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齐克隆
（1917—1947年）
所有的现代武器似乎都以杀敌为目的，但目标能否实现取决于它们能否摧毁对方的士气。若要赢得关键战役的胜利，不在于毁灭敌人的肉体，而是通过精神震慑，在关键时刻消解敌人的抵抗力，使其想起失败的画面。军队是统治者手中的一把利剑，却会在这样的精神震慑下变成一个绝望的群体。
——弗里茨·哈伯，1920年
“毒气与化学战争”的故事，有着最糟糕的开头。
——温斯顿·丘吉尔，1932年
一战后，化学武器转而成为殖民者实施殖民镇压的工具。以芥子气为例，1920年英国在阿富汗，1925年西班牙在摩洛哥，1935年墨索里尼部队在埃塞俄比亚，都使用了这一工具。比如在埃塞俄比亚，海尔·塞拉西皇帝的军队被击溃，他向国际联盟投诉：“飞机上洒下了致命的雨，淋到的人都痛得尖叫……成千上万的人死于意大利人的芥子气。”
然而，一战期间制造化学武器所需的大多数专业知识和基础设施，也适用于杀虫剂的生产，这一设计旨在确保和平时期也能赢利。战争使得军事活动和工业生产之间的界限日益模糊。在美国，陆军部的化学战勤务局汇集了全国最顶尖的化学家来开发化学武器。
化学战勤务局的第一任局长——威廉·西伯特认识到，化学武器将永远存在。“历史证明，”他在战争结束三年后写道，“有效的战争工具在过时之前是不会被丢弃的。”西伯特担心，化学战勤务局汇集的专门知识无法继续发挥作用。“我认为……相较于其他与战争相关的工作领域，美国的化学家和化学工程师所表现出的天才素养和爱国精神都是无与伦比的，和平时期不利用这种才能将是一种罪过。”
据化学战勤务局的专家们推断，化学武器既然能高效地使人衰竭甚至致人死亡，或许也适用于杀虫。战后，化学家们继续测试军用毒气，用来防治害虫。这样做，某种程度上是因为政治。根据威尔逊总统的命令，一旦敌对行动停止，化学战勤务局就要解散。在生存威胁中幸存下来的化学战勤务局，不得不面临着国会的预算削减，因为他们对化学武器的需求似乎已成为过去。
为了保持与国家利益的相关性，化学战勤务局进行了自我改造，努力推广毒气给平民带来的好处，尤其是毒气可用作杀虫剂。它开始称自己为“化学和平研究所”，进行的是“和平的战争”。一位分析人士指出：“我们的调查将证明，要消灭破坏庄稼的动物——无论是地松鼠、地鼠、黑鸟、乌鸦、秃鹫、老鼠还是蚱蜢，最迅捷最可靠的消灭方法是利用毒气云。”就这样，化学战争的手段变成了害虫防治的方法，目标是保护人类而不是毁灭人类。同时，虫害防治研究工作证明：化学战勤务局有继续存在的意义，因为对毒气进行改造势在必行。
化学战勤务局的这些努力与昆虫学家的需求高度契合。当时，这些昆虫学家从事的工作无人关注，社会地位也不高，但在战争中，他们在害虫防治方面成就卓著。如今，战争结束，昆虫学家“既惊讶又懊恼地发现，即使在某些高级官员的圈子里，也依然将昆虫学家当作检查腿上的刺数和翅膀上的斑点数来决定物种分化的人——这简直是故纸堆里的观点”。
昆虫学家们将自己的工作描述为一场战争，抗击的是危及人类生存的昆虫，通过频繁使用战争工具，如飞机、毒气和散布性武器，他们的威望大为提高。化学战勤务局向他们提供了这些工具和研究成果，因此，军队和昆虫学家互相吹捧，帮助对方树立公众形象。这一战略成功地推动了《国防法》于1920年通过，巩固了化学战勤务局在美国陆军中的地位。
1915年发表的一篇广为流传的文章，其观点很有代表性：人类的进步取决于人类战胜“细菌载体，因为它在生活中唯一的目的似乎只是扮演无政府主义者的角色，把生活世界变成虚无和死亡——这是一场战争，不是人与人之间的战争，而是人与节肢动物之间的战争。这场战争必将进行到底，以决出这两种生命形式中的哪一种——是高度发达的脊椎动物还是野蛮进化的无脊椎动物，正统治着我们的星球。未来，这个世界的主宰会变成一只可怕的蚂蚁或虫子、黄蜂或蠓虫、介壳虫或虱子吗？还是哺乳动物——能直立行走，能观测得到星星，能计算太阳和行星的重量，甚至已经触及了无垠的宇宙？目前看来，这场人与动物的斗争，其结果与这场惨烈的人与人之间的战争如出一辙，孰胜孰败，难以预料”。
美国最负盛名的昆虫学家斯蒂芬·A.福布斯写道：“早在人类文明诞生之前，人类与昆虫之间的斗争就已经开始，而且一直持续至今。毫无疑问，只要人类依然存在，这场斗争就不会结束。通常，我们自认为是大自然的主宰者和征服者，事实上，早在人类之前，昆虫就已经完全掌控并占领了这个世界。这就如同两国交战，一国强于武器制造，一国胜在弹药质量，因此双方胶着，胜负难分。”1915年，福布斯谈到一种早在1872年就从日本传到美国的极具破坏力的昆虫——圣约瑟虫（也叫梨圆蚧），称之为“日本入侵美国的一个案例，它比日本军队依靠无畏战舰所做出的任何一次攻击都要成功，也可能更有杀伤力”。
战后，工业与战争的融合已日益成熟，公众观念也发生了转变，因此化学战勤务局逐渐找到了合适的市场定位。它承接的项目范围很广，多与社会公益有关，如生产防止海洋堆积物腐蚀的化学品；为矿工研制防毒面具；与公共卫生服务机构合作灭鼠，用毒气清除蚯蚓和地鼠。化学站勤务局甚至进军医疗领域，用氯气治疗感冒、支气管炎和百日咳。公众对此反响热烈。一则新闻标题写道：“氯气：曾是杀人工具，现为救人良方。”有23名参议员，146名众议员，甚至卡尔文·柯立芝总统本人都因呼吸系统疾病在美国国会大厦接受过氯气治疗。
化工企业在战争期间建立了众多基础设施，积累了大量专业知识，战后它们利用这些资产生产杀虫剂，尤其注重研发可有效杀虫的人工合成有机化合物。这一尝试改善了化工公司的公众形象，此前他们常被指责生产毒气发战争财。然而，农药生产商仍然得面对公众对其产品的恐惧。一位化学产品管理员解释说：“如果家庭主妇知道有杀虫剂这种东西，她会购买一包，可又忍不住恐惧发抖，因为她担心里面的东西会毒死她和家人。”
而此刻，哈伯的遭遇恰恰相反，其公众形象一派涂地。对哈伯而言，战争的结束就意味着他将因战争罪而受到审判。他的担心不无道理。他是盟军考虑起诉的战犯之一。于是，他蓄起胡子伪装自己，离开德国去往瑞士。能斯特也发现自己在可能被起诉的战犯名单上，他勃然大怒，责怪哈伯。能斯特变卖了房产，将其转为流动资产，并使用德国外交部提供的假护照逃离了德国。然而，最终受到审判的只有少数德国人，他俩被轻判，都得以回国。
尽管哈伯不再因战争罪行而受到被审判的威胁，其个人形象却永远烙上了毒气的恐怖印记。1921年，位于德国奥堡的哈伯-博施合成硝酸盐工厂发生爆炸，造成600多名员工死亡，2000多人受伤。《纽约时报》推测，爆炸是“由于一些化学家在进行秘密实验”，其中包括哈伯。《自然》杂志在1922年发表了对哈伯的看法：“人们不会忘记，就在威廉皇帝科学研究所，身为国家顾问的哈伯在伊珀尔战役前进行了毒气实验，由此带来了一种新的战争模式，使德国人永远声名扫地。”
当然，双方都声称对方使用了不公平的策略。德国人甚至声称协约国使用殖民地军队是一种残酷的手段。美国化学战勤务局局长驳斥了这一说法，从当时典型的种族主义观点出发，他写道：
我们都记得，在战争初期，德国人在广播中指控协约国军队采用不公平不人道的战斗方法，因为我们从亚洲带来了手持弯刀的廓尔喀人，从非洲带来了摩洛哥人。然而不久后，德国人就不再提及此事了。为什么呢？因为这些军队战斗效率不高。就像黑人，白天跟随白人军官冲锋陷阵，同白人士兵一样精力旺盛、骁勇善战，一旦夜晚来临，他们便陷入恐慌。廓尔喀人和摩洛哥人也不例外。协约国军队很快就意识到了这一点，几乎把这些军队全数撤出前线。偶尔，两军对垒时，防线在敌军猛烈的炮火下必须坚守若干天，这些有色人种军队才会作为突击部队留守支援，但很快会被战斗力更强的白人替换下来。战前，德国人与我们一样，都认为近乎野蛮人的有色人种比敏感的白人更能忍受战争的严酷和恐怖。然而，战争证明这是完全错误的。
协约国向德国提出330亿美元的赔款，这几乎是无法兑现的天文数字。德国无法再依靠哈伯的固氮技术赚钱，因为协约国正以同样的程序自产氨气。同样，德国在战前主导的染料工业现在已被美国的新兴企业控制。在很大程度上，这是由于美国政府根据赔偿条款没收了德国的4500项染料和化学专利。美国化工企业随后得到了这些专利的授权，其中一项就是哈伯的固氮技术。此外，德国还失去了可以任意榨取财富的殖民地。据哈伯计算，赔偿金额相当于50000吨黄金。
瑞典科学家斯凡特·阿伦利乌斯为哈伯出谋划策，计划从海洋中提取黄金来支付德国的赔款。阿伦利乌斯同哈伯和能斯特一样，都是同代人中的佼佼者。早在1884年，他就在论文中合理地提出这样一种激进的假设：当盐溶解在水中时，它会自发地分解成法拉第提出的阴阳离子，而整个过程无需通电。因此，实现化学结合的动力是电。阿伦利乌斯的教授们无法理解这篇论文的意义，认为这篇论文“没有价值”。阿伦利乌斯原本会因此而终结自己的学术生涯，但他又陆续在一系列并无关联的问题上有了重要发现，如离子化学、温室效应、北极光以及毒素和抗毒素之间的关系，等等。其中的离子研究使得阿伦利乌斯获得了1903年的诺贝尔化学奖。
阿伦利乌斯对哈伯和能斯特的事业影响颇大。在他们职业生涯的初期，阿伦利乌斯说服了能斯特同自己一起在威廉·奥斯特瓦尔德的指导下工作，奥斯特瓦尔德因在催化剂方面的发现而获得1909年诺贝尔化学奖。根据催化剂促进化学反应而不改变其自身的性质，聪慧的哈伯找到了合适的催化剂，解决了氨合成的问题。
根据阿伦利乌斯的建议，哈伯计算出海洋中含有80亿吨黄金，问题是如何从水中提炼出黄金。这个提议看似荒唐，但哈伯既然能从空气中寻到财富，为什么不能从海洋中获得财富呢？
在汉堡—美国航线上，哈伯在一艘客轮上建造了一个分析实验室，并安装了黄金提炼装置。这是一项绝密工作，很快，他手下的学生们在其他各种客轮上都如法炮制。记者和旁观者猜测，哈伯在进行海上发电，或是研究腐蚀现象，或是查证阻止船只移动所需的力，或是琢磨如何给海水染色。哈伯推断世界不同地区海洋的含金量是不同的，因此他派人从全球各地运回一万瓶海水。
从1920年到1928年，哈伯一直坚持研究，最终得出结论：从海水中提取黄金，虽然存在可能性，但考虑到经济效益，并不可行。“本想帮德国减轻赔款重担，”哈伯的朋友理查德·威尔斯泰特写道，“结果却是一场幻梦。”极度失望中，哈伯意识到自己无法通过另一项革命性的创新，将德国从财政危机中拯救出来，也无法挽回自己的在科学界的声誉。他问威尔斯泰特是否有必要继续研究黄金提炼技术。威尔斯泰特回答说：“即使无法产出任何黄金，也可以成就一个精彩的故事。”哈伯没有继续书写这个故事。看上去，他更加爱惜自己的资历和成就，而不再关注未来能否实现新的突破。他随身携带的名片上印的是：“教授、哲学博士、工程学博士、农业学博士弗里茨·哈伯，诺贝尔奖得主，德国化学战勤务局前局长，威廉皇帝物理化学和电化学研究所所长。”
哈伯研究所的一个分支机构将氢氰酸制成杀虫剂，收益颇丰。自19世纪末以来，氢氰酸一直被用作杀虫剂，同时也是军用毒气的主要成分。氢氰酸比空气轻，在战场上如何稳定施放成了大问题，但也因此发现了氢气，助力齐柏林飞艇成功升空。
1909年尼柯尔发现体虱传播斑疹伤寒后，人们就一直致力于大规模灭虱。为应对该疾病在一战中难以避免的暴发做好了准备。对封闭空间进行消毒的首选方法是使用二氧化硫和蒸汽。但二氧化硫的明显缺点是易燃易爆，蒸汽则会损坏个人财物。
1917年，德国化学家测试了氢氰酸对不同害虫的功效，发现氢氰酸不仅能杀死虱子和虱卵，还能杀死臭虫。他们还通过实验确定了适宜的浓度和温度要求。氢氰酸不但在除虫性能上优于二氧化硫和蒸汽，而且拥有众多优势，如价格低廉，不会损坏个人财物，可渗透衣服或床上用品的微小褶皱，不会引发火灾或爆炸。于是，氢氰酸很快取代了二氧化硫和蒸汽，被用于斑疹伤寒暴发的高危地区，如军队医院和军营。德国人找到了密封房间的有效方法，建成了引入氢氰酸彻底消灭虱子的毒气室。
同年，德国政府成立了“害虫防治技术委员会”（简称“Tasch”）并任命哈伯为主席。委员会的任务是“通过使用剧毒物质进行害虫防治，在农业、林业、葡萄栽培、园艺和水果种植以及工业中，消灭动物害虫以保证高产；改善人类和动物的卫生状况，预防疾病”。德国军方成立了一个病虫害防治营，在重要的食品加工设施、军营、医院和军事监狱使用氢氰酸。1917至1920年间，委员会用氢氰酸对2100万立方米的建筑物进行了消毒。
很明显，这些业务利润可观，于是哈伯将其商业化，组建了一家私营企业。自一战结束当日，即1918年11月11日，哈伯就开始着手实施这项计划，他告诉战争部的官员，他打算“将毁灭的手段变成全新的振兴之源”。于是，害虫防治技术委员会演变成了德国害虫防治公司（简称“Degesch”）。其章程明确指出，“公司以使用化学手段控制动植物害虫为根本宗旨，允许进行所有符合该宗旨的相关交易”。德国害虫防治公司完全遵循社会需求，“不以利润为目标，而以公益为己任”。在1920年之前，哈伯始终是德国害虫防治领域的领军人物。
氢氰酸的不足之处也显而易见，比如需要对操作者进行广泛培训以确保使用的安全性，一旦使用不当将导致大量人员意外死亡。1920年，哈伯研究所的研究员在气体混合物中添加了一种难闻的化学物质作为安全警示。这样，新旧两种化学品采取了截然不同的策略：作为武器时，设计者会防止任何致命气体出现预警信号；但作为杀虫剂，设计者的做法恰好相反，他们采用具有刺激性气味的碳酸氢甲酯作为警示，并将这种新农药命名为“齐克隆”（先为Cyklon，后更名为Zyklon，与德语“旋风”谐音）。
除了添加警示气味提高安全性能外，齐克隆作为氢氰酸杀虫剂，除虫效率高且不污染食物。这种杀虫剂便于移动，使用简单。德国害虫防治公司控制生产过程并严守操作技术手册，这对于经济低迷的德国至关重要。这种保密性完全符合德国政府的政策，政府希望在齐克隆的使用过程中保证较高的安全标准和培训标准。操作者必须通过考核，可靠性高，绝不能触犯法律。由于预防斑疹伤寒是国家大事，因此特别立法对齐克隆的使用作出规定。
1920年，齐克隆的使用方兴未艾，但遭到了《凡尔赛条约》的制裁。该条约第171条规定：“严禁德国使用、制造和进口一切窒息性的有毒气体和所有类似的液体、材料或装置。”此条适用于氢氰酸，因此也适用于齐克隆。
1923年，德国害虫防治公司的化学家布鲁诺·特施添加了氯气和溴化物作为新的警示气味，而且添加了一种化学稳定剂，以阻止不必要的化学反应，从而规避了条约第171条的规定，使齐克隆重回市场。新的齐克隆被命名为齐克隆B，而此前被禁的产品称为齐克隆A。氯气和溴化物也增强了齐克隆B的杀虫能力。新配方产品更加便捷，制成丸状密封在罐内，而不是此前的液态气体。布鲁诺·特什在汉堡成立了一家公司，负责销售齐克隆B。
齐克隆B的需求量大，成为德国工业利润丰厚的出口产品。在世界各地，任何可能存在虱子的封闭空间，如军营、轮船以及火车上，都会使用齐克隆进行杀虫。哈伯帮助德国害虫防治公司拓展了海外市场，并在39个国家长期设置代理商。
德国城市都建立了消毒室，供市民清除衣服和家具上的虱子。为了方便民众，消毒室由卡车运到社区。操作人员需接受政府和行业有关保密规则的严格培训，生产商、公共卫生人员和政府监管机构之间保持密切联系。齐克隆B成为公共卫生的忠实卫士，后来却沦为纳粹统治下种族灭绝的残忍工具。
齐克隆B
（1922—1947年）
他在显赫一生的最后几个月中遭到流放，远离故土，在英国受到了友好的接待。而就在16年前，德国和哈伯还是英国不共戴天的仇敌。这样的境遇真是让人感伤。他被流放的原因，我们不完全了解，但我们相信这是因为他是犹太人的后裔。3000年前我们欧洲人从他们那里学到了字母表，2000年前我们从他们那里承袭了信仰。
——英国杂志《化学与工业》刊登的弗里茨·哈伯的讣告，1934年
一战结束时，阿道夫·希特勒因遭英国芥子气袭击而暂时失明，他对德国昆虫学家在一战中使用氢氰酸进行高效灭虫深感钦佩。希特勒和纳粹上台后，发现齐克隆B完全掌握在魏玛政府手中，这对于一心想控制齐克隆B的纳粹党而言，不啻为天赐良机。于是，纳粹以齐克隆B为基础，在军事和民用领域都建立了严格的灭虫计划。
纳粹主义的兴起令哈伯深恶痛绝，他是虔诚的民族主义者，信仰自己年轻时德国推崇的价值观——崇尚教育，科研实力世界领先。1932年，哈伯听到阿道夫·希特勒在电台发表演讲时说：“给我一把枪，我要射死他。”他似乎无法理解，这个国家培养出了全世界最伟大的科学家，却也会助长纳粹主义。一战后的德国时局动荡，仅在1922年，就有300多名德国社会民主党领袖遭到刺杀。
在当年的遇刺者中，瓦尔特·拉特瑙是购买能斯特灯泡专利的实业家之子。一战期间，威廉二世任命拉特瑙协调德国的工业生产，以支持军队。拉特瑙是能斯特的密友，战后升任德国外交部长，致力于欧洲和平。刺客向他的车投掷手榴弹，并用机关枪扫射，把车打得千疮百孔。密友遇刺身亡，能斯特痛不欲生。
一战末期，鲁登道夫逃往瑞典，扬言若不是被犹太人“从背后插了一刀”，德国已然胜利在望。鲁登道夫自小便是基督徒，后来放弃了这一宗教信仰，只因为基督教的创立者是犹太人。纳粹分子紧随鲁登道夫，将德国战败归咎于犹太人。于是，匿名威胁接踵而至，要求暗杀“发现相对论的犹太人”爱因斯坦。鲁登道夫返回德国，成为由德意志人民自由党和纳粹党组成的联合党成员并加入议会。随即，他发起了一场反对兴登堡竞选德国总统的运动，但以失败告终。
当时，德国通货膨胀严重，一份报纸超过1000亿马克，而当时一美元可兑换4万亿马克。1923年的5000亿马克相当于1918年的1马克。与此同时，失业人数超过700万。随着德国国内的不满情绪日益高涨，纳粹党的力量也在膨胀。
1933年1月22日，希特勒在一次晚宴上与兴登堡的儿子进行了一次长时间的私人谈话。纳粹获得了证明兴登堡家族腐败的情报，希特勒以此进行勒索。1月30日，兴登堡任命希特勒出任总理并组建政府。不到两个月，纳粹党便控制了所有的公众集会，废除了新闻自由，剥夺了德国宪法保障的公民权利，逮捕了共产党人和自由主义者，接管了警察队伍，并通过“授权法”巩固了其独裁统治。
1933年《第三帝国公务员法》中的“雅利安条款”剥夺了犹太人（除了退伍军人）的政府职位。纳粹早期对犹太人的攻击严重影响了德国的科学发展。尽管犹太人占德国人口的比例不到1%，但获诺贝尔奖的德国科学家中有三分之一是犹太人。纳粹大学生发表了一份反犹宣言诽谤犹太教授，以此支持该纳粹党。阿尔伯特·爱因斯坦当时在普林斯顿大学讲学，他回到欧洲，辞去了普鲁士科学院的职务。
两位德国诺贝尔物理学奖得主菲利普·莱纳德和约翰尼斯·斯塔克与纳粹为伍，攻击爱因斯坦是叛徒。他们认为，犹太人毒害了德国物理学。二人都被推举为柏林大学教授，这一殊荣能斯特在1924年也曾获得。如今学术界排斥著名的犹太科学家，他们正好相机而动。斯塔克接替了一位被解雇的犹太科学家，成为一所重要的物理研究所所长。莱纳德也因忠诚于纳粹而成为“雅利安物理学领袖”。他写了一部四卷本著作，称德国物理学终于摆脱了“犹太物理学，而后者营造的海市蜃楼不过是雅利安基础物理学的倒退”。纳粹学生团体为该书的出版举办了庆祝会，他们盛赞莱纳德为欢庆拉特瑙遇刺而发表的演讲，称其勇气可嘉。
一位不知名的德国物理学家威廉·穆勒出版了一本书，描述了犹太人在世界范围内阴谋破坏科学、毁灭人类的行径。不久后他被任命为慕尼黑大学的理论物理学教授，取代了拒绝与纳粹同流合污的世界闻名的物理学家阿诺德·索末菲。对此，斯塔克发表了名为《犹太人和德国物理学》的演讲以示庆祝。在所有科学家中，索末菲培养出的诺贝尔奖获得者数量最多，尽管如此，纳粹分子仍然安排了一个冒牌学者取代他执掌物理研究所，足见纳粹对科学发展的漠视。这种漠视体现在方方面面，最后的苦果便是错过了核裂变，尽管它就发生在德国的一个实验室中。
哈伯的朋友兼门生、1925年诺贝尔物理学奖获得者詹姆斯·弗兰克也辞去了教授和研究所负责人的职务，以抗议纳粹政策。弗兰克向记者解释了自己的决定：“如果学生以纳粹的方式评价我和我的祖先，我如何进行教学和测试？”弗兰克在给哈伯的信中写道：“不要责怪我轻率或鲁莽。今天我向部长表达了我的愿望，希望能辞去我的所有职务，因为不满于‘政府对待德国犹太人的态度’。在学期开始时，我实在无法面对学生。学生代表们对犹太人各种刁难，还表现得仿佛不是针对我。而对于政府给予犹太老兵的所谓‘宽大’政策，我也无法动摇一二。”
由于任命过程过于仓促，弗兰克未能接替哈伯成为威廉皇帝物理化学和电化学研究所的所长，这令哈伯深感失望。他也曾筹划让弗兰克接任能斯特之职，担任能斯特研究所的所长。他在给弗兰克的信中写道：“这几周来，这件事始终萦绕在我心里，一想到你无法成为研究所负责人，我就觉得无比苦涩。你希望留在德国，而我虽然没有这个愿望，却也看不出还能采取什么其他行动。我不知道如何体面地移居国外，也不知道如何在异国他乡安度晚年。”
终其一生，哈伯都在努力规避自己的犹太人身份。他皈依了基督教，甚至教导犹太学生也这样做。然而，哈伯的两个妻子都是犹太人，大多数朋友也是犹太人，因此，无论他如何认知自己的身份，纳粹德国认定他就是犹太人。
起初，哈伯因其身份问题被免职，为了表示抗议，他辞去了所长和教授之职。他在辞职信中写道：“根据1933年4月7日颁布的《政府雇员法》规定（威廉皇帝研究所同样适用），尽管我的祖父母和父母都是犹太裔，但我有权继续任职。然而，我不希望利用这一权利，在我应该依照规定辞去科学和行政职务时，再做任何耽搁。”哈伯接着说，“为国服务是我此生不渝的信念，我深感自豪，而今我怀着同样的自豪感提出辞呈。四十多年来，我选择合作者的标准是他们的才智与个性，而不是他们的种族出身。这是明智之举，在我的余生中，我不会改变。”
与此同时，能斯特走马上任，他挑选了一位犹太同事。得知这名同事因其犹太身份而被拒绝进入实验室时，他勃然大怒，径直赶到哈伯的研究所，向哈伯抱怨自己的研究所环境太恶劣，要求哈伯给自己一份工作。那时，哈伯刚递交了辞呈，正打算离开，他对能斯特的要求也无能为力。很明显，与纳粹政策的严酷现实相比，这一对科学家在同时崛起的过程中激烈竞争的故事，实在是太乏味了。
这一时期，纳粹将犹太科学家从国家研究所的领导岗位上一一清除。纳粹的一份备忘录上记录：“帝国物理技术研究院（P.T.R.）现有的董事会仍保留之前的人员构成。叛徒爱因斯坦被排除在外，但在剩下的成员中仍然有犹太人和旧体系的名人。今天的董事会上有詹姆斯·弗兰克教授（纯正犹太人）、哈伯教授（纯正犹太人）、赫兹教授（半犹太血统）……以及能斯特教授（自由主义和资本主义世界观的最有力的倡导者之一）。”1933年的诺贝尔奖得主埃尔温·薛定谔，尽管不是犹太人，也辞去了教授职务，并于同年离开德国，以抗议纳粹对待犹太同事的方式。
弗兰克接受了丹麦著名物理学家尼尔斯·玻尔的邀请，与他一起在哥本哈根的研究所进行合作，随后弗兰克获得了美国的教职。他在给一位德国同事的信中写道：“在德国，以我这样的出身和性情，似乎已经没有任何工作空间了，更没有成功的机会。……你知道，我觉得自己和其他人一样，也是优秀的德国人，但这于事无补；我不得不移民，尽管我很清楚自己和妻子无法在异国的土壤上扎根，但或许我们的孩子——至少是孙子——会成功。我不希望他们感觉自己是二等公民。”
弗兰克和他的朋友——德国物理学家马克斯·冯·劳厄都把金质的诺贝尔奖章留给了玻尔，以防落入纳粹手中。纳粹入侵丹麦后，就在他们占领玻尔研究所之前，玻尔一直在思考如何保证奖章的安全。此前，玻尔已将自己的诺贝尔奖章捐给了芬兰的一个救济基金，因此他并不担心。当时弗兰克身在美国，但冯·劳厄留在德国从事反纳粹活动，独自一人抗议纳粹迫害犹太同事。如果刻着他名字的奖章被发现流传在国外，那他确定无疑会被逮捕。
玻尔研究所的一位匈牙利化学家乔治·德·赫维西（后来也获诺贝尔奖）前来帮忙。“我建议把奖章埋起来，”德·赫维西写道，“但是玻尔不赞同，因为可能会被挖出来。于是我决定溶解它。当德军行进在哥本哈根街头时，我正忙着溶解劳厄和詹姆斯·弗兰克的奖章。”德·赫维西将两枚奖牌浸入王水中，但由于黄金的反应能力有限，溶解过程相当艰难。他把溶液原封不动地放在实验室的架子上，逃过了纳粹士兵的眼睛。战争结束后，黄金被从溶液中提取出来，送到诺贝尔学会，重新铸造了两枚奖章归还给弗兰克和冯·劳厄。这是历史上绝无仅有的混合而成的诺贝尔奖章。
最终，玻尔在丹麦也自身难保了，因为他曾经帮助许多著名的犹太人和持不同政见的科学家逃离了纳粹德国，而且他的母亲也是犹太人。英国情报部门获取了他的抓捕计划，于是他们用藏在两把生锈钥匙里的微缩胶片给他送了信息。英国人不希望纳粹监禁玻尔，因为他可能帮助德国加速实现核武器计划；他们希望获得玻尔的专业知识，为自己的核计划服务。从玻尔的角度，他不愿放弃自己的国家或是需要他帮助的同事们，因此他坚持留下，直到他收到德国政府中一个反纳粹分子传来的消息，说他即将被捕。
在丹麦抵抗军的帮助下，玻尔和妻子甩掉了盖世太保的追踪，乘渔船渡海到了瑞典。在接下来的几周内，丹麦抵抗军趁着夜色，用小船把国内的几乎所有犹太人都送到了瑞典。丹麦是唯一一个被纳粹占领却拯救了犹太公民的国家。玻尔的孩子也在难民船上，他的一个孙子被瑞典大使馆一名官员的妻子用购物篮带到了瑞典。与此同时，玻尔与瑞典国王和政界人士举行秘密会晤，以确保难民更方便地入境。
玻尔与家人在瑞典的斯德哥尔摩安全团聚后，他接受了英国政府的邀请，帮助英国人作战。1943年10月6日，一架英国蚊式轰炸机载着玻尔从斯德哥尔摩起飞，穿越纳粹控制的挪威，飞往英国。因瑞典是中立国，飞机没有携带炸弹，为了躲避纳粹高射炮，飞行员实施高空飞行。由于机舱空间太小，玻尔只好穿着飞行服，绑着降落伞躺在炸弹舱里。不幸的是，玻尔的头太大，头盔无法完全戴上，因此他没有听到飞行员通过耳机发出的接通氧气供应的指令。玻尔因缺氧昏迷，直到飞机降低飞行高度穿越挪威海面时，他才恢复知觉。此后，在极其保密的情况下，玻尔与弗兰克等人合作，开展英美两国的核武器研究计划。
纳粹掌权后不久，哈伯也加入了德国犹太科学家的逃亡队伍。在去瑞士的旅途中，他拜访了生化学家和犹太复国主义领袖哈伊姆·魏茨曼，即以色列后来的第一任总统。魏茨曼曾邀请哈伯（以及詹姆斯·弗兰克）前往巴勒斯坦接受教授一职，但哈伯拒绝了，因为他不赞成犹太复国主义。随着纳粹不断巩固自己的统治，哈伯重新考虑了这一提议。他说：“魏茨曼博士，我曾是德国举足轻重的人物。我不仅是伟大的军队指挥官，也不仅是工业领袖，更是德国工业的创始人。对于德国的经济和军事扩张大业，我居功至伟。我的面前是一马平川，畅通无阻。但是，与您的事业相比，我曾经拥有的辉煌地位根本不值一提。你们不是在厚实的根基上添砖加瓦，而是在一无所有的土地上赤手空拳地创造。你们竭尽所能，让一个被遗弃的民族重获尊严。我认为你正行进在胜利的大道上。在行将入土之时，我却蓦然发觉自己一文不值。我将黯然离场，而您的丰功伟绩将屹立在我们犹太人的悠久历史中，成为一座光辉的纪念碑。”哈伯最终同意去巴勒斯坦履职，并打算携妹妹一同前往。但在此之前他也接受了剑桥大学威廉·波普实验室工作的邀请。
波普邀请哈伯，是对哈伯的谅解，体现了二位学者因科学而结缘的友谊，更显示出他们对纳粹的共同仇恨。波普在第一次世界大战中为协约国军队研制了芥子气，以对抗哈伯研制的毒气。自战争结束以来，英国人对哈伯的所作所为始终耿耿于怀。1934年1月底，短暂参观了波普实验室后，哈伯同妹妹返回瑞士，他们打算先在瑞士停留三天，而后启程前往巴勒斯坦。然而，就在第三天，他在睡梦中离世。
根据威尔斯泰特的说法，哈伯并非因工作强度过大而死亡：“与其他性格坚毅的人一样，艰巨的任务和工作会激发他的活力。无论是战争期间，还是此前的几十年，甚至在他生命的最后几年，他从未因工作压力而损害健康，更不会因此而过早离世。然而，他对战争的结果、和平的代价，以及被盟军视为逃犯而深感失望。于是，他终于被毒药般的悲伤与痛苦吞噬了，筋疲力尽。”
曾容纳哈伯学生来自己实验室工作的冯·劳厄，为哈伯写了讣告并在德国刊登，他和编辑都因此受到纳粹的严厉指责。为纪念哈伯逝世一周年，威廉皇帝学会、德国化学学会以及德国物理学会举行了纪念仪式，共有500多人参加。德意志帝国科学、教育和民族文化部长明令禁止这一活动，政府通报上写道：“哈伯教授已于1933年10月1日被免职。他递交了辞呈，这明确表达了他对现政府的不满，而公众也将其视为对民族社会主义德国所实施政策的批评。鉴于以上事实，上述学会意图在他逝世一周年之际举行纪念会，将被视为对民族社会主义德国的挑衅，因为只有在极个别的情况下，对于最伟大的德国人，这一纪念日才能获得特别承认。”这次纪念活动是对哈伯成就的肯定，也是德国学术界唯一一次有组织的抵制纳粹主义的行动。“礼堂里，人头攒动，群英荟萃，”威尔斯泰特写道，“但未参与者比参与者更加显而易见，因为每个参与者都必须表明身份并在名单上签名。”
哈伯与能斯特二人，一生都在并驾齐驱，直到纳粹统治时期才在痛苦中结束了竞争。与爱因斯坦、弗兰克和哈伯一样，能斯特也在1933年辞去了教授职务。他为德国的穷兵黩武付出了沉重的代价。两个儿子都在一战中阵亡，而当纳粹掌权时，三个女儿中的两个嫁给了犹太人并带着孩子流亡国外。1939年，能斯特的最后一个孙子也逃离了德国。那一年，他心脏病发作，两年后去世，骨灰移送至哥廷根安置，同已故的著名物理学家马克斯·普朗克和冯·劳厄做伴。能斯特希望在自己去世后能够继续资助孙子孙女，因此他做了最后一个重大的财政决定，用自己可观的资产和现金进行投资，购买了可以源源不断生产木材的林地。纳粹德国垮台后，林地归属波兰。
1939年德国入侵波兰时，德国当局担心斑疹伤寒暴发。他们迅速建起了齐克隆B消毒室，复制了德国在一战中成功使用的氢氰酸计划。与此同时，纳粹正努力寻找一种高效的处决方式，以对付集中营中的数百万犹太人。
1939年，第一个用于消灭人类的实验性毒气室投入使用。当时选用的气体是一氧化碳。在首次实验中，希特勒的私人医生卡尔·勃兰特、纳粹“安乐死”计划负责人菲利普·布勒以及卫生部联络员维克多·布拉克同其他官员一起，参与观察了4名精神病人被毒气致死的全过程。毒气室被伪装成淋浴房，安装在多家医院内，以处死精神病患者。受害者中有一战时参加过毒气战的德国老兵，他们在接触化学武器后一直深受精神疾病的折磨。此外，数千名犹太人和集中营中的其他关押者也被带到这些医院的毒气室中进行毒杀，但是毒气室的容量依然无法满足纳粹分子的需求。
1941年夏，纳粹灭绝营建成。海因里希·希姆莱自1929年起领导党卫军（纳粹准军事组织），并拥有“德国民风改善专员和种族纯洁受托人”的头衔。他指示奥斯维辛集中营指挥官鲁道夫·赫斯采取有效方法“最终解决犹太人问题”。希姆莱告诉赫斯：“犹太人是德国人民的宿敌，必须消灭。”
赫斯发现，特雷布林卡毒气室使用一氧化碳，其杀伤速度和杀伤力都不尽如人意。负责执行“最终方案”的阿道夫·艾希曼同意这一观点。在走访奥斯维辛集中营时，艾希曼与赫斯讨论了杀害犹太人的各种方法。其中的一个问题是枪杀妇女和儿童对部分党卫军士兵产生的影响，但更大的问题是，用现有的一氧化碳和枪击方法杀死数百万犹太人是否可行——这些方法既麻烦效率又低。
奥斯维辛集中营的主管卡尔·弗里茨认为，齐克隆B可以解决这一问题。他利用囚犯测试齐克隆B的杀伤力，证实了它的高效性。随后，1941年9月，赫斯团队使用齐克隆B除虫毒气室毒杀了600名俄国战俘，其中包括许多犹太人以及250名精神病患者，这充分说明了大规模处决的可行性。赫斯对集中营囚犯又进行了一系列实验后，得出结论：齐克隆B的杀伤效果远远高于一氧化碳。为了进行种族清洗，党卫军对齐克隆B进行了改造，去除了其中的警示性气味。
德国害虫防治公司的官员最初反对从齐克隆B中去除警示性气味，虽然齐克隆B的专利已经过期，但是有关警示性气味的专利仍然有效。德国害虫防治公司能否继续垄断齐克隆B的生产，完全有赖于这种化学指示剂的添加。但德国害虫防治公司最终服从了党卫军的要求，专供灭绝营的新品齐克隆B中未添加指示剂。
毒气室建造在霍斯和艾希曼选定的农田上，上面刻有“消毒专用”几个字。奥斯维辛集中营的比尔克瑙屠戮中心新建了毒气室，每天可屠杀一万人。犹太人及其他受害者被勒令消毒除虫，他们被迫脱下衣物，在警察的鞭子、棍棒和枪支的驱赶下进入毒气室，接触毒气后的3到20分钟内便会死亡。霍斯对这一效率赞不绝口。在特雷布林卡，要达到同样的屠杀效率，以一氧化碳的杀伤速度计算，所需毒气室得增加到目前的十倍。
相较于齐克隆B，一氧化碳的成本更高，杀伤时间更长，处理起来也更困难。它最初用来处死精神病人，经过调试后又用于移动毒气室，最后才在死亡集中营中大规模使用。但齐克隆B一经采用，一氧化碳便被淘汰了。
使用齐克隆B，唯一的技术难点是控制温度。齐克隆B的沸点为25.6℃，因此毒气室需保持25.7℃，以确保气体挥发。因此，党卫军会等到受害者身体散发的热量将毒气室加热到适宜的温度后，再将成罐的齐克隆B从屋顶的洞孔扔下来。党卫军接受过安全操作培训，在整个行动中佩戴防毒面具。随后，通风机排出气体，犹太囚犯组成的“特别支队”被要求剥去尸体上有价值的东西，如头发和镶金牙齿，最后将尸体焚化。
1942—1945年间，在奥斯维辛、贝尔赛克、切姆诺、马吉达内克、索比堡和特雷布林卡等集中营中，有500多万人被屠杀，大多死于齐克隆B。战争结束后，英国莱茵集团军组成了战争罪行调查组，对赫斯进行审问。赫斯供述：“1941年5月，我接到希姆莱的命令后亲自部署，从1941年的六七月间到1943年的年底，共毒死了200万人。在此期间，我是奥斯维辛集中营的指挥官。”
二战的破坏力远超一战，死亡人数占过去两千年来战争死亡人数的一半以上，其中一大部分是被燃烧弹（即化学燃烧武器）击中的城市平民，另一大部分则是在集中营、贫民区以及“死亡行军”途中遭到杀害的600万犹太人。当艾希曼向希姆莱报告已成功杀害600万犹太人时，希姆莱认为数量太少，大失所望。
布鲁诺·特施创建的特施-斯塔贝诺公司为奥斯维辛比尔克瑙集中营提供齐克隆B。1946年3月，特施和他的副手卡尔·维恩巴赫在汉堡受到英国军事法庭的审判。1907年制定的《海牙公约》第46条规定：“必须尊重家庭荣誉和权利、人的生命、私人财产以及宗教信仰和习俗。不可没收私人财产。”德国和英国都是《海牙公约》的缔约国，战争结束时，英国负责管理德国在这一领域的事宜。特施和维恩巴赫被控“在1941年1月1日至1945年3月31日期间，违反战争法律和惯例，明知毒气的使用目的，依然在德国汉堡向集中营提供毒气屠杀盟国国民”。
在大屠杀初期德国国防军领导人曾告诉特施，大量射杀并埋葬犹太人不卫生，并询问特施对使用齐克隆的意见。特施表示赞同，认为这一方式更理想，并建议在毒气室中以类似除虫的方式进行。于是，特施的公司开始供应齐克隆B，并为国防军和党卫军提供专业技术人员和操作培训。
如要定罪，法庭必须确定三个事实：“第一，盟国国民是被齐克隆B毒杀的；第二，这种毒气是由特施-斯塔贝诺公司供应的；第三，被告知道这种气体将被用于杀人。”在法庭获取的诸多证据中有一张特施-斯塔贝诺公司的发票，上面写着：“我们已将齐克隆B氰化物运送到奥斯维辛集中营，其中未添加警示性刺激物。”显而易见，这正是为了实施种族灭绝而对齐克隆B进行的调整，因为德国法律规定用作杀虫剂的齐克隆B必须含有警示性气味，以确保人员安全。于是，特施和维恩巴赫被法庭裁定有罪并判处绞刑。
二战末期，德国几乎土崩瓦解。希特勒自杀后，赫斯在弗伦斯堡向希姆莱汇报，希姆莱指示他“混入士兵之中以避人耳目”。于是，赫斯换上了海军制服，化名弗兰兹·朗乔装成水手长。这一身份帮他逃过了英军的检查。由于在奥斯维辛居住期间，赫斯与家人朝夕相处，因此，如今的他依旧放不下妻儿，便在距他们不远的一个农场上工作了8个月。与此同时，英国军警从未停止搜捕，却始终徒劳无功。1946年3月11日，英国外勤安全警察终于抓到了赫斯。在衣服和其他个人物品旁，摆放着他在奥斯维辛集中营使用过的马鞭。正是这个人，每天发布屠杀命令，每天目睹上万个犹太人死亡，他绝不可能丢弃自己的鞭子，因为这是凌驾于他人之上的权力的象征，即使它的存在可能将他带上绝路。
在纽伦堡，大多数被告宣称自己无罪，如特施和维恩巴赫，但是赫斯详细陈述了自己的罪行。他唯一一次表示悔恨是在1947年4月12日，也就是法庭将他送上奥斯维辛集中营绞刑架的四天前。他写道：“在我被监禁的日子下，我才痛苦地意识到我的所作所为严重违背了人性。”在赫斯的心中，他对波兰人民犯下了罪行，并乞求波兰人民的宽恕；然而，他对自己摧残欧洲犹太人的罪行并未表现出丝毫悔恨。
齐克隆是哈伯一手创立的，初衷是抗击斑疹伤寒，提高公众健康水平，但在使用过程中它演变成纳粹种族灭绝的主要工具，这对于一位充满了创造力的天才而言，是残酷的命运转折——此前，哈伯曾自由游走于实验室、企业以及政府大厅之间。哈伯的侄女希尔德和丈夫以及两个孩子，与无数在奥斯维辛集中营里被害的犹太人一样，很可能也被齐克隆B毒害身亡。
1942年，哈伯的儿子赫尔曼（曾在一战时发现母亲克拉拉自杀于花园）带着妻子和三个女儿从纳粹占领的法国逃到了加勒比海，并从那里前往美国。二战接近尾声时，赫尔曼的妻子去世，他自己也自杀了。哈伯的第二任妻子与其离婚，带着儿子路德维希和女儿伊娃搬到英国。英国政府把路德维希当作外敌关押在马恩岛，后又移至加拿大。战后，路德维希成为一名研究一战毒气战争的历史学家，在写作相关话题之前，他曾亲身体验毒气的影响。
哈伯去世后，尤其是纳粹垮台后，哈伯在科学界的声誉才得以挽回，当年的威廉皇帝物理化学和电化学研究所更名为弗里茨·哈伯研究所。