基督教与欧洲在非洲的殖民统治之间的关系是复杂的。殖民主义的“文明使命”与基督教对非洲的愿景很接近，一些欧洲传教士在19世纪晚期鼓励非洲精英阶层与欧洲列强签署条约并结盟。尽管所有基督教的派别都在一定程度上于非洲建立了存在，但与宗主国有影响力的教会保有联系的传教士往往更能受到非洲殖民官员的青睐，法国殖民地的天主教徒和英国殖民地的新教徒就是例证。随着19世纪末起越来越多的欧洲传教士来到非洲，并取代了非洲基督教皈依者的领导位置，传教组织也开始呈现出与殖民主义类似的社会和种族等级制度。但也有一些传教士对殖民征服和统治巩固过程中的暴行持批评态度。具有讽刺意味的是，欧洲殖民官员支持那些举办本土宗教仪式的非洲政治领袖，而这些人正是传教士所谴责的。在某些情况下，殖民当局甚至会阻止基督教传教士在有大量穆斯林人口的地区（如尼日利亚北部地区）传教。

殖民统治为皈依基督教创造了肥沃的土壤。欧洲的殖民征服使人们对根源于非洲的宗教的效力产生了疑问，而殖民统治的巩固鼓励非洲人抓住机会接触基督教。传教士兴办的学校提供欧洲语言的教学，非洲人可以利用这一语言技能在殖民地官僚机构或欧洲人的公司担任职员。在非洲人重新审视基督教教会学校的同时，欧洲传教士也在改变策略，将儿童作为潜在皈依对象：两者相互加强，在殖民时代早期产生了年轻一代的皈依者。成年人的皈依也仍然在发生。例如，在卢旺达，跟随几十年前皈依的精英阶层的脚步，成千上万个农民在20世纪30年代加入了天主教会。机缘巧合也能起到一定的作用。在今天加纳的西北部地区，当一位爱尔兰传教士在当地干旱期间下雨的承诺成真时，一些农民便会皈依天主教；这些皈依者的子女随后进入了教会学校，并成为该地区充满活力的天主教群体的社会基础。

一些非洲人从传教会中分离出来，建立了新的教会，通常称为非洲独立教会（independent churches）。这些教会由非洲神父带领，名称各不相同，但有许多共同的特点，如更活跃的仪式生活和相信圣灵通过活着的先知发挥作用。例如，尼日利亚的阿拉杜拉教会（Aladura churches），或称“祷告教会”，就是在殖民初期由一群在尼日利亚南部殖民城镇从事行政工作的教会学校毕业生组成的基督教祷告圈子中形成的。在富有魅力的非洲神职人员的带领下，祷告圈子发展成新的教会，成员扩大到农村地区，并加强了对击鼓和治疗仪式的重视，而这些活动在当时的传教会是被禁止的。南部非洲的非洲独立教会，通常被称为锡安教会（Zionist churches），也强调非洲先知的作用和当地的象征主义；其中一些锡安教会参与了反对种族隔离和种族歧视制度的斗争。

学者们常常把与非洲独立教会有关的宗教变革称为基督教的“非洲化”（Africanization）。这个词有其优点，因为它使我们注意到非洲人如何结合自己的生活与基督教的教义而对宗教仪式作出调整。但如果说非洲独立教会比经历分离之前的传教会更具有非洲特色，那就会产生误导。一方面，传教会最终参与了关于礼拜仪式和领导权的讨论，随之进行的内部改革逐渐促使服务和礼拜仪式自由化，非洲人重新登上了领袖之位。今天，这些教会通常被称为主流教会（mainline churches），一般由非洲人领导，他们仍然隶属于传教士最初创立的天主教或新教团体。另一方面，对非洲化的强调掩盖了在非洲的所见所闻对欧洲传教士的改变。最近的研究揭示了跨文化交流如何影响了20世纪基督教在欧洲宗主国的实践。

在20世纪，大量非洲女性皈依基督教，并成为许多教会中具有影响力的成员。例如，在博茨瓦纳，基督教传教士的努力最初使恩瓦托人（Ngwato）的男性精英在19世纪末改信基督教，但到了20世纪20年代，基督教团体中占主导地位的成员变成了茨瓦纳（Tswana）女性，她们积极推动禁酒等社会事业。她们的宗教活动推动了茨瓦纳人社会预期性别角色的转变，在茨瓦纳人社会，女性原本负责酿造啤酒，且被排除在公共领域之外。女性在脱离传教会的教众中也发挥了重要作用。比如在肯尼亚，非常多的女性被非洲独立教会罗霍教会（Roho^[1]churches）的创始人阿尔法约·奥东戈·曼戈（Alfayo Odongo Mango）的宣道所打动。1934年曼戈在反对者故意引燃的火灾中去世后，这些女性保留了罗霍教会的信仰和做法；她们的赞美诗、歌曲和狂喜幻觉（ecstatic visions）是罗霍教会的继承者鲁韦圣灵教会（Ruwe Holy Ghost Church）的核心。

将《圣经》翻译成非洲语言对基督教团体的扩展十分关键。有些翻译工作是由熟悉非洲语言的欧洲人完成的，但大多数传教士还是要依靠非洲皈依者作为他们的助手；在另一些情况下，非洲人在翻译中起了主导作用。例如，在乌干达，干达人种（Baganda）的基督教皈依者率先将《圣经》翻译成（卢）干达语（Luganda），并使之随着20世纪初成功的传教浪潮被带到了远方。他们的翻译融入了当地“至高之神”和其他宗教话语的表达；更重要的是，他们让当地的宗教观念和习俗渗透到基督教的神圣文本中。翻译后的《圣经》也有其他影响。一旦《圣经》被翻译出来，随着时间的推移，译成的方言文本就成了标准。例如，非洲传教士于19世纪的尼日利亚南部传播了一本翻译成约鲁巴语的《圣经》后，不仅译文使用的约鲁巴语方言成了该语言的公认版本，而且《圣经》和当地传教活动还促使人们围绕约鲁巴语建构了统一的身份认同，这种身份认同在《圣经》的当地语言译本出现以前，并没有得到该语言众多方言使用者的承认。