近几年，随着市场经济的发展和新型农业技术在生产中的推广，瓜州县的种植业结构已发生了很大的变化，由原来单一型的粮食生产，发展成现在的粮食、瓜果、棉花、蔬菜等经济类作物齐头并进的格局。

瓜州县主要种植作物有棉花、蜜瓜、玉米、小麦、葡萄、甘草、锁阳、苁蓉等，享有“中国蜜瓜之乡”“中国锁阳之乡”和甘肃“棉花基地”“河西粮仓”的美誉。是欧亚大陆桥的货物聚散地，是重要的国家级商品粮、瓜果之乡、商品棉生产基地。

2012年全县耕地面积3.386万hm2，总播种面积3.386万hm2，粮食作物面积6.9万亩（1亩约667m2），粮食总产量达3.1万t，蜜瓜、西瓜等面积9.68万亩，总产量29.14万t；棉花13.3万亩，总产量4.7万t（皮棉）；油料作物0.97万亩，总产量0.15万t；番茄0.9万亩，总产量6.4万t；甘草10万亩，总产量5.5万t；枸杞7万亩，总产量1万t；孜然、茴香、红花等药材播种面积10.09万亩。农民人均纯收入老乡镇达到9100元、新置移民乡镇达到2910元。

瓜州县在农业发展进程中，在双塔灌区和榆林河灌区推广以垄作沟灌和垄膜沟灌为主的高效农田节水技术，充分利用水资源，提高水的利用率，有效改善了生产条件和生态环境；瓜州、南岔、西湖等乡镇，以种植蔬菜、蜜瓜、西瓜、棉花、甘草为主，重点推广应用全膜覆盖、新品种引进应用、综合病虫害防治、温室环境调控、测土平衡施肥、光呼吸抑制剂、双层浮膜、大温差移苗、节水灌溉等实用新技术的设施蔬菜，瓜州县设施蔬菜已变成新的经济增长点；在锁阳城、三道沟、河东、腰站子、双塔、沙河、梁湖等乡镇积极发展枸杞、甘草、棉花等经济作物，品质优，实现了瓜州县各种经济作物各个乡镇普遍种植的局面。