过去三十年来基督教最引人注目的是福音派五旬节教会和灵恩教会的蓬勃发展。这些教会起源于殖民时代的“神召会”（Assemblies of God）和其他教会在非洲建立的传教机构，但其主要发展还是在后殖民时代，且往往是以牺牲非洲独立教会和主流教会为代价的。五旬节教会和灵恩教会的非洲裔牧师借鉴非洲人对五旬节派教义的解释，强调个人得救、圣灵的洗礼、说方言、祷告医治和驱魔。此外，他们还利用大众传媒来突出自己的“现代”：他们大声广播教会的礼拜仪式显示自己的存在，并宣扬“繁荣福音”（prosperity gospel），将物质和精神的繁荣与上帝的亲自干预联系在一起。有些教会实际上提供了促进经济发展的机制，如向较贫穷的成员提供贷款以助其创业，但他们对此的解释仍然强调是上帝的干预才确保了人们财务上的成功。宗教领袖经常炫耀性地消费昂贵的服装、豪华汽车和最新的电子设备，以表示上帝的祝福。全球联系也影响着这些五旬节教会和灵恩教会，非洲和北美之间的福音传道者存在着交流访问。

一些学者将福音派五旬节教会和灵恩教会的兴起与20世纪70和80年代许多非洲国家的经济衰退联系起来。在普遍财政困难的时期，上帝赐福的承诺很有诱惑力。还有人指出，新富起来的非洲人之所以被一个排他性的灵修团体所吸引，主要是因为这样会减少他们在教会以外对家庭履行亲属义务的需要。在一个日益相互联系的世界里，全球交流也受到重视。这些社会学观察不谈，我们必须承认参加非洲五旬节教会和灵恩教会的“重生”个人拥有的强烈宗教团体意识。

主流基督教会不是一成不变的，很多教会采用了五旬节教会和灵恩教会的做法，如利用新兴媒体和说方言。举例来说，天主教传统中的灵恩运动在非洲以及世界其他地方蓬勃发展。非洲基督徒正在撰写神学著作，为新一代人阐释上帝的信息。其中一些非洲宗教领袖在非洲以外也获得了信徒，特别是在美国的新教教会中，那里的全国性教会对当代社会问题采取了较有争议的立场，进而引起了一些团体的反对。一些人认为，这些当代非洲人对经文的诠释遵循了《圣经》的字面要求，但所有解读的构建都具有社会性，不能绝对地将其描述为在多大程度上“符合《圣经》”。

非洲基督教团体有时会使用暴力来推进其事业。20世纪80年代，爱丽丝·奥玛（Alice Auma）在乌干达北部建立了一个名为“圣灵运动”（Holy Spirit Movement）的非洲独立教会。奥玛声称自己是一位从圣灵那里得到信息的先知，刚开始她主要是驱除恶灵，但她逐渐组建起了一支民兵队伍，即“圣灵机动部队”（Holy Spirit Mobile Force），在乌干达内乱时期保卫阿乔利人（Acholi）社区不受中央政府的进攻。奥玛声称，在信徒身上涂抹受到神灵赐福的乳木果油可以保护他们不受伤害，并带领圣灵机动部队在1987年取得了几次胜利。然而，当1988年她的部队向首都坎帕拉进军时，被乌干达军队击败。奥玛逃到了肯尼亚，但她的副手之一约瑟夫·科尼（Joseph Kony）——一个自称被神灵附身的前天主教辅祭，说服了奥玛的残余民兵和其他持不同政见者接受他的领导，进行叛乱活动。科尼领导的“圣主抵抗军”（Lord's Resistance Army）无恶不作，绑架儿童充当其士兵，并下令谋杀或残害平民中的可疑敌人。十年暴乱后，圣主抵抗军于2006年与乌干达政府签署了停战协议，科尼及其信徒撤到了刚果民主共和国［刚果（金）］东部地区，并继续在那里活动。有部网络电影《科尼2012》便围绕着这场运动展开，但这部电影缺乏历史性，它所掩盖的东西比它所揭示的东西更多。

基督教在非洲有着悠久的历史。早期的几个世纪，它开始在亚历山大和希波等城镇出现，在埃塞俄比亚等地扎下根来，不断延续，过去两百年间外国传教士和非洲信徒坚持传播教义，并将《圣经》翻译成了非洲语言，基督教因此在非洲发扬光大。非洲先知也在《圣经》的启发下创立了非洲独立教会，更为晚近一些出现的福音派五旬节教会和灵恩教会则强调圣灵在非洲的积极作用。除此之外，基督教有着更广泛的影响，因为教会学校提供了教育，这在殖民时期并不易得。非洲目前存在着多种多样的基督教表现形式，为不同教会之间的对话和竞争创造了机会。