兵部的糊涂账
周恩绶图谋作弊，疑点很大，专案组认为是一条重要线索。
专案组迅速提来周恩绶等人严讯。兵部堂书陈政证实周恩绶确实曾两次央求他和鲍干盗用印札，许垚奎也供认聚众赌博，赌赢后利诱鲍干盗印。周恩绶一开始拒不承认，经与鲍干、陈政、许垚奎三人对质，才交代了缘由：
江西省绿营军官郭定元寻求升迁，由于已经四十八岁了，怕年龄过大影响升迁，恳求武选司江西科书吏沈文元将档案年龄改小了五岁，沈文元暗中帮忙做了改动。结果到了两江总督衙门那里，发现郭定元年岁不符，咨请兵部核看履历原件。这就给沈文元出了难题。他当时正要由吏转为官，机会难得。为了奖励长期兢兢业业、卓有成绩的吏员，清朝给书吏设计了由吏转为官的入仕途径。虽然只是从九品小官，但却是身份的质变。沈文元生怕查出修改档案一事，便找到鲍干、陈政帮忙偷盖大印以便回复两江总督衙门。二人不同意，沈文元又转托周恩绶。周恩绶三番两次都没能说服鲍干，就用一张空白札付，私自填写改换年龄的档案冒充原件。沈文元给了周恩绶五十两银子。这是一桩舞弊案中案，但舞弊者觊觎的是兵部堂印，而非失窃的行印，且最终也没有得逞。专案组判断，周恩绶舞弊应该与行印失窃无关。
查案初期，专案组没有特定侦破方向，没有特定嫌疑人，审讯多头并进、全面开花。受审的书吏差役们口供繁杂，加上随意指认，议者纷纭，专案组千头万绪，核查任务繁重。即便查了，真假难辨，更加云里雾里。承审官员叫苦不迭，而临近秋审，其中的刑部官员要准备正事，纷纷借机离开。刑部官员是专案组的主审人员，经验丰富，审案全靠他们。他们离开后，审讯人手严重不足，失印案虽然没有停止，但实质上已经停顿不前了。
四月三日，嘉庆皇帝谒陵回到大内，仍然没有见到失印案的审讯报告。庞大的专案组用了将近一个月时间，竟然对案子还毫无头绪！嘉庆下令将绵课罚俸半年，曹振镛、英和及刑部堂官各罚俸半年，承审此案的其他官员罚俸一年，严令他们从次日起每天赴刑部审案，早去晚散，不可懈怠。
在皇帝严令之下，审讯工作迅速升级。所有官员云集兵部，调集人手把衙门大院和毗邻民房仔细搜检，就连房屋内的炉灶及院内浮土都不放过，一一刨开察看。强光照耀之下，任何污泥浊水都暴露无遗。
专案组首先发现兵部衙门聚众赌博现象严重。每天下班之后或长官不在，该部从大堂到厨房都成为赌场。库丁在水房赌钱，差役在厨房聚赌，衙门里喝来喝去，乌烟瘴气。其次，兵部的官员值班制度并没有贯彻落实。当月官员夜间并不在署值宿，偶尔有一两人在署过夜，也是次日一早就回家，没有做到随时有人。本应当由官员掌管的堂印及库门钥匙，白天由当班兵役掌管，夜间交值宿书吏收存。钥匙管理混乱，作弊隐患巨大。再次，专案组发现兵部仓库后的围墙有新堵上的门形。经讯问，原来是衙役黄勇兴因为儿子要娶媳妇，想将花轿穿衙而过，就在嘉庆二十四年九月十一日凿开了兵部仓库的后墙，直通街外。失印案发当日，他才匆忙堵上门洞。专案组要捉拿黄勇兴问话，发现其已于嘉庆二十五年四月初一病故。同时，专案们还发现领班衙役靳起凤在仓库后头居住，他的小院也有后门通往大街，只是加了封条而已。至于专案组问话的兵部官员，很多人一问三不知，对所管工作生疏得很，更不用谈对衙门和属下书吏、差役们的掌控了。
大印丢失杳无音讯，兵部政务废弛、漏洞百出的问题却一览无余。兵部官吏玩忽懈怠到了极点，种种规章制度形同虚设，在这样的大环境中丢失大印也就不足为奇了。作为天下最高军政机关的兵部，不能做到戒备森严固若金汤，起码也得做到工作有序、照章办事，为什么会出现如今这般颓废荒唐的景象呢？
兵部官员们难辞其咎。兵部设官员两百多名，但日常在署办公的估计不会超过二十名。客观而论，传统政治下的官员所学非所用，加上调转频繁，对业务工作很生疏。而兵部事务又是专业性比较强的工作，不是读圣贤书出身的文官们能轻易驾驭的。所以，绝大多数的兵部官员来了衙门，也没有多少公务处理能力，只能依靠下面的书吏和差役们。吏役群体长期盘踞衙门，熟悉规章制度，又利用长官们的畏难情绪，上下其手，营私舞弊。主观而论，评判官员职业生涯成功与否的核心标准或者说唯一标准，便是品级的高低。兵部官员们追求的不是政绩出色、业务精湛，而是早日升迁，因而，他们势必将时间和精力投向攀缘逢迎、交际应酬。平步青云春风得意之人，多是孜孜以求仕途之人。埋头工作处理政务的官员，被官场视为异类甚至是笑话。首先，工作越多出错越多，清朝官员考核严格，公务差错会耽误升迁，得不偿失。工作越多越占用的时间和精力越多，这影响迎来送往谋求升迁。因此，当官和做事渐渐成为对立名词。在清朝，寻求当官者不干事，认真干事者升不了官。官场给初入仕途者传递了这样的信号：要想升官，就别埋头干事。其次，清朝衙门办公条件简陋。各衙门缺乏办公经费，官吏需要自筹费用办公；衙门的冷板凳也不好坐。吏部官员何刚德记载清朝吏部值班的当月处“屋极湫隘”，夜里“阖署阒无一人”，给值班官员的晚餐菜只一碗两碟，清苦得很。吏部如此，兵部类似。可是各部又不能没有值班官员，这项苦差就交给了新分配到部、资历浅的新任官员了。明了上述情形，兵部官员不在兵部办公便可以理解了。他们能定期到所管衙门点卯报到就算应付工作了，稍微负责一些的，不时地蜻蜓点水般查问一下书吏们经办的公文，其实也是一知半解不明所以。
嘉庆皇帝得到报告，降谕痛骂兵部：“各衙门当月司员，在署直宿，库门印钥即其官守，乃并不自行监管，全委之吏役人等，听其取携自便，启闭随时。至官廨为办事公所，门户墙垣关防紧要，乃以皂隶贱役，辄敢穿穴围墙，自辟门径，其娶媳妇之花轿嫁妆竟穿衙门而走，而堂司官竟毫无见闻，全同木偶，实属溺职。即此二事，可见该衙门废弛已极。”
在皇帝看来，整个兵部都烂掉了，完全没法要了。嘉庆掀起了第二波严厉的问责浪潮。以仓库后墙开洞的日期为节点，涉及官员都遭到处分。直接相关的官员立刻革职，没有保管钥匙的官员永远停升。对兵部堂官的惩罚最能说明严厉程度：去年时任兵部尚书松筠是治边有功的元老重臣，现已调任盛京将军，年近古稀，因本案降级为山海关副都统；继任兵部尚书和世泰是皇后的亲弟弟、嘉庆的小舅子，且在任不到半年，嘉庆也毫不犹豫将他革职，同时革去御前侍卫、正蓝旗满洲都统等职位，仅保留总管内务府大臣；刚刚来兵部代理尚书的普恭，上任才五天时间，也受到“降三级留任”的处分。在第一波问责浪潮中已经遭到降级的戴联奎、常福等四位堂官，现在改为革职。可以说，兵部前任和在任官员几乎清洗了一遍，以为玩忽职守者戒。
严惩只是善后，并不能帮助破案。又过了半个月，四月十七日，兵部失印案还是没有审出实情。专案组由庄亲王绵课领衔上奏，自请处分。此举看似无奈，其实是脱身之计。专案组诸位审讯了一个半月，拷问上百人，连有价值的破案线索都没有找到，实在无计可施，希望通过处分自己由皇帝另派他人接手这个烫手山芋。
嘉庆皇帝也认为专案组无能，同时认为失印案经过绵课等人多日审讯，嫌疑人口供屡次更改，此时再另委他人审理于事无补，更加拖延时日。嘉庆的态度是，绵课等人既要受处分，也要继续审出实情。于是下令将绵课等人先行拔去花翎，曹振镛等人降为二品顶戴，严令他们加紧审讯，限定在五月五日之前查出窃贼或起获行印。如能限期前破案，予以开复；否则，将于六日另行降旨治罪。
专案组脱身不成，只能硬着头皮继续“磨”案子。压力有时候真的能激发破案的潜力。绵课等人重新梳理案情，发现口供之中存在疑点。兵部衙门形同赌场，书吏差役们聚赌成风，那么赌资从何而来呢？其中，赌资玩得最大的是书吏们。兵部书吏胆大妄为到在办公区域及各书吏家中轮流聚赌，输赢高达数十两甚至上百两。而他们的合法收入每月才区区几两饭食银。其中输得最惨的就是最早的重点审查对象鲍干。鲍干于本年二月间曾在许垚奎家中输了一百吊京钱和五十两银子，输红了眼要一注押二百吊，其他赌徒不许。鲍干当场翻脸嚷骂，为多人所证实。鲍干这个中年书吏，看似老实，想不到隐藏着亡命赌徒的一面。
进一步调查发现，行印的入库和请用，鲍干都是主要经办者；发现失印时，鲍干毫不慌张，在其他人四处查找的时候提出以车驾司的行印充抵；受审时，鲍干多次揭发别人，提供了多条办案线索，都查而无用。鲍干充当兵部书吏多年，凡事肯帮忙、有担当，在书吏中有威望，看似不起眼，其实是书吏群体的关键人物。承审的刑部办案老手们的直觉判断，这个人身上有故事！
专案组把鲍干定为重点嫌疑人，严刑拷打。鲍干确实“有故事”，咬牙硬撑，顶住了刑部的刑讯拷问。不管刑部用什么方法，鲍干继续东拉西扯或者坚决否认，就是不吐露有价值的信息。刑部官员经验丰富，对鲍干使出了审案的“大招”——熬审。
所谓“熬审”，就是审案者轮番上阵，嫌疑人昼夜无休，连续不断受审。熬审之下，嫌疑人不是突破生理和心理极限，如实招供，就是难免精神恍惚，露出破绽。审案者根据嫌疑人供述细节上的疑点，或者利用供述前后矛盾冲突之处，找出漏洞，深挖下去。刑部官员也不再拷打鲍干，而是不让鲍干睡觉，反反复复讯问行印出入细节。鲍干起初供述还很正常，好几天没有睡觉后，反应开始迟缓、回答的内容开始游离，在说到去年行印入库情形时提到何炳彝等人只于印囊外加封，并未开启印匣。
然而，之前何炳彝与庆禄两人可是明确说过亲手打开了印匣，目睹大印无误后再办理入库的。庆禄还信誓旦旦地用脑袋担保呢。如今，入库的目击者鲍干却说没有开匣检查，这可是一个重大纰漏。何炳彝、庆禄迅速被提到刑部接受严厉审问。二人起初坚持大印正常入库。但刑部官员有备而来，存放兵部行印的印匣是有木屉的，同时印囊上有四五个骨扣，而从稿堆上寻出的空匣并没有木屉，囊上也只有一个铜扣，也就是说失印现场发现的匣子，根本就不是装载行印的匣子！这是怎么回事？何炳彝、庆禄两人在证据面前惊慌失措，胡言乱语几句之后不得不承认去年秋围结束以后，兵部行印归还仓库，他们两个人只瞟了一眼就让入库了，根本没有查看。匣子里有没有大印，谁都不知道！三月失印案爆发，两人为了撇清责任，串供咬定行印正常入库，严重误导了专案组的思路。
专案组之前是判断行印于入库后在仓库失窃，如今看来查案的重点要提前到去年秋围期间。大印是否在秋围期间就已经丢失，又是谁办理了虚假入库？