瓜州县地处安敦盆地内，喇叭口状的走廊地形总的地势是南北高，逐渐向盆地中央疏勒河谷地倾斜。全县有山区、戈壁、走廊平原三种基本地貌形态。据其成因类型，形态特征分述如下：

1.北部山区戈壁倾斜平原。该区包括马鬃山区和疏勒河以北的广阔戈壁地带，占全县总面积的五分之三左右。北部马鬃山为一系列平行断续的中低山老年残丘，山体多呈东西走向，海拔2000m左右，相对高差30～300m，北部最高的芨芨台子山海拔2425m。该区山体强烈剥蚀，山顶多成浑圆状，山脊多呈猪背状，已准平原化。山前为广阔的洪积倾斜平原，海拔1150～1600m，坡降8‰～12‰，地势平坦，被许多南北向的冲沟所切割，局部地区呈波浪形起伏，向西南方向倾斜。整个倾斜平原覆盖着中上更新统洪积、坡积沙砾碎石，植被稀少。由于风力剥蚀严重，山地岩石与山麓砾石裸露，地面呈黑漆皮状，构成了“岩漠”与“砾漠”。

2.南部山区戈壁倾斜平原。该区包括南北截止山地和鹰嘴山以北的广阔戈壁地带，约占全县总面积的四分之一。窄条形的南北截山分别呈近东西向，北东东向延伸，宽4～10km。低山丘陵地形，被强烈风化剥蚀，处于夷平阶段。海拔1259～1750m。相对高差50～150m，山体北陡南缓，山脊平圆，只有北截山西端的火焰山和南截山东端的沙山，山势仍然陡峭，山脊呈尖峰状，沟谷呈“V”形。榆林河两岸因水的冲刷切割较深，形成多级侵蚀阶地。整个倾斜平原坡降10‰～40‰。多为上更新统，全新统沙砾石覆盖，除小片绿洲外呈现出岩漠戈壁地貌。

3.走廊平原。该区包括县境内疏勒河、榆林河绿洲，为瓜州县农牧业区。依其成因和形态又划分为三个次一级的地貌单元。

①昌马洪积冲积扇扇沿平原。该区位于疏勒河以南、青山子以东，昌马洪积冲积扇戈壁以北，包括三道沟、河东、布隆吉至桥子的广阔地带。海拔1300～1450m，由东南向西北微倾斜，坡降2‰左右。由昌马河洪积冲积的上更新统、全新统细土物质组成，被疏勒河与源于昌马戈壁南北向的十道冲沟所切割。冲沟下切4～12m，沟宽数十米至数百米不等。在七道沟、布隆吉、双塔至桥子扇缘泉水溢出带，有众多泉眼溢出，泉水汇集成涓涓细流向西北注入疏勒河，或在低洼地方聚积形成沼泽、草甸沼泽。由于长期强烈的蒸发作用，地表呈盐渍化现象，有些表层形成盐壳。

②踏实洪积冲积扇。地处南北截山之间。踏实槽地的中下部，由榆林河洪积冲积物构成。海拔1200～1350m，南高北低，地面坡纵3%～5%。中上部被许多大小不一的冲沟切割成零乱不规则的板块，冲沟深3～7m不等。扇沿溢出的泉水汇集于黄水沟沿北截山南侧西流，通过芦草沟泄入瓜州冲积平原。地下水较高的地方有不同程度的盐渍化，局部低洼地沼泽化。

③疏勒河中下游干三角洲平原。包括疏勒河以南，截山子以北，双塔水库以西至西湖的三角洲地带，由疏勒河洪积冲积物和沉积物组成。平原自东向西南方向微倾斜，地形较平缓，由于疏勒河多次改道以及人工引水灌溉的结果，形成分支状散流，致使该区成为典型的干三角洲地貌。各分支散流均有不同程度的切割。疏勒河末端的西湖一带尚有冲积—湖积而形成的湖沼平原。

4.风蚀地貌。主要分布在百旗堡以西，锁阳城至唐墩湖沿戈壁一线以及桥湾至布隆吉疏勒河沿岸，瓜州县城东南和老师兔也有少量分布。在长期强劲的风力吹蚀作用下，风蚀墩、风蚀槽遍布该区。风蚀墩高0.5～5m，密度占1/2～1/5。东西向的风蚀残迹，形如断壁残垣或覆舟状、馒头状，呈现典型的雅丹地貌。

5.风沙地貌。主要分布在兔葫芦以南，吴家沙窝至锁阳城，西沙窝和东湖以北，泉子以东一带，东巴兔、老师兔，以及农区内三工至四工一带也有少量分布。除部分为流动的新月形沙丘，垄岗状沙梁外，其他多为固定、半固定沙丘，高度一般为1～5m，最高的约10m，均由风积第四纪全新统细沙粒物质组成。