休·特雷弗-罗珀和很多其他学者面对把古埃及作为一个非洲文明典型案例的做法会犹豫不决。许多人只把撒哈拉以南地区的历史看作非洲史，但人口迁徙和思想交叉渗透的历史证明这种肤浅的划分是错误的。几千年前撒哈拉沙漠才成为世界最大的沙漠，即便是在这之后，非洲人和其他人也经常带着新技术、新思想、新信仰和新的贸易品来往穿梭。仅仅六千年前，撒哈拉沙漠还有一片广阔的内陆海域，其沿岸定居点的居民有的以捕鱼为生，有的狩猎附近的动物，也有的则尝试驯化动植物。现存的撒哈拉岩画描绘了这些活动，最近的考古发现则显示了该地居民的社会复杂性。生态变化以及全球气候变化导致撒哈拉沙漠的干旱加剧，迫使大多数人口迁移到有着更有利环境的非洲大陆其他地区。尼罗河下游河谷是其中一个目的地。移居者们加入了其他继续对作物进行驯化实验的非洲人行列，因为人口的增长加强了其必要性。

在尼罗河下游河谷的金字塔和其他纪念性建筑崛起之前，非洲人就掌握了尼罗河年度泛滥的规律。这些人在非洲最先进行广泛的农业种植。最终，来自上埃及地区定居点的非洲精英对尼罗河下游河谷的人口实行了中央集权统治，古埃及这一阶段的法老统治维持了三个世纪。在上游的努比亚（Nubia），说另一种语言的一些群体中也出现了中央集权统治的现象，这表明创建第一个非洲国家的原因不是所谓的“法老例外论”（pharaonic exceptionalism），而是集权化的能力和需要；后来，努比亚人也短暂征服并统治了古埃及。古埃及旧、中、新王朝的更替见证了法律与治理、健康与医学、艺术与建筑的发展。古埃及是一个大国，在对周边产生影响的同时，也受到整个地区的文化影响。在宗教事务中，古埃及人强调他们对肥沃黑土地的感激。这些泥土来自内陆，沿着尼罗河奔涌而下，在两岸淤积。古埃及神庙的大门总是朝向祖先的土地，也就是尼罗河的源头之地。

在不远的过去，古埃及在非洲历史上的地位一直存在争议。拿破仑征服埃及后，埃及学从其他历史学领域中脱离出来，成为一个新的学科。非洲学者和非洲裔美国学者质疑了这种区分：例如，西非历史学家谢赫·安塔·迪奥普（Cheikh Anta Diop）就古代埃及的非洲起源撰写了几本有影响力的专著，自20世纪20年代的黑人文化复兴运动开始，类似的观点也在非裔美国学者圈中流传，并持续至今。后者催生了一项新的学术议题，即非洲中心主义（Afrocentrism），它反对将古埃及从非洲相关的主流叙述中删除，并对非洲历史进行了分期，在其中，古埃及是第一个非洲文明。这一努力推动了美国学术界对其他话题的讨论，包括公立学校是否应该接受多元文化主义的争论；在某些重要方面，今天的学校标准是非洲中心主义者对古埃及在非洲历史上的地位所发起辩论的结果。他们关于过去的一些结论可能会引起争议，但中心要点除外：古代埃及从源头看是非洲的，代表了更广义的非洲历史格局。

随着撒哈拉沙漠出现以及尼罗河下游河谷社会形态的兴衰，北非走上了一条独特的区域发展之路。正如费尔南·布罗代尔（Ferdinand Braudel）在他著名的历史著作中所设想的那样，北非可以算作相互关联的地中海世界的南岸。伊斯兰教兴起之后，公元7世纪阿拉伯人征服了北非，导致了复杂的社会变革，阿拉伯语成为通用语，伊斯兰教成为该地区的主要宗教信仰。但是伊斯兰教平等地将所有穆斯林与共同的神圣文本和仪式习惯联系在一起，因此北非从未与其他非洲地区隔离开来，而伊斯兰教在那些地方也逐渐发展成为诸多宗教中的一个。跨撒哈拉贸易是穆斯林所称“黑人之地”（Bilad as-Sudan）的地区与北非建立复杂商业和外交关系的另一个因素。很久以后，阿拉伯人也开始迁移到撒哈拉以南的特定地区，例如西撒哈拉（今天的毛里塔尼亚）和尼罗河中游谷地（今天的苏丹北部）的绿洲，再次扩展了阿拉伯语的使用范围。不过，撒哈拉以南非洲的阿拉伯化并不意味着努比亚人就忘记了自己祖先辉煌的过去，他们的祖先与古埃及人一起在尼罗河沿岸创造了灿烂的文明。20世纪50和60年代的埃及领导人贾迈勒·阿卜杜勒·纳赛尔（Gamal Abdul Nasser）同时称颂了该国的非洲遗产及其与阿拉伯和伊斯兰世界的文化联系。