非洲的本土或原住民群体呈现出非洲国家负责代表的另一种多样性。在非洲背景下，本土性这个概念本身就是复杂和有争议的。非洲的一些群体将他们自己定义为“土著”，依据主要有两种：其一是独特的生计策略，而这些策略往往与大多数人相冲突；其二则是声称自前殖民时代以来他们一直在所占据的土地上生活和传承他们的文化。从历史上看，他们在现代非洲民族国家中往往都是经济上和政治上被边缘化的群体，但他们寻求保护自己的语言、自己的文化和在这些国家中保留“原始”土地的权利。然而，当不同的群体提出关于起源和迁徙互相矛盾的历史叙事时，就会出现冲突。

随着非洲各地越来越多的“土著”开始提出要求，并寻求国家和联合国等政府间组织的保护，这些对本土性的对立主张也变得愈加明显。其中最大的群体之一跨越了南部非洲几个民族国家的边界，这是一个被称为桑人、巴萨瓦人（Basarwa）或者布须曼人（Bushmen）的族群。其人口主要散布在博茨瓦纳、纳米比亚、南非和安哥拉。这个多样化的族群在传统上以狩猎-采集为生，由一些群体组成，如！Kung、／Xam和‡Khomani（这些名称中的符号都代表一个独特的以搭嘴音为基础的辅音）。据估计，这些当代群体的远亲已经在该地区生活了数万年。

在博茨瓦纳和南非，桑人的代表都提起了一些引人注目的诉讼，以维护祖先对土地的权利，反对国家强制搬迁，并寻求对文化习俗的保护。在博茨瓦纳，桑人的组织自20世纪70年代以来一直在反对政府在卡拉哈里沙漠的传统放牧和在移民区进行的重新规划。在南非和纳米比亚，类似的法庭斗争近年导致出现了几个代表这些群体进行游说的跨国活动网络。

撒哈拉和萨赫勒地区的图阿雷格人也参与了与阿尔及利亚、尼日尔和马里等国的斗争，以争取国家对经济发展的更大支持，提高政治代表权，并保护其文化遗产。然而，与桑人不同的是，一些图阿雷格人选择通过武装叛乱和起义来捍卫自己的主张。图阿雷格人对殖民国家和独立国家的武装抵抗由来已久，第一次这种统一的叛乱发生在1916年。到了20世纪90年代初，其在尼日尔和马里的叛乱迫使这些国家的政府作出了让步。2006年，图阿雷格群体和马里国家之间的对抗再次爆发，当时图阿雷格士兵洗劫并毁弃了一个地区军营。国内和国际穆斯林战士也在该地区活动。利比亚内战和穆阿迈尔·卡扎菲的死亡不仅导致曾为卡扎菲服务的图阿雷格人返回了马里，他们也把先进武器一起带了回来。图阿雷格人中的好战派及其伊斯兰主义者盟友利用军事优势和巴马科政变造成的权力真空，建立了对马里北部的控制，包括加奥和廷巴克图，并在2012年4月宣布成立独立的“阿扎瓦德国”（Azawad），但法国的介入驱逐了掌控叛乱者。目前，图阿雷格世俗派希望与最近当选的、政变后的马里政府谈判，以实现地区自治。这一案例表明，一个声称拥有本土性的边缘化群体的不满会如何导致复杂、动荡而又难以解决的局势。