伊斯兰教的复兴和改革是19世纪的一件大事。很多地方的穆斯林开始质疑当时存在的伊斯兰宗教观念，强调先知穆罕默德及其同伴的道德榜样。一些改革者成立了新的组织，提供宗教教育和社会服务。这些思想和组织上的创新并没有被所有穆斯林接受，改革者之间有时会发生争执，形成了许多改革运动争夺信徒的局面。

苏菲派教团是非洲穆斯林复兴和改革的前沿阵地。苏菲主义（Sufism）重视精神修炼，弟子们通过诵读祷文等仪式寻求启迪，希望体验到与真主的亲近。苏菲主义改革派领袖利用教派的组织结构建立了新的团体，提供精神指导，并协助社会和经济事务。例如，在非洲之角，苏菲派把那些从本地宗族制社会中脱离出来的人安置到新的定居点，在那里提供伊斯兰教育，并协调当地农业和贸易的发展。一些索马里苏菲派教团表现得十分引人注目，它们允许教徒在宗教活动中通过喝咖啡和打鼓来获得感官刺激；另一些教团则谴责这些做法，力行严肃、简朴的仪式。苏菲派教团也在其他地方扩张：在北非，苏菲派历史悠久，并在19世纪得到振兴；在从塞内加尔一直延伸到苏丹的区域，以及非洲东部沿海地区，苏菲主义也是一种新的宗教取向。

苏菲派可以参与政治活动。阿拉伯语“吉哈德”（jihad）的意思就是宗教努力或斗争，它可以解释为非暴力的宗教宣传或内在的精神发展，但另一个重要的解释是为捍卫伊斯兰教而采取的武装行动（即“圣战”之意）。19世纪的苏菲派领袖似乎更认同后一种含义。例如，奥马尔·塔尔（Umar Tal）居住的地方位于今塞内加尔境内，他也是西非提加尼亚（Tijaniyya）苏菲派的领袖，他号召弟子在今天的马里境内与非穆斯林作战。奥马尔追随的是早期穆斯林领袖奥斯曼·丹·福迪奥（Uthman dan Fodio）的步伐，后者在19世纪初号召进行军事圣战，建立了一个覆盖今天尼日利亚北部大部分地区的广阔国家——索科托哈里发国（Sokoto Caliphate）。奥斯曼和奥马尔建立的伊斯兰国家对非穆斯林发动宗教战争，抓到的俘虏会被奴役，成为家庭奴仆或在大种植园工作，从而使得穆斯林精英得以自由开展宗教活动，比如用阿拉伯语和当地方言写作苏菲派诗歌。19世纪的军事圣战运动建立了几个由穆斯林领袖领导的国家，这些国家留下的遗产影响了尼日利亚北部和其他地方至今的政治发展。

其他地区的穆斯林也在19世纪参与了伊斯兰势力的扩张。穆罕默德·阿里（Muhammad Ali）在开罗、来自阿曼的布·赛义迪（Bu Saidi）家族在桑给巴尔开创的穆斯林王朝建立了庞大的帝国，并鼓励分别在埃及南部和桑给巴尔西部劫掠的商业冒险家搜寻象牙和奴隶。奴隶们在帝国中心地带的种植园工作，生产丁香等出口作物。苏菲派教团则在边缘地区活动，经常和背井离乡的人融为一体，成为新的穆斯林团体。例如，在当时属于埃及的苏丹北部领土上，穆罕默德·艾哈迈德（Muhammad Ahmad）因自称是伊斯兰末世论的“蒙受真主引导的人”（“guided one”）而被称为“马赫迪”（Mahdi），他在19世纪晚期起义并组织了一场武装运动，推翻了埃及的统治。