扬请兵剿灭。在请兵一事上，局绅们不顾是非、态度积极、怂恿官府，难辞其咎。
大军进驻之后，李宗羲调查认为：李有恒等人借口搜查袁廷蛟，攻破寨硐，滥杀无辜。这个结论与丁宝桢截然相反。
官渡扑营一事，起因是官兵漫无纪律，在乡村抢夺食物，且强奸了赵尚达的儿媳妇。百姓愤而聚团，要讨个说法。恰好此时团首李开邦、吴芳体对入场交易的粮食每斗抽一升捐税，遭到百姓王英祥的反对。李、吴便诬告王英祥为袁廷蛟党羽，官兵将他拘拿营中。王英祥的哥哥王盛祥，带上团练百余人，在官渡场后山梁吹筒喧嚷，要求官兵放人。刘道宗以为百姓要扑营，派兵出战。战火就此点燃！此战中，王盛祥、王英祥兄弟及无辜百姓一名先后被杀，百姓更加恐惧，纷纷躲进山寨，误会进一步加深。
关于尖峰寨战斗，李宗羲访查结果是战场被杀及坠崖而死的一半是老弱妇孺，其中有七十多岁的赵尚和、庞张氏等老人，也有三四岁的王长生、赵富元等小孩。官兵还掠去了寨中的年幼妇女，大部分妇女被家里人用钱赎回，只有赵尚友、赵尚功的妻子，至今没有消息。千金硐攻破后，也存在绑架妇女的情况，艾玉娣、程戌娣、艾李氏、程于氏等八人至今没有消息。有艾英芝、程文汉呈词为据。
李有恒破寨之后，又轻信李开邦、吴芳体的指使，继续进攻千金硐。百姓闭硐固守，李有恒就令宋家坪素有善人之名的罗心仁到硐前劝说，承诺只搜袁廷蛟并不滋扰百姓。结果，赚开硐门后，不分老幼，官兵屠杀了四五十人。先骗开大门，再滥杀无辜的情况同样发生在小尖峰寨、斑鸡硐、灰包硐、巴壁硐等地。此外，官兵借搜索为名，将粮食、衣物、牲畜劫掠一空。烧毁瓦屋数以百计，茅草屋不计其数。
李宗羲还调查出诸多案中案：袁廷蛟算粮之初，盐枭马洪仑率领上百盐贩，浑水摸鱼，将与盐商冉正儒纠纷时遭官府监禁的杜姓盐贩抢走。李有恒大兵驾到后，局绅向若璠、冉正江挟仇，诬告马洪仑是袁廷蛟同党，把袁廷蛟藏匿在寨中，请兵剿办。李有恒发兵攻破雷公、凤头二寨，杀死上百人。马洪仑夫妇服毒自杀，李有恒破寨后，斩马洪仑首级送东乡示众。平时与向若璠有隙的唐乐籍一家，也遭到官兵洗劫。唐家遇害十三人，财物掳掠一空，向若璠的团丁还轮奸了唐家女眷唐向氏、唐郭氏、唐王氏。有唐乐籍的孙子唐占元控状为凭。李有恒的滥杀不只于东乡，还分派官兵，以捕拿要犯为名到附近各县作恶。被官兵找上门的人家，轻则倾家荡产，重则毙命。李宗羲查处东乡十五甲的李廷鸾、开县道林寺的僧人普集，都死于官兵的袭扰。李宗羲说：“李有恒奉调回省，而人心乃定已。”可见李有恒所部在东乡祸害之深。
纵观整个事件，李宗羲认为东乡局绅侵蚀捐税多年，而且每次都联名倡议，如果株连过多，将影响地方稳定，建议重点惩治劣绅。团首李开邦、吴芳体与局绅向若璠三人，是东乡著名痞棍，无恶不作，撒谎请兵，又公报私仇，民怨最深。尖峰寨、千金硐、凤头寨百姓亲眼看到三人在阵前向官兵指手画脚，引导官兵抢掠。李宗羲沿途收到百姓控状十余份，大多是控告三人。李有恒身为统领，不确切查明袁廷蛟踪迹，却妄攻寨硐，杀死数百人，且军纪败坏，纵容部下奸淫掳掠。李宗羲认为这四个人是东乡血案的罪魁祸首，应该严惩不贷。