欧洲列强在19世纪末的殖民干预中与穆斯林政治领袖进行了正面对抗，收编了一些精英，使用武力征服了余下部分。在埃及，英国在19世纪80年代一方面建立了对该国的霸权，另一方面仍然维持着象征性的王朝统治。在苏丹，英国面对的是马赫迪，交战后英方击败了他的继任者阿卜杜拉（Abdallah），阿卜杜拉于1898年率领军队同英国、埃及联军打响了恩图曼（Omdurman）会战，并最终和约两万名穆斯林战士一起死去。欧洲人的干预有时会导致穆斯林发动游击战，如在阿尔及利亚和索马里，苏菲派领袖对殖民当局发起了几十年的持续袭扰，最后才被欧洲人打败。一些穆斯林移民到阿拉伯半岛，以避免生活在欧洲殖民统治之下。还有一些人认了命，退出政治舞台，专注于宗教。奥马尔·塔尔的亲属反应各不相同，有与法国人作战并牺牲的人，也有与殖民当局合作的人，还有的比如奥马尔的孙子博卡尔·萨利夫·塔尔（Bokar Salif Tal）等人，致力于利用苏菲派教义在奥马尔多年前曾经占领过的地区扩大伊斯兰教的影响。

一些穆斯林精英阶层与欧洲殖民当局保持着密切的关系，共同塑造了殖民地经验。例如，在前文提到的索科托哈里发国，素丹反抗殖民入侵未果后，穆斯林群体与英国人达成了谅解。英国保留了穆斯林精英的职位，并允许行使伊斯兰教法，维持之前的相关秩序，但在某些领域实行控制，如废除某些种类的体刑，并逐步结束尼日利亚北部的奴隶制。其他地方也出现了类似的精英和解，如英国与桑给巴尔的阿曼社会精英之间的关系。法国人与塞内加尔的苏菲派领袖阿马杜·班巴（Amadu Bamba）的关系则更为暧昧。班巴试图与政治保持距离，但他吸引信徒，包括曾被奴役的人的能力导致了法国人的猜忌，于是他两次被迫从塞内加尔流亡，并被软禁到1927年去世为止。班巴的穆里德（Muridiyya）教团最终获得了法国人的认可，他们从经济作物种植中获得物质支持并不断扩大规模，同时继续注重伊斯兰教育的普及。

在欧洲殖民时期，撒哈拉以南非洲的穆斯林人数有所增加。穆斯林精英群体与殖民者的和解使伊斯兰教在一些地区获得了受人尊敬的地位，但启发式布道作为赢得新信徒的主要方式一直无可取代。苏菲派领袖欢迎新来者如曾被奴役者加入他们的教团，为外来者提供进入基于宗教而非阶级或亲属关系的新团体的机会。苏菲派领袖用口语化的语言创作诗歌，在他们的宗教仪式中加入了舞蹈和鼓乐等当地文化表现形式，并培育了能够支持商业种植或贸易活动扩大化的组织。针对当地人对宗教领袖治病救人的期望，他们提供草药，并根据《古兰经》经文制作护身符，以为民众提供灵性保护。一些领袖出身于穆斯林的学术世家，但苏菲主义对精神修炼的强调意味着虔诚的弟子可以迅速登上高位，因此也有一些宗教领袖出身低微。苏菲派领袖在当地建立组织，与此同时与全球苏菲派网络也有联系。

苏菲主义的扩张也改变了女性的生活。一些苏菲派领袖会为他们的姐妹、妻子、女儿和其他女性亲属提供教育机会，并引荐她们加入教团。这些女性通过在家中进行的性别隔离的日常活动（专属女性从事的家务活），又会把其他女性带入教团。随着女性加入运动，苏菲派领袖经常允许男女一起参加诸如先知穆罕默德诞辰纪念日（圣纪节）的庆祝典礼和祷告会等公共活动；考虑到当地穆斯林的着装标准，女性通常会选择穿着较为简朴的服装。然而，这些聚会还是招致了一些穆斯林的批评，并且随着时间的推移，造成了更广泛的性别隔离。例如，20世纪的索马里见证了女性苏菲派活动的兴起，女性在活动中朗诵“西塔特”（sittaat），即祈求伊斯兰教早期历史上著名女性保佑的赞美诗，她们相信这些人物可能会帮助她们解决生育或分娩的顾虑和问题。

其他穆斯林也为伊斯兰教在撒哈拉以南非洲的推广作出了贡献。在农村地区，曾被奴役的人回到他们的原籍，其中的有些人仍然信奉他们主人的信仰，并在新的环境中对其进行重新塑造。在城镇地区，担任警官或殖民当局职员的非洲穆斯林在遇到非穆斯林时，会尝试说服一些人皈依伊斯兰教。也有一些穆斯林成立了支持阿拉伯语学校发展的城市协会。海外的伊斯兰宣教者也很活跃。例如，印度穆斯林古拉姆·艾哈迈德（Ghulam Ahmad）于19世纪末创立的艾哈迈迪亚（Ahmadiyya）伊斯兰教派就曾派遣少量南亚传教士来到非洲，试图改变非洲人的信仰，并与非洲皈依者一起创办学校，将《古兰经》翻译成非洲语言。穆斯林一般不翻译《古兰经》，但也有人效仿艾哈迈德的做法。最值得一提的是，东非学者阿卜杜拉·萨利赫·法西（Abd Allah Salih al-Farsi）将《古兰经》的部分段落翻译成斯瓦希里语，并将其添加到他用斯瓦希里语编写的关于举行伊斯兰仪式的教学手册中。撒哈拉以南非洲的伊斯兰世界一直在努力推广他们的信仰，并为越来越多的新伊斯兰教皈依者提供必要的知识。

在北非，欧洲帝国主义带来了当地政治意识的转变。世俗民族主义是一股强大的潮流，但伊斯兰教同样如此。在埃及，教师哈桑·班纳（Hassan al-Banna）于1928年成立了穆斯林兄弟会［Muslim Brotherhood（al-Ikhwan al-Muslimun）］，该教派强调保守的穆斯林价值观，同时通过卫生诊所和社会合作社提供社会福利。穆斯林兄弟会反对英国的殖民统治，其军事分支在20世纪40年代曾参与制造爆炸和暗杀，最后班纳在当局的镇压和报复性杀戮中死亡。穆斯林兄弟会最终放弃了暴力，但它的早期历史影响了其成员之一赛义德·库特布（Sayyid Qutb），他撰写了关于穆斯林武装反抗腐败统治者的文字，这些文字至今仍然对极端主义分子产生着影响。