最早的一些基督教团体位于非洲北部。尼罗河流域下游的亚历山大（Alexandria）是早期的基督教中心，西边的其他城镇也很重要，如今天阿尔及利亚的希波（Hippo），奥古斯丁在那里写下了流传于世的神学著作。由于当地的科普特人（Copts）和柏柏尔人接受了阿拉伯语，并在7世纪阿拉伯人征服此地后的几百年里皈依了伊斯兰教，基督教在非洲北部逐渐衰落。非洲北部仍有几个基督教团体，如埃及的科普特教会（Coptic Church），东正教在非洲则主要集中在埃塞俄比亚。阿克苏姆（Axum）曾是埃塞俄比亚的一个高原国家和区域商业强国，其统治者于公元4世纪皈依基督教。通过基督教修士随后的活动以及前后数个世纪埃塞俄比亚政治精英的支持，基督教在高原地区兴盛起来。时至今日，埃塞俄比亚台瓦西多教会（Tewahedo Church）拥有约4 000万名成员，是东正教传统中的一个自治分支，有自己的圣徒、宗教节日、用盖兹语（Ge'ez，一种起源于高原的古代闪米特语言）进行的礼拜仪式以及圣像。