艾滋病病毒／艾滋病在非洲各地肆虐，摧毁了无数生命、家庭和生计，并使劳动力大量减少。例如，南非或博茨瓦纳的预测表明，如果不迅速降低目前的感染率，这些国家将出现大规模的劳动力短缺。虽然其他国家的感染率相对较低，但情况同样令人担忧，在缺乏正常运作的卫生和福利制度的情况下，女性往往既要照顾家人，又要扛起家庭经济的重担，而经济的大气候却也不能给她们提供多少工作机会。

在父权制环境下，对艾滋病病毒／艾滋病肆虐的第一反应是进一步加强对女性性行为的管制，而男子仍然可以自由地拥有多个性伴侣，即使知道自己已经被感染，也可要求与其伴侣进行性行为。非洲的各类机构和各国政府逐渐认识到，这种做法对这一流行病是无效的，非洲联盟的《非洲性别平等庄严宣言》和《〈非洲人权和人民权利宪章〉关于非洲女性权利的议定书》都认为，安全和自愿的性行为对控制艾滋病病毒／艾滋病的蔓延至关重要。

如果非洲国家放弃对同性恋者的敌意，承认他们固有的性选择和性取向权利，将会对艾滋病的防治大有裨益。由于自身的权利得不到保障，许多同性恋者不得不转入地下。加纳媒体最近的报道令人震惊，大量地下同性恋者社区的成员都被检测出艾滋病病毒阳性。社会控制机制反而为艾滋病病毒从同性恋者传到异性恋者提供了一个途径，由于害怕“出柜”，很多同性恋者不得不继续与异性交往。

总的来说，同性恋权利已成为一个非常有争议的问题，整个非洲的“同性恋恐惧症”（“恐同症”）现象日益严重，对同性恋者及其支持者和倡导者的攻击，往往得到国家及其代理人的直接或秘密支持。以传统主义者、道德家、政治家和宗教领袖（包括基督徒和穆斯林）为首的同性恋反对者认为，同性恋不属于非洲，是西方人强加在非洲文化中的，同性恋是一种后天形成的变态行为，与“自然的”和上帝赋予男女的性设计相悖。除了否定同性恋者和变性人表达另类性取向的权利，非洲恐同者与包括西方在内的全世界其他国家的同道一道，也谴责同性恋者是“不自然的”，违背了上帝的法则。但是，对同性恋者敌意的核心仍然是致力于捍卫父权制和性别化的社会秩序和权力关系，多种和另类的性取向以及生活方式已经对其产生了威胁。