根据地理、气候特点，将瓜州县区划为四个生态农业区域即东部疏勒河盆地温寒粮油糖生态区（三道沟镇、河东乡、布隆吉乡、腰站子乡），西部疏勒河盆地温暖粮棉瓜菜生态区（南岔镇、瓜州乡、西湖乡），南部沿山榆林盆地温和粮棉生态区（锁阳城镇），边缘新垦移民乡镇平原特色种植生态区（沙河乡、七墩乡、梁湖乡、双塔乡、广至乡）。主要粮食作物有春小麦、玉米、豆类，经济作物有蜜瓜、棉花、孜然、红花、蔬菜、油用胡麻等。农业主导产业以蜜瓜产业、棉花、高效日光温室蔬菜、特色产业和肉牛肉羊产业为主。