肠道黏膜菌群是人体复杂的微生态系统，肠道内约有1014个活细菌，主要由厌氧菌、兼性厌氧菌和需氧菌构成，97%～99%是专性厌氧菌，大肠杆菌等需氧菌所占比例不足1%，肠道细菌共同维系着肠道微生态的动态平衡。分娩方式、环境因素、抗生素应用、喂养方式等都会影响肠道微生物。新生儿期是肠道优势菌建立的重要时期，双歧杆菌是人体最重要的肠道有益菌，母乳喂养的新生儿肠道双歧杆菌占总体菌量的95%以上；1岁以后肠道菌群趋同于成人。肠道菌群不仅可以发酵未消化的食物残渣为机体提供能量，而且对生物屏障的建立和免疫功能的完善具有重要作用。